关于金属与蛋白质的模拟中constraints选择allbond还是hbond的问题

wmy1217 · 发表于 Post on 2023-4-14 13:17:05

最近在做金属离子与蛋白质相互作用的动力学模拟，参考了这篇文献的金属离子参数，其中的mdp设置也想按照这篇文章中的设置来，但是这篇文章中的constraints设的是allbond，我在论坛里有看到老师不建议使用allbond而是用hbond，因此很纠结不知道怎么用，希望老师能指点一下，谢谢。

牧生 · 发表于 Post on 2023-4-14 14:32:18

allbond和LINCS是两码事
除非你清楚的知道自己在干什么，否则不要用allbond

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-14 14:56:34

我已经在论坛里无数次强调，用all-bonds是自取其辱。尽信文献不如无文献
对于过渡金属的配位键，用sobtop计算恰当的力常数，设置平衡距离，当做谐振势描述的普通bond项就完了，参看比如
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

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