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[新手求助] 如何判断反应是否有过渡态?

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老师在帖子里提到过:
并非所有反应途径都需要越过势垒,这类反应在很低的温度下就能发生,盲目找它们的过渡态是徒劳的。常见的包括自由基结合,比如甲基自由基结合为乙烷;自由基向烯烃加成,比如甲基自由基向乙烯加成成为丙基自由基;气相离子向中性分子加成,比如叔碳阳离子向丙烯加成。等等。

我在一篇文献看到,同种类型的反应,在扶手椅型反应有过渡态,在锯齿形反应没有过渡态
那是不是还是需要通过计算才能最终判断是不是有过渡态?
谢谢

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发表于 Post on 2018-7-6 01:48:06 | 只看该作者 Only view this author
不确定的时候就去计算进行检验,这样万一审稿人问你,心里也有数

PS:文中用的泛函很荒唐,严重不适合此体系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-9 12:30:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-6 01:48
不确定的时候就去计算进行检验,这样万一审稿人问你,心里也有数

PS:文中用的泛函很荒唐,严重不适合此 ...

好的。
那像图中类似的反应,多环芳香烃和小分子自由基发生反应,对其中的化学反应进行过渡态搜索时,反应物中的小分子自由基该放置在什么位置?是距离足够远?还是需要不断的测试不同的位置和方向直至找到合适的位置?我之前算过的一些反应物,这些自由基放在不同的位置都存在虚频,无法进行下一步计算。

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发表于 Post on 2018-7-9 12:57:46 | 只看该作者 Only view this author
木子之玉ccc 发表于 2018-7-9 12:30
好的。
那像图中类似的反应,多环芳香烃和小分子自由基发生反应,对其中的化学反应进行过渡态搜索时,反 ...


显然不可能放太远
必须摆成比较接近于实际过渡态的结构,这样才有较大可能收敛到过渡态去。实际过渡态凭借化学直觉,以及理论计算文章当中的相似反应给出的过渡态图形来摆
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-9 14:50:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-9 12:57
显然不可能放太远
必须摆成比较接近于实际过渡态的结构,这样才有较大可能收敛到过渡态去。实际过渡态 ...

谢谢老师

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发表于 Post on 2018-7-9 16:27:39 | 只看该作者 Only view this author
如果A、B都是局域极小点(无虚频),那么A、B之间肯定要有过渡态的。

至于你说的“并非所有反应途径都需要越过势垒”与“反应在很低的温度下就能发生”完全不是一个概念。后者反映的是能垒高低,而非能垒有无。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-11 11:57:28 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2018-7-9 16:27
如果A、B都是局域极小点(无虚频),那么A、B之间肯定要有过渡态的。

至于你说的“并非所有反应途径都需 ...

如果对一种结构进行优化,一直存在虚频说明什么?
稳定的结构应该没有虚频吧?
有虚频的物质自然无法进行TS,也就没有过渡态

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发表于 Post on 2018-7-12 01:55:26 | 只看该作者 Only view this author
做柔性扫描判断过渡态的存在性

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-7-12 10:58:43 | 只看该作者 Only view this author
Accelerator 发表于 2018-7-12 01:55
做柔性扫描判断过渡态的存在性

请详细描述如何进行这种操作?

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发表于 Post on 2018-7-13 21:07:10 | 只看该作者 Only view this author
木子之玉ccc 发表于 2018-7-12 10:58
请详细描述如何进行这种操作?

论坛首页google框搜索柔性扫描
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发表于 Post on 2021-3-19 09:42:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-6 01:48
不确定的时候就去计算进行检验,这样万一审稿人问你,心里也有数

PS:文中用的泛函很荒唐,严重不适合此 ...

老师请问怎么去计算检验啊?

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发表于 Post on 2021-3-19 18:08:10 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-3-19 09:42
老师请问怎么去计算检验啊?

去试图找过渡态,摆各种可能的初猜,用合理的关键词
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发表于 Post on 2021-9-14 21:08:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 18:08
去试图找过渡态,摆各种可能的初猜,用合理的关键词

老师,目前我遇到了类似问题。我找到了TS,也进行了IRC。但是发现TS能量低于反应物,把IRC的一段作为中间体进行优化,没有报错,但是能量还是高于TS,他俩结构相差不大,此时能认为这个氢抽提反应没有过渡态吗?

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发表于 Post on 2021-9-14 21:09:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 18:08
去试图找过渡态,摆各种可能的初猜,用合理的关键词

E:\1gaosi这是IRCpath

~994W%AYW8BJ1XAT@2~O(8V.png (26.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 97)

~994W%AYW8BJ1XAT@2~O(8V.png

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发表于 Post on 2021-9-15 01:37:41 | 只看该作者 Only view this author
嘤嘤嘤 发表于 2021-9-14 21:08
老师,目前我遇到了类似问题。我找到了TS,也进行了IRC。但是发现TS能量低于反应物,把IRC的一段作为中间 ...

说清楚能量怎么算的
如果计算能量的级别和产生IRC、结构优化完全是相同级别,不可能有这种现象(要么是搞错了,要么其中有的任务没收敛到稳定波函数)
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