计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12013|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 请教AIMD做电场下分子的电分解的问题

[复制链接 Copy URL]

98

帖子

0

威望

823

eV
积分
921

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
因为之前没有做AIMD的经验,所以有些问题想向大家请教:(1)150左右原子的有机分子体系带有O原子做AIMD,选取B3LYP-D3/6-31G*是否可行,大概用20核或40核,如果算力不够也可以用学校的超算排80核的队列。(或者ORCA下跑B97-3C/def2-SVP ?)
(2)如果只是为了看电场下,液相分子结构的电分解,做ADMP就足够了吗,还是一定要做BOMD
(3)之前在群里问社长,怎么设置变化的电场,社长说要写脚本,请问有例子吗或者在哪里学呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-6-29 23:08:53 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“AIMD做电场下分子的电分解”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-6-29 23:11:32 | 只看该作者 Only view this author
1 非常吃力。算一个受力任务看看耗时,乘以要跑的帧数就知道得花多少时间
B97-3c直接定义了基组,你根本没法自己指定

2 ORCA跑BOMD。至于你说的“液相”我不知道你想怎么体现

3 不存在现成的例子。自行学shell编程,会了自然就知道怎么解决
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-6-29 23:17:17 | 只看该作者 Only view this author
(1)这个大小的分子,做结构优化可以,跑MD的话DFT跑不动,建议改用GFN2-xTB。但那样不知道能不能加电场
(2)在液相里面,电解往往发生得比电场导致的分解要快。比如两个电极间隔1cm,如果要发生电解,只需要几V就够了,但是要想让电场强度高到分子发生分解,恐怕要上百万V,这样场强才能达到足以产生化学效应的地步。最好先确认一下实验用的电压对应的场强是多少,如果实验观察到的现象完全对应于电解,那么不应该加电场,而是应该用电化学那一套计算方法,也就是加个电子或拿掉一个电子,然后跑MD或找分解的过渡态。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

98

帖子

0

威望

823

eV
积分
921

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 16:23:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-29 23:11
1 非常吃力。算一个受力任务看看耗时,乘以要跑的帧数就知道得花多少时间
B97-3c直接定义了基组,你根本没 ...

1 之前在不加电场,不加隐式溶剂模型下,b3lyp-d3/6-311g**级别,还用了recalc=3(为了消除虚频),5核跑了大概一天左右。出于需要,直接加很大电场也是没问题的,或许在80核下还可以试试?
2 液相体现的话,想着ORCA只加CPCM应该也足够了。
3 脚本问题之前跑MD也没用过,没有一个清晰的概念,是指利用.sh文件运行Gaussian或ORCA输入文件吗?如http://bbs.keinsci.com/thread-190-1-1.html。因为之前还知道MS的perl脚本和VMD的tcl脚本,所以有点迷惑了。

98

帖子

0

威望

823

eV
积分
921

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-30 16:37:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-29 23:17
(1)这个大小的分子,做结构优化可以,跑MD的话DFT跑不动,建议改用GFN2-xTB。但那样不知道能不能加电场
...

1 我试过opt加电场,大于0.0001a.u.的没有跑成功过,最高就跑了0.0001a.u.了,不过发现结构除了一开始有些变化,后期变化不大。
2 因为体系并不是溶液,所以应该没有溶液中的电解。我只加了IEFPCM的相对介电常数3.2。研究的实验做的电场一般都是28kV/mm级别了,也就是0.003V/埃,更高一些的脉冲下的也有做到0.006V/埃。但极端条件下,甚至会研究到0.5V/埃甚至以上的了。

1万

帖子

0

威望

9857

eV
积分
22093

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2021-6-30 16:59:53 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2021-6-30 09:23
1 之前在不加电场,不加隐式溶剂模型下,b3lyp-d3/6-311g**级别,还用了recalc=3(为了消除虚频),5核跑 ...

原则上任何脚本都可以用,对于你这种任务bash脚本是比较合适的,但是如果你更熟悉其他脚本语言,用perl乃至python都是可以的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-7-1 02:48:27 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2021-6-30 16:23
1 之前在不加电场,不加隐式溶剂模型下,b3lyp-d3/6-311g**级别,还用了recalc=3(为了消除虚频),5核跑 ...

1 直接用你的80核机子测试。5核完全不可能跑

3 是
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2021-7-1 02:49:51 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2021-6-30 16:37
1 我试过opt加电场,大于0.0001a.u.的没有跑成功过,最高就跑了0.0001a.u.了,不过发现结构除了一开始有 ...

“没有跑成功过”指代不明。如果是SCF不收敛,而且死活解决不了的话,加电场的AIMD照样跑不了
但一般情况下,不至于超过0.0001 a.u.的时候SCF没法弄收敛。零点零几a.u.电场下的理论研究是很多见的,诸如http://sobereva.com/570
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

98

帖子

0

威望

823

eV
积分
921

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-1 07:43:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 li447fan 于 2021-7-1 09:07 编辑
sobereva 发表于 2021-7-1 02:49
“没有跑成功过”指代不明。如果是SCF不收敛,而且死活解决不了的话,加电场的AIMD照样跑不了
但一般情 ...

scf可以收敛,一般是优化几步之后,就报错收敛失败,convergence failure -- run terminated.,差不多都是跑24小时左右的时候。
而且还研究了0.1a.u.电场下和无电场下的电子密度差,scf的收敛应该没问题。之前opt是在b3lyp-d3/6-311+g**下做的

444

帖子

0

威望

2578

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

11#
发表于 Post on 2021-7-1 08:45:11 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2021-7-1 07:43
scf可以收敛,一般是优化几步之后,就报错收敛失败,convergence failure -- run terminated.,差不多都 ...

convergence failure
这不就是scf不收敛吗?还是说那一步的scf收敛但是bug了?
真·探

98

帖子

0

威望

823

eV
积分
921

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-1 09:00:37 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-7-1 08:45
convergence failure
这不就是scf不收敛吗?还是说那一步的scf收敛但是bug了?

我以为是指第一步优化的SCF收敛就可以。。。。那这样的话,还没有尝试解决优化几步之后scf不收敛的问题,之前算单点能有时将conver设成等于6才收敛

98

帖子

0

威望

823

eV
积分
921

Level 4 (黑子)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-1 09:04:21 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-7-1 08:45
convergence failure
这不就是scf不收敛吗?还是说那一步的scf收敛但是bug了?

不过算单点用的M06-2X/def2-TZVPP

444

帖子

0

威望

2578

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

14#
发表于 Post on 2021-7-1 09:58:46 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2021-7-1 09:00
我以为是指第一步优化的SCF收敛就可以。。。。那这样的话,还没有尝试解决优化几步之后scf不收敛的问题, ...

http://sobereva.com/61
scf不收敛方法
真·探

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 23:21 , Processed in 0.195848 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list