oniom计算激发态，NTO,SOC相关疑问

jiang012582 · 发表于 Post on 2019-3-14 15:13:45

我是新手，刚接触oniom中QM MM计算，阅读相关资料有些疑问，1.请问在使用oniom优化分子，考虑单分子状态下，是否还需要使用mercury建模，就是有分子单晶，拿到mercury里面设置packing and slicing,packing为3*3*3,保存为mol文件，再放入高斯view里面进行分层，分为高层与底层，并冻结低层分子，进行优化，还是直接用mercury打开单晶文件，保存单个分子，再用高斯view打开，通过冻结单个分子的部分原子进行优化。2.在使用oniom进行优化时，如何优化T1态，# oniom(b3lyp/6-31g(d) td:uff)=embed opt 这样是优化S1态对吗，坐标使用优化后的S0态坐标，那优化T1态，是在td 后面加上 triplets,root=1吗？3.在进行激发态计算时，想得到S0到S1,以及S0到T1,S0到T2,等能系差输入文件为 # oniom(b3lyp/6-31g(d) td(nstates=10,50-50):uff)=embed 这样对吗？4.oniom优化后如何计算NTO及SOC，是使用优化后的坐标# b3lyp/6-31g* td(nstates=5,triplets) pop(saveNTO,NTO) Density=Transition=1 这样计算吗？这是T1态的NTO,SOC的计算使用oniom优化后的坐标利用BDF或者其它软件进行计算吗？

小范范1989 · 发表于 Post on 2019-3-14 15:44:26

做磷光计算？
1. 第一个计算看你的需要。如果是放开QM分子，冻结MM分子，就是说的1中的前一部分。如果你是想部分优化QM分子，那就是你说的1中的后面那句话。不过，我觉得是第一部分那样子。
2. 你那样写是优化S1、优化T1的话可以采用 03，当然，你写td(triplet，root=1)也可以，耗时多点。不过还是 03 方便些吧。个人理解。
3. 这样子，相当于是垂直能差。我看不少实验文章中的计算部分，能差是这么计算的。
4. NTO应该不能通过ONIOM来得到。SOC是其他软件计算的。比如sob老师的这个帖子：http://sobereva.com/411 还有ADF，BDF，dalton等能计算。

jiang012582 · 发表于 Post on 2019-3-14 16:25:37

非常感谢老师的详细解答，我还想问一个很简单的问题，mercury建模后拿到GV里面进行分层，想冻结多个分子里面的一个分子作为QM，设置为高层，我再设置时不知道如何选中中间的单个分子，堆积的太密集。还是我不需要选择多个分子里的一个分子，只选择分层工具栏中的中间部分原子设置为高层，保存为gjf文件后，手动通过修改0 与-1来固定QM层分子，冻住MM层分子，谢谢您的解答:

sobereva · 发表于 Post on 2019-3-14 16:40:57

使用oniom的时候相当多的功能严重受限，或者根本没法做。能不用ONIOM就不用ONIOM

把MM区域的原子通过背景电荷表现，照常做TDDFT，之后就可以用Multiwfn照常计算NTO，看
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377（http://bbs.keinsci.com/thread-5980-1-1.html）
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332（http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html）

PS：Multiwfn的NTO分析比Gaussian自己的NTO好用得多

TDDFT下的SOC的计算最理想、最简单、最快的做法是用ORCA，仔细看
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462（http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html）

用Gaussian+PySOC明显麻烦得多，你要想用也可以，看
使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元
http://sobereva.com/411（http://bbs.keinsci.com/thread-9442-1-1.html）

至于BDF，不直接公开下载。Dalton用着复杂。ADF巨黑，毫无考虑必要。

jiang012582 · 发表于 Post on 2019-3-14 17:01:27

sobereva 发表于 2019-3-14 16:40
使用oniom的时候相当多的功能严重受限，或者根本没法做。能不用ONIOM就不用ONIOM

把MM区域的原子通过背 ...

非常感谢sob大神的解答

哆啦哆啦 · 发表于 Post on 2019-3-26 10:27:24

借此贴问一下各位，OM/MM模型中激发态的fchk 文件中不能包含频率信息，请问有没有什么解决的方法

狄拉克自带buff · 发表于 Post on 2019-6-25 21:45:42

您好，我想借楼问一下各位大神老师，对于楼主的oniom激发态的计算,对于low layer的仅仅用UFF力场就可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2019-6-26 03:22:52

狄拉克自带buff 发表于 2019-6-25 21:45
您好，我想借楼问一下各位大神老师，对于楼主的oniom激发态的计算,对于low layer的仅仅用UFF力场就可以吗？

问题不要借楼问，单独发帖，或者觉得问题太简单就发到简单量化答疑专贴里，否则会扰乱论坛帖子内容秩序

zj123_45 · 发表于 Post on 2020-12-18 18:42:16

楼主你好，请问你用gaussian+pysoc计算出oniom模型下的soc了吗，是怎么计算的呢，谢谢！

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