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[新手求助] oniom计算激发态,NTO,SOC相关疑问

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发表于 2019-3-14 15:13:45 | 显示全部楼层 |阅读模式
我是新手,刚接触oniom中QM MM计算,阅读相关资料有些疑问,1.请问在使用oniom优化分子,考虑单分子状态下,是否还需要使用mercury建模,就是有分子单晶,拿到mercury里面设置packing and slicing,packing为3*3*3,保存为mol文件,再放入高斯view里面进行分层,分为高层与底层,并冻结低层分子,进行优化,还是直接用mercury打开单晶文件,保存单个分子,再用高斯view打开,通过冻结单个分子的部分原子进行优化。2.在使用oniom进行优化时,如何优化T1态,# oniom(b3lyp/6-31g(d) td:uff)=embed  opt 这样是优化S1态对吗,坐标使用优化后的S0态坐标,那优化T1态,是在td 后面加上 triplets,root=1吗?3.在进行激发态计算时,想得到S0到S1,以及S0到T1,S0到T2,等 能系差 输入文件为 # oniom(b3lyp/6-31g(d) td(nstates=10,50-50):uff)=embed 这样对吗?4.oniom优化后如何计算NTO及SOC,是使用优化后的坐标# b3lyp/6-31g* td(nstates=5,triplets) pop(saveNTO,NTO) Density=Transition=1 这样计算吗?这是T1态的NTO,SOC的计算使用oniom优化后的坐标利用BDF或者其它软件进行计算吗?

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发表于 2019-3-14 15:44:26 | 显示全部楼层
做磷光计算?
1. 第一个计算看你的需要。如果是放开QM分子,冻结MM分子,就是说的1中的前一部分。如果你是想部分优化QM分子,那就是你说的1中的后面那句话。不过,我觉得是第一部分那样子。
2. 你那样写是优化S1、优化T1的话可以采用 03,当然,你写td(triplet,root=1)也可以,耗时多点。不过还是 03 方便些吧。个人理解。
3. 这样子,相当于是垂直能差。我看不少实验文章中的计算部分,能差是这么计算的。
4. NTO应该不能通过ONIOM来得到。SOC是其他软件计算的。比如sob老师的这个帖子:http://sobereva.com/411  还有ADF,BDF,dalton等能计算。
有梦想,才有实现。奋斗吧,骄傲的少年。

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 楼主| 发表于 2019-3-14 16:25:37 | 显示全部楼层
非常感谢老师的详细解答,我还想问一个很简单的问题,mercury建模后拿到GV里面进行分层,想冻结多个分子里面的一个分子作为QM,设置为高层,我再设置时不知道如何选中中间的单个分子,堆积的太密集。还是我不需要选择多个分子里的一个分子,只选择分层工具栏中的中间部分原子设置为高层,保存为gjf文件后,手动通过修改0 与-1来固定QM层分子,冻住MM层分子,谢谢您的解答:

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发表于 2019-3-14 16:40:57 | 显示全部楼层
使用oniom的时候相当多的功能严重受限,或者根本没法做。能不用ONIOM就不用ONIOM

把MM区域的原子通过背景电荷表现,照常做TDDFT,之后就可以用Multiwfn照常计算NTO,看
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377http://bbs.keinsci.com/thread-5980-1-1.html
帮助设定Gaussian输入文件中优化flag和MM电荷的小工具
http://sobereva.com/332http://bbs.keinsci.com/thread-3464-1-1.html

PS:Multiwfn的NTO分析比Gaussian自己的NTO好用得多

TDDFT下的SOC的计算最理想、最简单、最快的做法是用ORCA,仔细看
使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html

用Gaussian+PySOC明显麻烦得多,你要想用也可以,看
使用Gaussian+PySOC在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元
http://sobereva.com/411http://bbs.keinsci.com/thread-9442-1-1.html

至于BDF,不直接公开下载。Dalton用着复杂。ADF巨黑,毫无考虑必要。
北京科音自然科学研究中心:http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,不定期开办各层次量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训。欢迎加入“北京科音”微信公众号获取培训最新消息和计算化学资讯
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 楼主| 发表于 2019-3-14 17:01:27 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-3-14 16:40
使用oniom的时候相当多的功能严重受限,或者根本没法做。能不用ONIOM就不用ONIOM

把MM区域的原子通过背 ...

非常感谢sob大神的解答

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发表于 2019-3-26 10:27:24 | 显示全部楼层
借此贴问一下各位,OM/MM模型中激发态的fchk 文件中不能包含频率信息,请问有没有什么解决的方法
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