使用xtb计算频率得到的结果怎么像gaussview一样可视化显示振动呢？

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-5-2 18:19:49

使用xtb计算频率得到的结果怎么像gaussview一样可视化显示振动呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-2 18:43:01

按下文用Gaussian调用xtb做振动分析，输出文件就能用gview看振动模式

将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

要么基于下文的我的脚本进行稍微的改写，使之兼容xtb
在VMD中绘制Gaussian计算的分子振动矢量的方法
http://sobereva.com/567（http://bbs.keinsci.com/thread-19287-1-1.html）

smutao · 发表于 Post on 2021-5-3 10:57:23

目前PyVibMS已经支持对xtb的hess或者ohess计算产生的g98.out文件进行振动可视化了请参照这个帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-22835-1-1.html)安装好PyVibMS 然后参照下图即可对g98.out文件进行可视化

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