计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 20372|回复 Reply: 16
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助计算C3H4-3+反应路径的算法和基组的选择

[复制链接 Copy URL]

38

帖子

0

威望

265

eV
积分
303

Level 3 能力者

各位老师好,

如果想计算C3H4-3+碎裂成两、三个碎片这样的过程的反应路径应该选择什么算法和基组比较合适?

已发表的文献中用B3LYP/6-311G优化过渡态和中间态,我用同样的方法也成功找到了过渡态,但是试图换成用m062X/def2tzvpp去优化,却优化不到这个过渡态,是这个算法和基组不合适吗?

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-6-4 21:59:51 | 只看该作者 Only view this author
你的方法比文献的方法合理,文献的结果不可信。基组必须带极化函数才能用。
但是因为这个体系很小,其实完全可以用MRCISD+Q做,至少也可以用CCSD(T),比M062X靠谱得多。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

3#
发表于 Post on 2021-6-4 22:29:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-4 21:59
你的方法比文献的方法合理,文献的结果不可信。基组必须带极化函数才能用。
但是因为这个体系很小,其实完 ...

MRCISD+Q操作起来太麻烦了,在瓜丝里至少可以用双杂化优化CCSD(T)单点

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-6-5 00:34:33 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-6-4 15:29
MRCISD+Q操作起来太麻烦了,在瓜丝里至少可以用双杂化优化CCSD(T)单点

我觉得CCSD(T)/cc-pVTZ优化都没问题,单点用CCSD(T) TZ/QZ外推
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

38

帖子

0

威望

265

eV
积分
303

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-5 11:00:20 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-5 00:34
我觉得CCSD(T)/cc-pVTZ优化都没问题,单点用CCSD(T) TZ/QZ外推

谢谢您!

您说的基组外推指的是sob老师发表的“http://sobereva.com/172”这个内容吗?

38

帖子

0

威望

265

eV
积分
303

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-5 11:02:32 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-6-4 22:29
MRCISD+Q操作起来太麻烦了,在瓜丝里至少可以用双杂化优化CCSD(T)单点

谢谢您!

那我如果用B2LYP-D3(BJ)/def2TZVPP优化,然后用CCSD(T)/aug-cc-pvtz进行单点计算,您看合理吗?

444

帖子

0

威望

2578

eV
积分
3022

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

7#
发表于 Post on 2021-6-5 11:04:17 | 只看该作者 Only view this author
lyt0226 发表于 2021-6-5 11:02
谢谢您!

那我如果用B2LYP-D3(BJ)/def2TZVPP优化,然后用CCSD(T)/aug-cc-pvtz进行单点计算,您看合 ...

你说的泛函是B2PLYP-D3(BJ)还是B3LYP-D3(BJ)。。
真·探

38

帖子

0

威望

265

eV
积分
303

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-5 11:07:00 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-6-5 11:04
你说的泛函是B2PLYP-D3(BJ)还是B3LYP-D3(BJ)。。

我是试图在sob老师给的算法里面找到相对合适的“http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html”,里面列出的是B2PLYP-D3(BJ)

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2021-6-5 14:33:32 | 只看该作者 Only view this author
lyt0226 发表于 2021-6-5 04:00
谢谢您!

您说的基组外推指的是sob老师发表的“http://sobereva.com/172”这个内容吗?

对,外推以后误差可以比单独cc-pVTZ计算出来结果小好几倍
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

1245

帖子

1

威望

3860

eV
积分
5125

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2021-6-5 16:59:47 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-6-4 22:29
MRCISD+Q操作起来太麻烦了,在瓜丝里至少可以用双杂化优化CCSD(T)单点

用MOKIT解愁

655

帖子

1

威望

5319

eV
积分
5994

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2021-6-5 18:08:41 | 只看该作者 Only view this author
琢磨了半天没懂 C3H4-3+ 是个什么东西……
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

12#
发表于 Post on 2021-6-5 18:14:00 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-6-5 18:08
琢磨了半天没懂 C3H4-3+ 是个什么东西……

估计是质谱里的碎片离子吧

38

帖子

0

威望

265

eV
积分
303

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-6 09:45:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyt0226 于 2021-6-6 09:47 编辑
北大-陶豫 发表于 2021-6-5 18:08
琢磨了半天没懂 C3H4-3+ 是个什么东西……

就是丙二烯三价离子,它被电子碰撞或离子碰撞,或者激光辐射后电离掉三个电子,之后会由于原子间库伦排斥势发生碎裂,碎裂成不同的碎片,就是想研究后面的这个碎裂过程,里面可能涉及一些次序解离之类的过程

38

帖子

0

威望

265

eV
积分
303

Level 3 能力者

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-6 10:37:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-6-5 00:34
我觉得CCSD(T)/cc-pVTZ优化都没问题,单点用CCSD(T) TZ/QZ外推

您好,我用CCSD/cc-pVTZ优化的时候总是出现“No analytic 2nd derivatives for this method”的报错,是什么原因?

1245

帖子

1

威望

3860

eV
积分
5125

Level 6 (一方通行)

15#
发表于 Post on 2021-6-6 14:37:05 | 只看该作者 Only view this author
lyt0226 发表于 2021-6-6 10:37
您好,我用CCSD/cc-pVTZ优化的时候总是出现“No analytic 2nd derivatives for this method”的报错,是 ...

用数值梯度优化

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 07:13 , Processed in 0.199517 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list