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[GROMACS] 求助,熔点的分子动力学模拟

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请问老师,用Gromacs模拟扩散系数可以出来这样的图吗

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发表于 Post on 2019-6-18 16:34:31 | 只看该作者 Only view this author
可以啊,你不同温度分别做模拟就行了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-18 17:21:15 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2019-6-18 16:34
可以啊,你不同温度分别做模拟就行了

请问可以出来这样以温度为横坐标的折线图吗?如果我想模拟100-700K的扩散常数,要每个温度都跑一次模拟吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-6-18 17:25:51 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-18 17:21
请问可以出来这样以温度为横坐标的折线图吗?如果我想模拟100-700K的扩散常数,要每个温度都跑一次模拟吗 ...

是啊,不然嘞……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-18 18:21:10 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2019-6-18 17:25
是啊,不然嘞……

每个温度,那不是要跑几百次啦?

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发表于 Post on 2019-6-18 18:25:54 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-18 18:21
每个温度,那不是要跑几百次啦?

就是如此。每隔几K跑一次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-6-19 10:47:52 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-18 18:21
每个温度,那不是要跑几百次啦?

你一个温度下最多也就跑个几ns,很快的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-20 09:03:49 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2019-6-19 10:47
你一个温度下最多也就跑个几ns,很快的。

请问每次都是从上一温度开始吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-20 09:05:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-18 18:25
就是如此。每隔几K跑一次

老师,请问为什么我跑出来的结果总是有不正常点呢?就是突然会有一个值很大或者很小

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发表于 Post on 2019-6-21 02:16:59 | 只看该作者 Only view this author
模拟小菜鸟 发表于 2019-6-20 09:05
老师,请问为什么我跑出来的结果总是有不正常点呢?就是突然会有一个值很大或者很小

之前很小,而之后突然变大,可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-21 09:12:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 02:16
之前很小,而之后突然变大,可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-4 09:56:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-21 02:16
之前很小,而之后突然变大,可能说明这个位置就是熔点。结合轨迹进行判断

老师,用扩散系数的突变来判断熔点这种方法有文献支撑吗

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发表于 Post on 2019-8-5 01:52:26 | 只看该作者 Only view this author
想发TOP 发表于 2019-8-4 09:56
老师,用扩散系数的突变来判断熔点这种方法有文献支撑吗

手头没有
但这符合基本逻辑
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发表于 Post on 2019-8-5 08:15:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-5 01:52
手头没有
但这符合基本逻辑

好的,老师,结合轨迹主要看什么信息能进一步判断熔点呀

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发表于 Post on 2019-8-6 07:48:58 | 只看该作者 Only view this author
想发TOP 发表于 2019-8-5 08:15
好的,老师,结合轨迹主要看什么信息能进一步判断熔点呀

肉眼看运动原子运动轨迹、范围等
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