求助，用Tcl脚本分析分子动力学模拟结果中键长的分布

ZZU_SCU

我要用VMD分析模拟结果的键长和比例的分布。比如这个水分子中OW和HW1的键长的分布。（pdb文件上传不了，使用该链接的water.pdb文件 http://bbs.keinsci.com/thread-4753-1-1.html）
参考资料

1.GMX培训班VMD部分讲义
2.求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本 http://bbs.keinsci.com/thread-14821-2-1.html
3.VMD的atomselect命令请教 http://bbs.keinsci.com/thread-21969-1-1.html
我看了这Tcl脚本，没有直接统计某一帧或者模拟结果的键长、键角、二面角和氢键分布的Tcl脚本。都是模拟过程中键长、键角、二面角和氢键分布的Tcl脚本。


首先简单测试了一下Tcl（目前还不包括分布的），是没有问题的，计算量巨大。
#---------------------------------------------------
set outfile [open distance.dat w]
set select1 "name OW"
set select2 "name HW1"
#---------------------------------------------------
set sel1 [atomselect top "$select1"]
set sel2 [atomselect top "$select2"]
set l1 [$sel1 get index]
set l2 [$sel2 get index]
foreach ind1 $l1 {
    foreach ind2 $l2 {
        if {$ind1 != $ind2} {
            set tmp [list $ind1 $ind2]
            set result [measure bond $tmp]
            puts "$ind1 $ind2 $result"
        } else {
            puts "$ind1 $ind2 0"
        }
    }
}


于是准备添加设置条件，在select1周围10埃内的计算OW和HW1键长。set sel2 [atomselect top {"$select2" and within 10 of "$select1"}] 和 setset sel2 [atomselect top "same residue as {"$select2" within 10 of "$select1"}"]  语句都不可以，请求大神指导一二

sobereva

不要用花括号
花括号使得里面的内容保持原样，即会导致里面的诸如$select2变量无法转化成相应的选择语句

ZZU_SCU

sobereva 发表于 2021-9-16 08:34
不要用花括号
花括号使得里面的内容保持原样，即会导致里面的诸如$select2变量无法转化成相应的选择语句

谢谢卢老师，改成这样就可以了 set sel2 [atomselect top "$select2 and within 10 of $select1"] 。问题已解决

ZZU_SCU

分享一点自己的学习感悟：
本人模拟的是刚性链聚合物，要建立无规的非晶模型和高度取向的模型。研究力学性能，用的是lammps。
需要分析模拟结果中的酰胺键扭转角、氢键分布、均方末端距。起初我一直在试图用VMD分析最后结果（可以说只有一帧）的扭转角和氢键分布。其实不然，需要考虑平衡过程中的那些帧的扭转角、氢键分布。这样就把动态平衡的过程考虑进去了。
现在在摸索如何设置链段中二面角使用ene大神的Tcl 脚本 求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=19242
以及学习 http://sobereva.com/54 计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本
继续加油

luogaoyang123

ZZU_SCU 发表于 2021-9-16 18:35
分享一点自己的学习感悟：
本人模拟的是刚性链聚合物，要建立无规的非晶模型和高度取向的模型。研究力学性 ...

大佬，我也是聚合物，请问均方末端距如何求/