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[综合交流] 蛋白质中的盐桥作用求助

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看分子动力学文献上有分析盐桥作用的
但是不明白蛋白质残基的盐桥作用是什么???是不是就是正负静电势?和电池中的盐桥有什么区别呢??
谢谢各位

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发表于 Post on 2015-3-7 07:12:33 | 只看该作者 Only view this author
和电池那个盐桥没有关系。
盐桥就是指的由于正负电荷间产生的强烈静电相互作用将两个原子团束缚到一起的作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-3-7 14:10:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-3-7 07:12
和电池那个盐桥没有关系。
盐桥就是指的由于正负电荷间产生的强烈静电相互作用将两个原子团束缚到一起的作 ...

谢谢老大

那么在MD中怎么分析这个盐桥作用呢???就看残基的带电性吗?

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发表于 Post on 2015-3-7 15:51:40 | 只看该作者 Only view this author
舍命为江山 发表于 2015-3-7 14:10
谢谢老大

那么在MD中怎么分析这个盐桥作用呢???就看残基的带电性吗?

形成盐桥的前提是电性一负一正、相距较近。若有这样的一对儿基团,可以考察MD过程中它们之间的距离变化。
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发表于 Post on 2015-4-9 16:24:14 | 只看该作者 Only view this author
应该不叫盐桥吧?叫离子桥接是不是更合理些。ion bridge

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发表于 Post on 2015-4-19 11:02:43 | 只看该作者 Only view this author
lao7 发表于 2015-4-9 16:24
应该不叫盐桥吧?叫离子桥接是不是更合理些。ion bridge

salt bridge or ionic bridge

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发表于 Post on 2021-3-29 16:43:32 | 只看该作者 Only view this author
fhh2626 发表于 2015-4-19 11:02
salt bridge or ionic bridge

请问下判断盐桥是否存在具体到底是看哪两个原子之间的距离<=4 A?是看酸性氨基酸侧链不管哪个氧原子和碱性氨基酸侧链氮原子之间距离<=4 A吗?

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发表于 Post on 2021-4-4 04:55:51 | 只看该作者 Only view this author
chenxianzhao 发表于 2021-3-29 16:43
请问下判断盐桥是否存在具体到底是看哪两个原子之间的距离

参考VMD的盐桥插件的判据

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发表于 Post on 2021-4-4 11:19:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-4 04:55
参考VMD的盐桥插件的判据

也就是说判断所有帧中到底有多少帧形成了盐桥,还是要按这个输出的所有帧的侧链质心距离来判断。

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发表于 Post on 2021-4-4 18:28:36 | 只看该作者 Only view this author
salt bridge 就是离子键吗?

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发表于 Post on 2021-4-4 19:59:29 | 只看该作者 Only view this author
chenxianzhao 发表于 2021-4-4 11:19
也就是说判断所有帧中到底有多少帧形成了盐桥,还是要按这个输出的所有帧的侧链质心距离来判断。

不是侧链质心距离,而是带显著正电荷和显著负电荷的原子/基团间的距离
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发表于 Post on 2021-4-4 20:00:11 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-4-4 18:28
salt bridge 就是离子键吗?

算不上是离子键
只是静电主导的弱相互作用
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发表于 Post on 2021-4-4 22:43:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-4 20:00
算不上是离子键
只是静电主导的弱相互作用

明白了,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-4-4 22:49:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-4 20:00
算不上是离子键
只是静电主导的弱相互作用

老师它不是正负电荷间的相互作用嘛,离子键也属于这样的呀

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发表于 Post on 2021-4-4 22:59:13 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-4-4 22:49
老师它不是正负电荷间的相互作用嘛,离子键也属于这样的呀

强和弱相互作用是有很大区别的
真·探

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