求助分子筛计算是否可以将模型简化冻结？

背影里的微笑 · 发表于 Post on 2021-1-9 19:32:41

小弟最近想计算分子筛催化，本来想用VASP算，但是一个晶胞上的原子都块200了，所以想简化成团簇用Gaussian计算（边界用OH饱和），但这样我发现分子筛的结构会塌，所以请问各位大佬，我可不可以将团簇冻结后，再计算反应物在活性位点上的反应，这样有实际意义吗？（活性位点是Al-O-Si中的氧）

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-1-9 20:25:34

可以用cp2k，先用xtb算，然后再看

niobium · 发表于 Post on 2021-1-9 20:53:06

有意义的。一般都是要冻结的，只算铝和周围一圈氧（或者再加一圈硅）。
你这个模型最好把乙烷建在一个孔中，建议多看看文献。
分子筛的团簇模型文献中从早期的几个T原子模型到最近几十个甚至上百个T原子的都有，大了之后用ONIOM的比较多。不过这年头机器快了，两百个原子全用DFT也能搞。

背影里的微笑 · 发表于 Post on 2021-1-9 22:35:48

niobium 发表于 2021-1-9 20:53
有意义的。一般都是要冻结的，只算铝和周围一圈氧（或者再加一圈硅）。
你这个模型最好把乙烷建在一个孔中 ...

感谢大佬回复，我有一点不太明白，您的意思是我可以把团簇全部冻结包括铝原子等？还是只把外层原子冻结留着铝原子和它附近的一些原子不冻结？如果是全部冻结的话，我担心在活性位（铝旁边的氧）上的反应构型会不会有问题？。。。我们的机器不咋地，所以只能出此下策尽量简化模型减少计算量。。。

背影里的微笑 · 发表于 Post on 2021-1-9 22:38:12

喵星大佬发表于 2021-1-9 20:25
可以用cp2k，先用xtb算，然后再看

您好，感谢回复，如果用xtb的话会不会精度不太够？之前没用过xtb，对它不太了解

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-10 03:56:13

背影里的微笑发表于 2021-1-9 22:38
您好，感谢回复，如果用xtb的话会不会精度不太够？之前没用过xtb，对它不太了解

精度整体差不多相当于第一性原理领域里用得较多的DFTB，这样你可能明白点

你这种体系，有个像样的双路服务器，恰当使用混合基组，不重要的区域用诸如3-21G*凑合，做优化没有问题。如果计算资源实在太差，优化用xtb跑GFN-xTB也不是不可以

xtb相关知识：
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

背影里的微笑 · 发表于 Post on 2021-1-10 19:46:32

sobereva 发表于 2021-1-10 03:56
精度整体差不多相当于第一性原理领域里用得较多的DFTB，这样你可能明白点

你这种体系，有个像样的双路 ...

感谢sob老师的解答，我回来试试。

sunqinghao · 发表于 Post on 2021-10-25 16:54:01

背影里的微笑发表于 2021-1-10 19:46
感谢sob老师的解答，我回来试试。

你好楼主，我也是刚入门分子筛催化计算的，冻住就报错103，正常优化结构就塌，很难受

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-10-25 17:27:02

本帖最后由 wzkchem5 于 2021-10-25 10:28 编辑

sunqinghao 发表于 2021-10-25 09:54
你好楼主，我也是刚入门分子筛催化计算的，冻住就报错103，正常优化结构就塌，很难受

贴具体报错信息，以及完整输入文件。如果有保密要求，输入文件的坐标部分可以不贴全，只节选一个没冻住的原子和一个冻住的原子，但是其余部分一行都不能少，连空行也不能少。
最忌讳的问法就是只报哪个link出错了，需要知道每个link出错有非常非常多的不同的成因，只报link号基本没有任何用。

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