高斯优化完含二茂铁结构，如何解决茂铁上下茂环是重叠构象而不是交叉构象？

blbrook · 发表于 Post on 2023-2-16 16:27:42

我使用的是B3LYP/6-31g(d,p), SDD。是否跟投计算时，设置的分子点群有关系？我使用的默认的C1。

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-2-16 17:08:36

你提供的初始结构是交叉构象么？

blbrook · 发表于 Post on 2023-2-16 17:21:41

zjxitcc 发表于 2023-2-16 17:08
你提供的初始结构是交叉构象么？

具体忘记了，因为结构比较大，当时我在chem3D里面建模的，应该是交叉的，然后拉到Gview里面输出gjf，那时候结构特别乱，我想着它应该直接能优化好，结构就是重叠构象了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-16 17:34:12

这个结构有虚频吗？
此外，二茂铁的重叠构象和交叉构象的能量差别很小，所以最优构象可能和取代基有关，有取代基的二茂铁的最优构象不一定和没有取代基的一致。

wjc404 · 发表于 Post on 2023-2-16 17:59:47

社长在http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html这个帖子中提到，二茂铁在真空中的最优构象是重叠式的。

另外B3LYP适不适合过渡金属体系也要斟酌一下，社长的帖子中用的TPSSh泛函。

blbrook · 发表于 Post on 2023-2-16 18:04:39

wzkchem5 发表于 2023-2-16 17:34
这个结构有虚频吗？
此外，二茂铁的重叠构象和交叉构象的能量差别很小，所以最优构象可能和取代基有关，有 ...

没有虚频的，我有一个类似物的单晶结构，是由交错的

blbrook · 发表于 Post on 2023-2-16 18:32:35

wjc404 发表于 2023-2-16 17:59
社长在http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html这个帖子中提到，二茂铁在真空中的最优构象是重叠式的 ...

啊啊啊，感谢感谢！！终于知道为什么了。
那个之所以选B3LYP是因为的确现在大多数文章都用这个

，我这个研究方向目前倒不是很在意者泛函的精度吧。能用就行。主要是现在也来不及更换了，很多数据一定处理好了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-16 19:36:09

blbrook 发表于 2023-2-16 11:04
没有虚频的，我有一个类似物的单晶结构，是由交错的

晶体结构里有晶体堆积力影响。可能之所以晶体里是交错的，是因为这样堆得更紧，或者有利于某些pi-pi或者C-H...pi作用，一旦到气相或者溶剂相里就未必如此了。
仔细阅读http://sobereva.com/569

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-2-16 20:21:37

wjc404 发表于 2023-2-16 17:59
社长在http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html这个帖子中提到，二茂铁在真空中的最优构象是重叠式的 ...

好像HF成分越高越不适合优化过渡金属，但是B3LYP貌似还凑合

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