求amber相关力场或者opls力场各种离子的力场参数

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-12-28 11:18:42

请问各位老师，amber相关力场或者opls力场中有一些离子的参数么？比如铁离子，铝离子，或者更不常见的铋离子？还有碘离子溴离子等卤系、硫酸根离子的么？是否可以添加离子参数？有没有可靠性，谢谢！

fhh2626 · 发表于 Post on 2017-12-28 11:41:48

苏玖染 · 发表于 Post on 2017-12-28 12:17:41

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

多谢！

苏玖染 · 发表于 Post on 2018-5-27 20:27:29

请问下，分子模拟能表现络合作用么？比如说在水溶液中，放入金属离子，会和有机物恰当的形成络合物么？或者说直接加离子这种做法准确性怎么样？还是需要首先按照非标准残基的方法构建有机物和金属离子的结构呢？（如果用Amber力场做的话）

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-28 01:06:54

苏玖染发表于 2018-5-27 20:27
请问下，分子模拟能表现络合作用么？比如说在水溶液中，放入金属离子，会和有机物恰当的形成络合物么？或者 ...

配位作用一般需要bond项连接，否则光靠原子电荷对应的静电相互作用描述的话，一般很难维持住

苏玖染 · 发表于 Post on 2018-5-28 08:45:13

sobereva 发表于 2018-5-28 01:06
配位作用一般需要bond项连接，否则光靠原子电荷对应的静电相互作用描述的话，一般很难维持住

好的，谢谢sob老师

rice · 发表于 Post on 2020-4-18 15:29:29

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

您好，我看您贴出来的文献，是关于amber力场的，请问有OPLS力场的金属离子的力场文献么，如有，麻烦告知一下，谢谢

HZW · 发表于 Post on 2021-2-9 15:36:51

fhh2626 发表于 2017-12-28 11:41
拿去用吧
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/jp505875v

付博。请问修改gromacs下的amber99sb_parmbsc1力场包下的离子参数sigma 和 epsilon的单位是以Å和kcal/mol来修改吗？

fhh2626 · 发表于 Post on 2021-2-10 01:58:38

HZW 发表于 2021-2-9 15:36
付博。请问修改gromacs下的amber99sb_parmbsc1力场包下的离子参数sigma 和 epsilon的单位是以Å ...

不太熟悉gmx，你多找几个格式的参数文件对比确认一下，或者直接用parmed转格式

HZW · 发表于 Post on 2021-2-10 11:09:56

好的，谢谢付博

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-10 13:23:21

HZW 发表于 2021-2-10 11:09
好的，谢谢付博

我怎么记得GMX默认是nm和kJ/mol……ambertools里面用的倒是A和kcal

HZW · 发表于 Post on 2021-2-11 00:33:57

是的，，gromacs力场包就是按照nm和kJ/mol

HZW · 发表于 Post on 2021-2-11 00:36:37

但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

panernie · 发表于 Post on 2021-2-11 11:19:29

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

https://jerkwin.github.io/gmxtool/calc/calc.html 使用在线计算工具中VDW参数计算看看

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-16 08:08:14

HZW 发表于 2021-2-11 00:36
但是sigma那个参数怎么算的，从amber力场离子参数下的Rmin/2

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