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[GROMACS] 求教Gromacs计算NPT系综的密度和蒸发焓,以及NVT系综的表面张力的方法?

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本人才接触Gromacs不久,即将参加6月6日的第五届GROMACS程序培训班,有几个小白问题想弄个清楚,有了解的大神恳请告知。
① 我对模拟时间100ns、模拟尺度500粒子数的NPT水盒子,使用g_energy_mpi -f npt100.edr -b 50000命令计算后50ns轨迹的Potential和Density,所得的Potential值-20673.5(Average)怎么与蒸发焓进行换算?关系式(ΔH = Potential/500 - 2.477)对吗?所得的Density值1006.3(Average)即该体系后50ns的平均密度(单位g/L)对吗?② 我对模拟时间100ns、模拟尺度4000粒子数的NVT水盒子(尺寸8.5×8.5×25,约一半水一半真空),使用g_energy_mpi -f nvt100.edr -b 50000命令计算后50ns轨迹的#Surf*SurfTen,所得的#Surf*SurfTen值1451.6怎么与水/真空界面的表面张力进行换算?关系式(水/真空界面表面张力 = #Surf*SurfTen/20)对吗?

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发表于 Post on 2019-5-14 19:04:10 | 只看该作者 Only view this author
你这不是完整的命令吧
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发表于 Post on 2019-5-14 20:03:46 | 只看该作者 Only view this author
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 20:10:40 | 只看该作者 Only view this author

这里的命令是调用g_energy程序分析md轨迹的,完整命令与分析目标性质(密度、蒸发焓、表面张力)有关

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-5-14 20:25:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了

后天就要组会了,这部分工作需要汇报,,,这个问题可能一下两下讲不清楚,现在着急想跟sob老师确认两个问题,就是g_energy分析双相NVT系综所得的#Surf*SurfTen与界面面积有关系吗?比如完全相同的双相体系,一个界面为10×10,另一个界面为5×5,这时候g_energy程序分别给出的两个#Surf*SurfTen计算值,却只有较小的差异。我在http://bbs.keinsci.com/thread-3433-1-1.html看到您提及过一下#Surf*SurfTen,不确定是我用#Surf*SurfTen的时候出了问题,还是使用的系综尺寸有问题(液相水的体积为8.5×8.5×8.5,气相真空的体积为8.5×8.5×17,这样的尺寸合适吗?)

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发表于 Post on 2019-5-14 21:06:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了

老师 ,请问,这次培训 会讲gromacs中调用GAFF力场的过程吗?
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2019-5-14 21:44:44 | 只看该作者 Only view this author
少年爱吃地三鲜 发表于 2019-5-14 21:06
老师 ,请问,这次培训 会讲gromacs中调用GAFF力场的过程吗?

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-15 08:02:24 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-6-16 16:43:06 | 只看该作者 Only view this author
您好,您的蒸发焓计算出来了吗?您这个帖子有答案了吗?谢谢,我也是刚接触,想要算蒸发焓

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发表于 Post on 2024-3-5 10:39:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-14 20:03
蒸发焓、表面张力的计算在你这次参加的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里都有,到时候参加过就明白了

你好,请问可以请教GROMACS计算蒸发焓吗?非常感谢,有偿,可以线上授课的形式

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发表于 Post on 2024-3-5 11:41:25 | 只看该作者 Only view this author
dollar 发表于 2024-3-5 10:39
你好,请问可以请教GROMACS计算蒸发焓吗?非常感谢,有偿,可以线上授课的形式

北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html
买往届资料自学,怎么购买里面明确写了,要么参加下一届现场培训
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