gview打开cif文件的问题？

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-11 21:33:26

从CCDC下载的数据是cif格式，但用gview打开后，分子都成了片段，如图11所示。

后来用MS打开并按照网上所说的重构晶体，这样就可以得到正确的晶体结构了，如图22和33所示。

然而这样的晶体结构并入高斯进行计算是不行的，然后用MS输出文件mol2格式，用gview打开后，就只有几个原子了，如图44所示。

求解？求解？

北纬18° · 发表于 Post on 2016-5-11 21:42:50

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-11 21:47:20

Mercury我也用过，但后面怎么生成高斯可用的文件那？

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-11 21:50:01

不好意思，Mercury我没有用过，我用的时diamond，我先下载来研究下

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-11 21:55:46

百度看Mercury的介绍，这个软件能输出高斯可用的晶体结构文件吗

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-5-11 22:04:36

11没啥问题，只是in-cell的显示模式而已，反正体系是周期性的。三维周期体系的gjf原子坐标最后三行是“Tv”，这个就是晶格基矢信息。

mol、mol2等在周期性边界条件（晶格基矢）是不被保存的。

wxy · 发表于 Post on 2016-5-11 22:56:06

用Mercury打开cif文件，另存为mol2。Gview能打开mol2文件。

juanshenghuang · 发表于 Post on 2016-5-11 23:12:15

用Chemoffice打开另存为你需要的格式就行了。如高斯为 .gif

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-12 09:19:00

已经安装mercury，顺利保存为mol2类型的文件了，谢谢大家。

jiliu482 · 发表于 Post on 2016-5-13 09:53:53

用gview打开cif文件后，直接另存为gjf格式就可以的。mol2格式是没有周期性的。

晓来雨过 · 发表于 Post on 2016-5-14 10:00:56

但是，有没有人发现，用mercury转存mol2后，再用gv打开，经常出现键都是乱联的状态

zhyho00824 · 发表于 Post on 2016-5-15 15:04:32

这个问题，目前我还没发现过

红叶红叶 · 发表于 Post on 2016-9-15 21:01:02

晓来雨过发表于 2016-5-14 10:00
但是，有没有人发现，用mercury转存mol2后，再用gv打开，经常出现键都是乱联的状态

我的也出现了乱连的情况，请问还有什么其他方法提取cif的坐标呢？谢谢！

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2016-9-16 18:49:23

为啥用高斯算晶体结构，不是都说高斯算出来的结果不好吗

sobereva · 发表于 Post on 2016-9-17 07:53:44

灰飞的旋律发表于 2016-9-16 18:49
为啥用高斯算晶体结构，不是都说高斯算出来的结果不好吗

不是结果不好，而是功能弱，三维时效率低。

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[新手求助] gview打开cif文件的问题？