求助大分子的相互作用能用什么软件能够计算

悟灬空 · 发表于 Post on 2024-4-4 13:58:18

之前用MS尝试计算下面两个大分子之间的相互作用能、内聚能密度，以及在Fe2+、Fe3+影响下的大分子之间的相互作用能、内聚能密度，然后发现MS的所有力场都不支持三价铁离子，想求助一下哪位大佬做过类似的含二价、三价铁离子的模拟，用的什么软件，怎么做

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-4-4 14:12:49

三价铁的力场，
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.0c01320
需要其他的离子就检索 Kenneth M. Merz Jr. 的论文就行
用gromacs应该就能模拟，聚合物或许能用AutoFF建模获取力场参数

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-4 16:17:08

直接就可以用sobtop产生拓扑文件，Fe可以用sobtop自动给的UFF参数，也可以自己改成Merz等其它来源的。参考
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

sobtop也可以直接用于聚合物，http://sobereva.com/soft/Sobtop里有具体例子

如果Fe的配位区域是刚性的，建议用sobtop创建拓扑文件时只把配位区域用刚性模型（基于量化优化的配合物结构，对那部分用自动猜的刚性成键相关参数就可以），其余部分用GAFF的，以正常描述柔性

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 求助大分子的相互作用能用什么软件能够计算

浏览过的版块