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本帖最后由 Sunca 于 2024-5-24 22:53 编辑
先用的charmm-gui生成的pdb文件,拓扑文件是用pdb2gmx命令生成的,但是力场文件里面的残基力场.rtp是我自己通过charmm-gui得到的itp文件在标准残基基础上修改的(如下)(因为标准残基里面只有完整的未修饰的糖环,而我需要乙酰基修饰的糖残基)
[ BM3A ]
; 3-o-acetyl-beta-D-mannose(middle group of chain linked by beta-1,4 bond)
[ atoms ]
C1 CC3162 0.2900 1
H1 HCA1 0.0900 1
C5 CC3163 0.1100 1
H5 HCA1 0.0900 1
O5 OC3C61 -0.4000 1
C2 CC3161 0.1400 2
H2 HCA1 0.0900 2
O2 OC311 -0.6500 2
HO2 HCP1 0.4200 2
C3 CC3161 0.1700 3
CY3 CC331 -0.3100 3
HY31 HCA3 0.0900 3
HY32 HCA3 0.0900 3
HY33 HCA3 0.0900 3
CX3 CC2O5 0.9000 3
OX3 OC2D1 -0.6300 3
H3 HCA1 0.0900 3
O3 OC301 -0.4900 3
C4 CC3161 0.0900 4
H4 HCA1 0.0900 4
O4 OC311 -0.3600 4
C6 CC321 0.0500 5
H61 HCA2 0.0900 5
H62 HCA2 0.0900 5
O6 OC311 -0.6500 5
HO6 HCP1 0.4200 5
[ bonds ]
C1 +O
C1 H1
C1 O5
C1 C2
C2 H2
C2 O2
O2 HO2
C2 C3
C3 H3
C3 O3
O3 CX3
CX3 OX3
CX3 CY3
CY3 HY31
CY3 HY32
CY3 HY33
C3 C4
C4 H4
C4 O4
O4 +C
C4 C5
C5 H5
C5 C6
C6 H61
C6 H62
C6 O6
O6 HO6
C5 O5
因为rtp文件是只能弄单独的残基,而残基之间的键我不知道怎么写,就模仿其他的氨基酸残基用+号表示,后面用pdb2gmx生成的结构残基之间有键连接且键接方式正确,我就以为没问题了
我仔细检查了我的top文件,发现残基之间根本没有键接,是VMD自动把残基连上了误导了我。
我应该怎么弄才能让pdb2gmx在生成拓扑时残基相连呢
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