一些ONIOM(QM:MM)算蛋白质-配体复合物的例子

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-27 21:16:09

J. Chem. Inf. Model. 2019, 59, 3389−3399这篇文章里通过ONIOM(QM:MM)对6种氢键相互作用的蛋白质-配体复合物进行了优化，证明低解析度X光衍射晶体结构里经常由于重原子位置不准而没有把该出现的氢键正确描述出来。补充材料里给了文中用到的Gaussian的ONIOM的输入文件，想做类似计算的ONIOM初学者可以参考一下

ci9b00258_si_001.zip (571.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 604)

具体包含以下复合物结构

总共有6种复合物，每种都有低解析度和高解析度的结构，作者以其为初始结构分别作了优化。每次优化的时候，先使用ONIOM(B3LYP/6-31G*:AMBER)进行初步优化，再进行ONIOM(M06-2X/6-311+g(d,p))进一步优化，所以文件一共有6*2*2=24个。作者将小分子和与之有直接相互作用的残基作为了高层考虑。下面是其中一个，3b2i

计算时蛋白质部分是Gaussian内置的AMBER96力场描述的，小分子部分是作者自己补的GAFF力场参数。例子体现出用ONIOM(QM:MM)在补参数上还是颇为麻烦的。

PS：这种弱相互作用初步优化用B3LYP是不妥的，应当加D3校正。含碘的情况文中用的是lanl2DZ描述（哪怕是第二步较高精度优化也是用的这个），如果关注的是卤键的话，这将严重不妥，起码得用好得多的带极化的lanl08(d)
PPS：本论坛里还有其它ONIOM相关学习资料和教程：http://bbs.keinsci.com/thread-942-1-1.html

lonemen · 发表于 Post on 2019-8-31 18:36:19

谢谢sob老师推荐。

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2019-9-8 10:37:40

谢谢老师推荐，SI 给出了GJF 确实很不错，一般都是画一个结构~

kjxwl3 · 发表于 Post on 2019-9-8 13:34:49

谢谢sob大神！Gaussian的oniom在补参数的时候就是有些麻烦，而且有时候会有错误：
(1) Gaussian会参考AMBER96力场对原子类型进行指认，但是这个指认有时候都会出现错误。
(2) 一般也是缺参数补参数，96力场和gaff力场原则上可以通用（gaff力场其实和99力场更通用，这两套都是同一个课题组开发的）。但是Gaussian缺二面角参数时从来不报错，这就有点麻烦了。
(3) 当然最后我们还得重新拟合电荷参数，不过这是常规步骤。只是具体分子大了之后还得一个一个写进去，还得需要写一些脚本。
所以我觉得Gaussian基于ONIOM的QM/MM还是有很大的问题。
其实最好的做法是基于AMBER的leap组建来产生top文件，Gaussian可以读这个top文件获取力场参数，这样就省去很多烦恼和不必要的错误。如果有人愿意做这么个事情也算是造福学术界了。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-25 00:11:06

谢谢sob大神！想问一下可以提供一下文章的网页链接么？

我在JCIM2019 59卷好像没看的3389−3399页

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-25 03:31:31

wuzhiyi 发表于 2019-9-25 00:11
谢谢sob大神！想问一下可以提供一下文章的网页链接么？

我在JCIM2019 59卷好像没看的3389−3399页

有啊

扔到下面的网址里
http://chemsearch.kovsky.net/

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-25 17:26:21

sobereva 发表于 2019-9-25 03:31
有啊

扔到下面的网址里

谢谢sob老师真是起了怪了

puzhongji · 发表于 Post on 2019-10-24 10:20:32

molUP

狂奔的蜗牛1228 · 发表于 Post on 2024-6-18 19:54:46

puzhongji 发表于 2019-10-24 10:20
molUP

我在window里试着安装了下这个插件，提示安装成功了。但是，重新打开vmd并没有看见相应的选项卡，不知道是为什么。

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[Gaussian/gview] 一些ONIOM(QM:MM)算蛋白质-配体复合物的例子

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