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[Sobtop] 产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数?

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本帖最后由 Wenchuan 于 2024-4-16 11:43 编辑

请问用Sobtop产生MOF-5力场优先用GAFF参数还是UFF参数?Sobtop (sobereva.com)中用了GAFF,为什么?GAFF参数的优势是什么?

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发表于 Post on 2024-4-16 14:41:59 | 只看该作者 Only view this author
GAFF很普适也很好,GAFF能用的情况下,比起UFF这种只能用来凑合的力场往往强得多。虽然对于MOF还有其它专门的力场可用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 15:04:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-16 14:41
GAFF很普适也很好,GAFF能用的情况下,比起UFF这种只能用来凑合的力场往往强得多。虽然对于MOF还有其它专门 ...

请问UFF力场有键参数吗,Sobtop中用UFF原子类型建立力场时没有任何键参数。如果需要UFF力场进行对比,在哪里找MOF-5的UFF力场的键参数呢?

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喵星人

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发表于 Post on 2024-4-17 15:53:05 | 只看该作者 Only view this author
AutoFF自带MOF5的结构,也可以直接生成对应的拓扑文件,力场也可以选择相应的UFF4MOF二代力场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 18:13:32 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Wenchuan 于 2024-4-17 18:17 编辑
喵星大佬 发表于 2024-4-17 15:53
AutoFF自带MOF5的结构,也可以直接生成对应的拓扑文件,力场也可以选择相应的UFF4MOF二代力场

请问AutoFF中UFF4MOF力场中MOF-5的键参数出自哪里,有文献参考吗,还是基于Hessian计算得到的呢?
文献DOI:10.1021/ct400952t和DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00664中似乎没有完整的键参数。

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发表于 Post on 2024-4-18 07:15:23 | 只看该作者 Only view this author
Wenchuan 发表于 2024-4-17 15:04
请问UFF力场有键参数吗,Sobtop中用UFF原子类型建立力场时没有任何键参数。如果需要UFF力场进行对比,在 ...

sobtop没自带UFF力场参数
如果你只需要维持一个刚性MOF结构,直接用CP2K优化晶胞,然后sobtop载入其restart文件,所有成键相关参数全让sobtop自动猜就完了
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发表于 Post on 2024-4-18 11:48:18 | 只看该作者 Only view this author
Wenchuan 发表于 2024-4-17 18:13
请问AutoFF中UFF4MOF力场中MOF-5的键参数出自哪里,有文献参考吗,还是基于Hessian计算得到的呢?
文献DO ...

键参数用的原始UFF的经验公式。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 14:55:09 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢各位的解答

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发表于 Post on 2024-5-1 21:31:20 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-4-18 11:48
键参数用的原始UFF的经验公式。

借楼问一下,我用AutoFF生成UIO-67的UFF4MOFⅡ,然后用gmx完全跑不了啊,也试过删除pair项没用,楼主测试比较复杂的MOF嘛。可以给个实例嘛

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发表于 Post on 2024-5-1 21:33:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 07:15
sobtop没自带UFF力场参数
如果你只需要维持一个刚性MOF结构,直接用CP2K优化晶胞,然后sobtop载入其rest ...

求教社长,这里说的restart就只是结构优化得到restart文件吗?

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发表于 Post on 2024-5-1 22:37:14 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2024-5-1 21:31
借楼问一下,我用AutoFF生成UIO-67的UFF4MOFⅡ,然后用gmx完全跑不了啊,也试过删除pair项没用,楼主测试 ...

GAFF+UFF4MOF,GAFF力场优先,测试了一下,运行没有问题。
UiO67.zip (1.51 MB, 下载次数 Times of downloads: 44)

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发表于 Post on 2024-5-1 22:40:32 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2024-5-1 21:33
求教社长,这里说的restart就只是结构优化得到restart文件吗?

Multiwfn载入restart文件,然后主功能100的主功能2转成gjf,然后GaussView载入gjf,检查成键无误后,保存成mol2给sobtop
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发表于 Post on 2024-5-1 22:56:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-1 22:40
Multiwfn载入restart文件,然后主功能100的主功能2转成gjf,然后GaussView载入gjf,检查成键无误后,保存 ...

好的,谢谢社长

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发表于 Post on 2024-5-2 10:11:35 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-5-1 22:37
GAFF+UFF4MOFⅡ,GAFF力场优先,测试了一下,运行没有问题。

为什么是这样的组合,而不是直接用UFF4MOF

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发表于 Post on 2024-5-2 21:45:05 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2024-5-1 22:37
GAFF+UFF4MOFⅡ,GAFF力场优先,测试了一下,运行没有问题。

跑出来的结果看着不对,联苯这里弯折太厉害了

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