氯原子在pdb文件中识别成碳原子

superrice · 发表于 Post on 2019-11-4 22:48:31

通过antechamber生成的PDB文件里氯原子一行如下：
ATOM 30 CL1 CPC 1 -6.781 0.086 0.404 -0.063612

用Mercury打开则直接识别成了C
请问该如何解决？

agent99 · 发表于 Post on 2019-11-5 06:11:36

CL改成Cl试试？

superrice · 发表于 Post on 2019-11-5 09:15:26

agent99 发表于 2019-11-5 06:11
CL改成Cl试试？

之前就是Cl，我改成CL也没啥用。

agent99 · 发表于 Post on 2019-11-7 08:43:53

只要模拟过程中能正确识别就行，显示的问题换其他可视化软件试试？

superrice · 发表于 Post on 2019-11-7 09:19:26

agent99 发表于 2019-11-7 08:43
只要模拟过程中能正确识别就行，显示的问题换其他可视化软件试试？

VMD也直接给识别成碳咯。。不知道什么情况。。

k64_cc · 发表于 Post on 2019-11-8 17:12:10

pdb最后有一位是元素符号的，你把那一位填上……

15689900879@163 · 发表于 Post on 2022-11-18 19:44:03

使用VMD打开pdb后，Graphics-Representations-Coloring Method,将Name改为Element，就显示为Cl了。

小鱼要加游 · 发表于 Post on 2024-10-18 10:32:40

k64_cc 发表于 2019-11-8 17:12
pdb最后有一位是元素符号的，你把那一位填上……

填上了也还是识别错误

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[Amber] 氯原子在pdb文件中识别成碳原子