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[建模与可视化] VMD中的color scale设置问题

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本帖最后由 pxp2024 于 2024-11-26 13:37 编辑

请问大家 VMD GRAPHICS里面的color scale 里面设置选项midpoint是中点位置, offset是中点的偏移量 应该怎么理解呢?我想在origin中自己画颜色标尺替换掉VMD中的color scale,VMD中的颜色标尺数据怎么导出来呢?


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发表于 Post on 2024-11-26 11:23:23 | 只看该作者 Only view this author
色彩刻度中点的偏移量

“这个color scale 怎么设置origin里的颜色标尺参数让两个图像颜色一致” 严重病句

认真把下文看了,补充信息
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-26 11:32:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-26 11:23
色彩刻度中点的偏移量

“这个color scale 怎么设置origin里的颜色标尺参数让两个图像颜色一致” 严重病 ...

感谢老师的回复,请问这个偏移量应该怎么理解?还有我想在origin 中做一个颜色标尺图替换掉VMD中的颜色标尺,请问这个应该怎么做?

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发表于 Post on 2024-11-26 11:39:22 | 只看该作者 Only view this author
pxp2024 发表于 2024-11-26 11:32
感谢老师的回复,请问这个偏移量应该怎么理解?还有我想在origin 中做一个颜色标尺图替换掉VMD中的颜色标 ...

graphics - colors里拖动offset一看便知



不知道你干嘛要替换,完全意义不明。一次性完整交代清楚



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-26 13:39:45 | 只看该作者 Only view this author
下面的图是我自己在origin中画的颜色标尺与VMD中的有差异,请问怎么能把VMD中的颜色标尺的数据导出来在origin中作图?

202411261337542791..png (47.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

202411261337542791..png

202411261338205063..png (106.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

202411261338205063..png

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发表于 Post on 2024-11-26 13:40:49 | 只看该作者 Only view this author
pxp2024 发表于 2024-11-26 13:39
下面的图是我自己在origin中画的颜色标尺与VMD中的有差异,请问怎么能把VMD中的颜色标尺的数据导出来在orig ...

先说清楚你要用Origin干嘛,Origin又画不出这种图。一次性把能交代的都交代完整,别别人问的时候才一点点说,浪费时间
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-26 13:52:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-11-26 13:40
先说清楚你要用Origin干嘛,Origin又画不出这种图。一次性把能交代的都交代完整,别别人问的时候才一点点 ...

就是用origin画颜色标尺,把VMD的颜色标尺数据导出来在origin中从新画一个颜色标尺,因为需要从新排图,发生VMD带 的颜色标尺不方便调单位

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发表于 Post on 2024-11-26 15:24:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2024-11-26 15:26 编辑
pxp2024 发表于 2024-11-26 13:52
就是用origin画颜色标尺,把VMD的颜色标尺数据导出来在origin中从新画一个颜色标尺,因为需要从新排图, ...

Extensions - Visualization - Color Scale Bar的源代码就在VMD目录下plugins/noarch/tcl/colorscalebar1.4/colorscalebar.tcl脚本里,直接搜draw text找绘制的文本对应变量然后改一改不就行了

区分“从新”和“重新”
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-26 18:52:50 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-26 15:24
Extensions - Visualization - Color Scale Bar的源代码就在VMD目录下plugins/noarch/tcl/colorscalebar1 ...

好的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-26 19:58:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 pxp2024 于 2024-11-26 20:09 编辑

你好,我想把刻度值(例如1.600e+000)改成正常的数值加单位(1.6eV),不想用科学计数形式,请问应该修改那部分的参数,应该怎么修改?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-26 20:09:39 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-26 15:24
Extensions - Visualization - Color Scale Bar的源代码就在VMD目录下plugins/noarch/tcl/colorscalebar1 ...

你好,我想把刻度值(例如1.600e+000)改成正常的数值加单位(1.6eV),不想用科学计数形式,请问应该修改那部分的参数,应该怎么修改?

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发表于 Post on 2024-11-26 21:41:37 | 只看该作者 Only view this author
pxp2024 发表于 2024-11-26 20:09
你好,我想把刻度值(例如1.600e+000)改成正常的数值加单位(1.6eV),不想用科学计数形式,请问应该修改 ...

Color Scale Bar插件弹出的tk窗口有个Label format的选项可以直接切换刻度数值是否启用科学计数法。
额外添加单位以及修改小数位数的话才需要改colorscalebar.tcl脚本,搜索定义变量labeltxt的地方并结合tcl里format的语法修改引号中的内容即可。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-27 08:18:31 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-26 21:41
Color Scale Bar插件弹出的tk窗口有个Label format的选项可以直接切换刻度数值是否启用科学计数法。
额 ...

谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-11-27 14:25:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 pxp2024 于 2024-11-27 14:39 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-11-26 21:41
Color Scale Bar插件弹出的tk窗口有个Label format的选项可以直接切换刻度数值是否启用科学计数法。
额 ...


老师你好,我已经按照你的说明得到了想要的颜色刻度,但是我想让蓝色在上,红色在下反转过来,请问应该怎么操作,另外我觉得还是把他这个颜色代码转换出来在origin里画能更方便,请问老师能帮我看看这个代码具体是什么意思吗?  
# draw the color bar
  set mincolorid [colorinfo num]
  set maxcolorid [expr [colorinfo max] - 1]
  set numscaleids [expr $maxcolorid - $mincolorid]
  set step [expr $length / double($numscaleids)]
  for {set colorid $mincolorid } { $colorid <= $maxcolorid } {incr colorid 1 } {
    draw color $colorid
    set cur_y [ expr $start_y + ($colorid - $mincolorid) * $step ]
    draw line "$use_x $cur_y $use_z"  "[expr $use_x+$width] $cur_y $use_z"
  }


非常感谢

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发表于 Post on 2024-11-28 22:43:12 | 只看该作者 Only view this author
pxp2024 发表于 2024-11-27 14:25
老师你好,我已经按照你的说明得到了想要的颜色刻度,但是我想让蓝色在上,红色在下反转过来,请问应该 ...

不用叫老师,另外直接往帖子里写自己计算机的路径是传不上来图片的哦(虽然我能大概猜到也不用看了)

如果反转的效果是从下到上仍然是负值到正值但颜色变成红白蓝,在Graphics - Colors的Color Scale把Method在RWB和BWR间切换下就行。但是看5楼第二图上端是蓝色负值,估计这应该不是你的想法。脚本定义了一个变量start_y作为起点的y坐标,然后在长度length内逐步增加y坐标来绘制颜色和刻度,最后在更高的y坐标绘制标签作为标题;所以要实现你的想法就得把start_y初始值增大,找循环内expr $start_y + ...之类的语句把加改成减,等等。

你贴的这一段就是利用for循环逐步增加y坐标绘制颜色的代码。draw color $colorid决定了此步绘制的颜色对应colorid,draw line ...就是画一条对应颜色的细线,一步一步画线堆成最后的渐变色彩条。VMD的渐变色和colorid机制确实有点不太直观,参考手册74到77页;虽然确实可以用colorinfo rgb <colorid>之类的指令提取颜色,但整个渐变色范围涉及上千colorid且直接输出的RGB值是三个0到1的小数,很可能不适合其他作图软件的渐变色定义方式。
√546=23.36664289109

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