CP2K几何优化的监控/诊断小脚本-cp2kmonitor

冰释之川

cp2kmonitor是monitor系列工具的第三弹，在此依旧感谢钟叔的tsmonitor中的高大上代码，魔改一下使之适用于CP2K几何优化输出文件


第一弹：tsmonitor  （《Gaussian优化过渡态的监控/诊断小脚本-tsmonitor》http://bbs.keinsci.com/thread-14081-1-1.html）【钟叔操刀】
第二弹：orcamonitor （《ORCA几何优化的监控/诊断小脚本-orcamonitor》http://bbs.keinsci.com/thread-21335-1-1.html）【本人山寨】



注：scf一列中的“NC”是指SCF run NOT converged，即该步的SCF没达到收敛限

CP2K_Monitor.7z (317.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 385)

2023-3-11 22:00 上传 Uploaded

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丁越

冰冰老师也进军第一性原理了么

冰释之川

丁越 发表于 2022-3-4 17:15
冰冰老师也进军第一性原理了么

要做一些表面吸附类的计算，所以就搞了个监控脚本了

冰释之川

2022/03/06： 更新至1.1版本，支持CP2K打印级别为LOW和MEDIUM级别的输出文件

renzhogn424

这个表的形式不错，我自己写了个简单命令画趋势图，不知道能不能结合起来，画多条线，像Gview那样
cat *.out|grep "ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy"|sed 's/ENERGY| Total FORCE_EVAL ( QS ) energy \[a.u.]:        //g' >data.txt
gnuplot -persist <<EOF
plot "data.txt" with linespoints
EOF

PESPES

请问bbj，我优化了Cu晶胞,输出文件显示进行了五步，但是用cp2kmonitor小程序为啥只显示三步呢？

冰释之川

PESPES 发表于 2023-2-26 11:07
请问bbj，我优化了Cu晶胞,输出文件显示进行了五步，但是用cp2kmonitor小程序为啥只显示三步呢？

因为有些几何优化算法第一步会算多个scf来确定下一步优化方向

PESPES

冰释之川 发表于 2023-2-26 11:14
因为有些几何优化算法第一步会算多个scf来确定下一步优化方向

嗯嗯，再请教一个问题，RE代表啥呢，每步优化后的能量？我这个咋显示的这么小呢？ dE是两步之间的能量差，MF,RF,MD,RD分别代表最大受力，平均受力，最大位移，平均位移？

冰释之川

PESPES 发表于 2023-2-26 11:23
嗯嗯，再请教一个问题，RE代表啥呢，每步优化后的能量？我这个咋显示的这么小呢？ dE是两步之间的能量差 ...

RE代表相对于第一帧结构的能量， dE是后一帧相比前一帧能量的变化量，单位应该是kcal/mol。变化小不是很正常的么，你经过了3轮优化，结构收敛了

PESPES

冰释之川 发表于 2023-2-26 13:32
RE代表相对于第一帧结构的能量， dE是后一帧相比前一帧能量的变化量，单位应该是kcal/mol。变化小不是很 ...

懂了，谢谢回复

yaoyuan0711

老师您好，cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step        RE        dE   SCF cycle  time (min)      MF      RF      MD      RD
1        0.000     0.000                          

PROGRAM STARTED AT     2024-10-22 17:27:58.246
PROGRAM ENDED AT       2024-10-22 22:55:25.841
TOTAL RUNNING TIME:    5 hours 27 minutes 27 seconds

The number of warnings for this run is : 0

模拟小菜

yaoyuan0711 发表于 2024-10-24 13:46
老师您好，cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step        RE        dE   SCF cycle  time (min)      MF ...

我使用的也是cp2k2024.2也遇到了同样的问题，请问该如何解决

量化小王子

yaoyuan0711 发表于 2024-10-24 13:46
老师您好，cp2k2024.2的输出文件好像用不了

step        RE        dE   SCF cycle  time (min)      MF ...

加1 ，最新版CP2K用不了

Uus/pMeC6H4-/キ

量化小王子 发表于 2025-2-7 11:55
加1 ，最新版CP2K用不了

这是因为去年五月的https://github.com/cp2k/cp2k/pull/3431修改了几何优化输出的格式，从CP2K 2024.2版开始生效。隔壁http://bbs.keinsci.com/thread-28800-1-1.html去年十一月也有所讨论，并相应更新了脚本。