用VMD分析表面穿透距离但是不能同时打开多个文件怎么处理

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-6-12 10:24:12

在Sob老师的博文：使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布，里头写到1. “启动VMD，然后把furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb按顺序依次拖动到VMD主窗口里(VMD Main)，它们的ID将分别是0、1、2。”
这一步，我把furan.pdb拖入窗口后，再拖李二哥，结果VMD就死机了，试了很多次都不行，请问这是什么原因？，怎么解决呢？谢谢

2. 博文里还写道可以分析两个分子表面的穿透距离，“将Multiwfn和VMD相结合，充分开动脑筋，还可以做很多有趣、有用的分析。例如，对水的二聚体中两个水分别做定量分子表面分析，将得到的两套表面顶点都放到VMD里同时显示出来，就可以看到如下图像”
我已经处理得到了两个分子的vtx.pdb文件，这俩就是表面顶点文件吧，也是同样的问题，拖第二个或者俩一起拖就会死机，VMD就卡死了。

还请老师指点下，这个文件对吗，怎么分析穿透距离，怎么解决这个问题
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2018-6-12 15:05:36

1 “李二哥”意义不明

2 尝试用File-New molecule方式载入。如果还不行，换个版本，或者换个机子试试。我从没遇到过此时死机

小范范1989 · 发表于 Post on 2018-6-12 17:11:24

sobereva 发表于 2018-6-12 15:05
1 “李二哥”意义不明

2 尝试用File-New molecule方式载入。如果还不行，换个版本，或者换个机子试试。 ...

1 “李二哥”意义不明。他的意思应该是“第二个”的意思吧。

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-6-12 17:39:24

sobereva 发表于 2018-6-12 15:05
1 “李二哥”意义不明

2 尝试用File-New molecule方式载入。如果还不行，换个版本，或者换个机子试试。 ...

是第二个，不好意思打错字了，谢谢老师！

终_焉 · 发表于 Post on 2018-6-13 14:11:01

可能是pdb文件的存盘路径太长了，你试一下把pdb文件放到桌面上再拖到VMD窗口行不行。

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2018-6-16 10:58:58

终_焉发表于 2018-6-13 14:11
可能是pdb文件的存盘路径太长了，你试一下把pdb文件放到桌面上再拖到VMD窗口行不行。

好的，谢谢！我再试试看
之前试了下Sob老师的办法，可以了~

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