几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集

sobereva · 发表于 Post on 2014-10-26 18:40:02

这是几何优化、过渡态搜索、IRC的理论和算法相关的45篇综述与56篇原文合集

几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part5.rar (6.54 MB, 下载次数 Times of downloads: 2348)

几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part4.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2030)

几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part3.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 1999)

几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part2.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2005)

几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集(2014-Oct-6).part1.rar (9.5 MB, 下载次数 Times of downloads: 2580)

几何优化算法、过渡态搜索算法和IRC生成算法在很多文章里是一起讨论的。很多方法如RFO、GDIIS既能用于做几何优化也能搜索过渡态（因为它们都是势能面的驻点）。有点方法只适用或常用于某类计算（量子化学、第一性原理、分子力学），应根据自己的实际情况进行判断。

对于量子化学的初学者，建议先看“综述”文件夹里面的（按照推荐顺序）
Geometry optimization.pdf
Chem6440 Geom.ppt
Chapter 12-Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen).pdf
Geometry Optimization I(Encyclopedia of Computational Chemistry).pdf
Chapter 5-Molecular modelling Principles and applications(Leach A.R.,2ed).pdf
一些文档里面有一些批注，里面的说法可能有误，无视即可。

另外，过渡态搜索方法最全面的介绍可参见《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》（http://sobereva.com/44）。其中很多讨论完全适用于几何优化。

PS：几何优化不收敛是新人最最最常问的问题之一。我相信，当读者看完了上面推荐的综述，再看了笔者专门写过的帖子《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法》（http://sobereva.com/164），就不会再因为这个问题犯难了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-27 00:53:03

Yjc 发表于 2022-11-25 19:05
请问下这五个压缩包下载后是都能打开的嘛？我下载后只能打开part1，打开其他压缩包时都会显示“只能打开分 ...

google了解什么叫分卷压缩

Yjc · 发表于 Post on 2022-11-25 19:05:18

请问下这五个压缩包下载后是都能打开的嘛？我下载后只能打开part1，打开其他压缩包时都会显示“只能打开分卷第一部分文件”，请问这是什么原因？谢谢！

409407227 · 发表于 Post on 2021-8-12 20:17:41

谢谢整理

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2021-8-12 19:48:33

wzkchem5 发表于 2021-8-12 15:17
只要搞清楚局部极小值点、鞍点和反应路径的定义，就知道怎么分析二维柔性扫描的结果了。也正是因为这个原 ...

知道了，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-8-12 15:17:19

嘤嘤嘤发表于 2021-8-12 03:44
我想看看文献中是如何描述分析这个三维立体图的，昨天老师在QQ群分享的那个博文我发现可以用二维柔性扫描 ...

只要搞清楚局部极小值点、鞍点和反应路径的定义，就知道怎么分析二维柔性扫描的结果了。也正是因为这个原因，基本没人专门介绍如何理解和应用二维柔性扫描，因为不需要介绍

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2021-8-12 10:44:45

sobereva 发表于 2021-8-12 01:57
根本不可能有什么文献专门说这个
就是个简单的设置而已

我想看看文献中是如何描述分析这个三维立体图的，昨天老师在QQ群分享的那个博文我发现可以用二维柔性扫描找最优构像，其他没看到二维柔性扫描的应用和分析讨论

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-12 01:57:15

嘤嘤嘤发表于 2021-8-11 21:33
老师，我想问下这些综述里包括有二维柔性扫描的文献吗？

根本不可能有什么文献专门说这个
就是个简单的设置而已

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2021-8-11 21:33:37

老师，我想问下这些综述里包括有二维柔性扫描的文献吗？

15029457177 · 发表于 Post on 2021-7-8 14:56:42

好帖顶一个

edcchens · 发表于 Post on 2021-3-26 15:00:54

支持

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-26 20:55:51

过于喧嚣的孤独发表于 2020-7-26 11:36
sobereva老师能补一下吗?百度网盘的链接挂了

我直接上传到这个帖子里了
百毒网盘太垃圾了，莫名其妙就被提示内容敏感

过于喧嚣的孤独 · 发表于 Post on 2020-7-26 11:36:30

sobereva老师能补一下吗?百度网盘的链接挂了

Kikyou · 发表于 Post on 2019-12-12 09:30:09

感谢分享！

xiongbaobao · 发表于 Post on 2018-12-2 15:28:34

谢谢分享，一直在跟随学习

从开始的echo · 发表于 Post on 2018-7-1 23:32:46

感谢分享

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[算法与编程] 几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集

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