CP2K软件metadynamics模块的自由能后处理问题

xingyuan · 发表于 Post on 2018-8-5 21:02:18

本帖最后由 xingyuan 于 2018-8-5 21:11 编辑

各位老师大家好。最近在学习CP2K软件上面的Metadynamics模块，看到一篇文献，我想实现的是类似的功能，即想得到的是如文献上面的图3，为了方便给大家截图下来了。
所以我想问MTD模拟后如何得到free-energy的变化情况，如何后处理（我没有找到关于free energy的数据在哪里）？望各位老师教我。感激不尽！！！
以下是我查到的资料，不知道对不，望各位老师指正。

我在CP2K官网上看到一个例子，是这样做的，关于设置MTD的关键词如下：
&COLVAR
   &COORDINATION
      KINDS_FROM  O
      KINDS_TO C
      R_0 [angstrom]  1.8
      NN  8
      ND  14
   &END COORDINATION
&END COLVAR
.......

&FREE_ENERGY
&METADYN
   DO_HILLS
   NT_HILLS 100
   WW 3.0e-3
   &METAVAR
      SCALE 0.2
      COLVAR 1
   &END METAVAR
结果会得到一个-colvar.metadynLog，一个-hills.metadynLog文件，分别表示CV值的变化和HILLS的坐标等。但是没有提到free-energy的值，希望老师们教导。感谢。

XXDD · 发表于 Post on 前天 10:47

请教一下fes.dat文件的最后一列能量数据单位是多少呀

XXDD · 发表于 Post on 2025-8-4 17:12:55

请问一下这个提交脚本的命令是什么呀，我用PBE提交脚本能运行出来（用的sbatch .sh命令），xTB的不知道为啥就一直报错

JCenter · 发表于 Post on 2025-5-9 22:18:45

youyno 发表于 2025-5-7 02:15
10ps连平衡都不够，我们一般跑50ps能保证反应有效发生，且被采样到，要保证充分采样，我们一般跑上百ps。

好嘞，我的体系600原子左右，跑完平衡再跑100ps采样估计得吃算力咯

youyno · 发表于 Post on 2025-5-7 02:15:15

JCenter 发表于 2025-5-4 22:27
大佬，想请教您一个问题，针对与MetaDynamics-FPMD计算以化学过程水解（500原子体系-聚合物中某一酰胺键 ...

10ps连平衡都不够，我们一般跑50ps能保证反应有效发生，且被采样到，要保证充分采样，我们一般跑上百ps。

JCenter · 发表于 Post on 2025-5-4 22:27:26

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

大佬，想请教您一个问题，针对与MetaDynamics-FPMD计算以化学过程水解（500原子体系-聚合物中某一酰胺键碱性水解）的自由能，总时长如何考虑，以确定自由能的可靠性呢。时间太长，跑的就很久，不知道10ps够吗

Coldwaterfish · 发表于 Post on 2024-2-22 16:40:44

chen0201 发表于 2023-6-1 16:22
请问老师，cp2k没有graph.popt,采用的是graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file C-CH3-cl-1.restart -cp2k ...

您好请问这个问题您解决了吗？我现在也遇到了同样的问题，盼回复

gehan · 发表于 Post on 2023-6-2 12:42:15

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

老师，您好。请问关于通过graph命令得到的fes.dat文件中前几列是CV值吗，为什么我得到的fes.dat文件中前几列的值和cp2k产生的COLVAR-metadynLog文件中的第二、三列的值不一样.

chen0201 · 发表于 Post on 2023-6-1 16:22:28

youyno 发表于 2018-8-7 16:52
你没有理解我的意思
命令应该是 graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file gr2hno3_mtd_3cv_p1-1_2000.restart ...

请问老师，cp2k没有graph.popt,采用的是graph.psmp -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file C-CH3-cl-1.restart -cp2k命令，但是fes.dat是空的，请问怎么回事呢？

chen0201 · 发表于 Post on 2023-5-25 10:18:06

xingyuan 发表于 2018-9-13 14:28
感谢感谢。manual上面有一个例子是这样做的，一直不知道叫什么方法，学到了。那您知道计算自由能的umbrel ...

您好，我也是在学习cp2k计算pmf，请问您的参数设置是怎么样的呢？方便给我看看吗？

Vivat · 发表于 Post on 2022-3-30 19:26:38

dhdhdh 发表于 2022-2-12 10:04
请问问题解决了吗？我用的cp2k是7.0版本，输入graph.popt命令显示command not found。

运行graph.popt的绝对路径

zgdong · 发表于 Post on 2022-3-23 11:24:48

请问您是怎么编译的，我用的也是popt版本，但没有graph相关文件

dhdhdh · 发表于 Post on 2022-2-12 10:04:42

liujodan 发表于 2019-10-16 09:15
youyno老师您好，请问向我这个文件夹中，没有找到graph.popt,是不是没有编译上呢？还请指点，谢谢

请问问题解决了吗？我用的cp2k是7.0版本，输入graph.popt命令显示command not found。

elpa · 发表于 Post on 2021-11-4 12:57:14

youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序，后缀根据版本不同有所区别，具体命令可 ...

您好，请问运行命令graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 -file cp2k-1.restart -find-path -point-a CVs -point-b CVs -cp2k 报错是为什么？
报错提示：forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read 查了一下好像是输入文件的问题，但是restart文件是cp2k自己打印出来的我也没有改动过。

a52241313 · 发表于 Post on 2021-9-1 15:57:37

xingyuan 发表于 2018-8-18 21:09
@youyno 老师，您好，又来麻烦您了。还是关于CP2K的问题，我有以下几个疑问：
1、CP2K Manual上关于计算 ...

"CP2K Manual上关于计算自由能有三种方法：Alchemical Change 、Metadynamics、Umbrella Integration。"请问这一部分的知识在网页的哪里去找，多谢！

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