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[CP2K] CP2K软件metadynamics模块的自由能后处理问题

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发表于 2018-8-5 21:02:18 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 xingyuan 于 2018-8-5 21:11 编辑

各位老师大家好。最近在学习CP2K软件上面的Metadynamics模块,看到一篇文献,我想实现的是类似的功能,即想得到的是如文献上面的图3,为了方便给大家截图下来了。
所以我想问MTD模拟后如何得到free-energy的变化情况,如何后处理(我没有找到关于free energy的数据在哪里)?望各位老师教我。感激不尽!!!
以下是我查到的资料,不知道对不,望各位老师指正。

我在CP2K官网上看到一个例子,是这样做的,关于设置MTD的关键词如下:
    &COLVAR
       &COORDINATION
          KINDS_FROM  O
          KINDS_TO   C
          R_0 [angstrom]  1.8
          NN  8
          ND  14
       &END COORDINATION
    &END COLVAR
.......

&FREE_ENERGY
    &METADYN
      DO_HILLS
      NT_HILLS 100
      WW 3.0e-3
      &METAVAR
        SCALE 0.2
        COLVAR 1
      &END METAVAR
结果会得到一个-colvar.metadynLog,一个-hills.metadynLog文件,分别表示CV值的变化和HILLS的坐标等。但是没有提到free-energy的值,希望老师们教导。感谢。



pcl2016-dynamic acid base equilibrium in single component switchable ionic liqui.pdf

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发表于 2018-8-6 09:48:01 | 显示全部楼层
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序,后缀根据版本不同有所区别,具体命令可以去到安装包内cp2k-4.1/src/metadyn_tools中的文件查看,graph.F文件中包含了详细的参数解释。基本的命令如下
graph.popt -ndim 需要计算自由能的CV个数 -ndw 那几个cv(如 1 2或1 3) -file 实时更新的restart文件(通常是作业名-1.restart) -cp2k 执行完毕后会生成fes.dat的文件,最后一列为自由能单位是a.u.前面几列为CV

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 楼主| 发表于 2018-8-6 17:58:04 | 显示全部楼层
本帖最后由 xingyuan 于 2018-8-18 21:09 编辑
youyno 发表于 2018-8-6 09:48
graph.popt是cp2k编译时产生的用于metadynamics后处理自由能的程序,后缀根据版本不同有所区别,具体命令可 ...

非常感谢您的解答!!
按照您的说的我遇到了点小麻烦,MTD模拟后产生了COLVAR.metadynLog文件和HILLS.metadynLog文件,但是用graph.popt命令需要有HILLS文件,我尝试把这几个文件重命名为HILLS仍然没有成功。目前结果是把.restart文件重命名为HILLS,得到的fes.dat是空文件
下面几张图分别是:MTD模拟后该文件夹下面所含的文件(有一部分删掉了),另外两张图分别是按照您说的提交命令文件以及生成的.out文件。您能帮忙看一下应该如何做吗?

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发表于 2018-8-6 20:05:27 | 显示全部楼层
老哥,restart文件前要加-file命令,这么简单的程序没有必要提交到服务器上算,主节点就可以算也不需要并行
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 楼主| 发表于 2018-8-6 20:22:42 | 显示全部楼层
本帖最后由 xingyuan 于 2018-8-6 20:28 编辑
youyno 发表于 2018-8-6 20:05
老哥,restart文件前要加-file命令,这么简单的程序没有必要提交到服务器上算,主节点就可以算也不需要并行 ...

好的好的,感谢.可是加了-file命令,out文件中还是有 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred错误,然后fes.dat是空文件。这个是什么错误啊

CP2K_example3724846.out

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发表于 2018-8-7 16:52:27 | 显示全部楼层
你没有理解我的意思
命令应该是 graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file gr2hno3_mtd_3cv_p1-1_2000.restart -cp2k
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 楼主| 发表于 2018-8-10 15:12:50 | 显示全部楼层
youyno 发表于 2018-8-7 16:52
你没有理解我的意思
命令应该是 graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file gr2hno3_mtd_3cv_p1-1_2000.restart ...

非常感谢!!

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 xingyuan 于 2018-8-18 21:10 编辑
youyno 发表于 2018-8-7 16:52
你没有理解我的意思
命令应该是 graph.popt -ndim 2 -ndw 1 2 3 -file gr2hno3_mtd_3cv_p1-1_2000.restart ...

@youyno 老师,您好,又来麻烦您了。还是关于CP2K的问题,我有以下几个疑问:
1、CP2K Manual上关于计算自由能有三种方法:Alchemical Change 、Metadynamics、Umbrella Integration。其中另外两种有类似于MTD后处理的方法吗?或者应该怎样去处理数据?我利用Umbrella的方法计算了一下,并没有输出有关自由能的文件。输入文件附上。
2、文献上面提到进行Potential of Mean Force的计算用的是Blue Moon的方法,这个在CP2K中是否支持?还是说CP2K自带的限制计算就是用的Blue moon的原理呢?我的做法关键词是以下形式,这是否正确?非常感谢!
     &COLVAR
      &DISTANCE
        ATOMS 90 61
      &END DISTANCE

&MOTION
&CONSTRAINT
    &COLLECTIVE
      COLVAR 1
      INTERMOLECULAR
      TARGET [angstrom] 8.0
    &END COLLECTIVE
    &LAGRANGE_MULTIPLIERS
      COMMON_ITERATION_LEVELS 1
    &END
&END CONSTRAINT

麻烦您了。




gopt.inp

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