最新版NAMD的编译安装

fhh2626

2024-7-16，对教程进行更新

2024-7-4，注：NAMD 3.0正式版已经在官网发布，如果没有特殊情况的话不用编译了，直接下载官网的二进制包就行
2022-11-18，按照最新版NAMD修改了教程


在这里下载NAMD Nightly version，建议下载main branch
https://gitlab.com/tcbgUIUC/namd

懒得申请权限的可以在这里下载，不过版本较老：
https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

在这里下载最新版colvars模块
http://colvars.github.io/

在这里下载OpenMM（2024-7-6：目前建议下载8.1.2）
https://github.com/openmm/openmm


下载本文提供的NAMDlib.zip附件

然后解压NAMD、Colvars和OpenMM

tar xvf NAMD_Git-2018-08-23_Source.tar.gz

tar xvf colvars-master.tar.gz

tar xvf openmm-7.7.0.tar.gz

更新NAMD中的Colvars，注意编译Colvars还需要OpenMM中的Lepton

export OPENMM_SOURCE=xxxxxxxxxxxxxxxxxxx

sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh ./NAMD_Git-2018-08-23_Source

解压NAMD需要的libraries

mv NAMDlib.zip NAMD_Git-2018-08-23_Source

cd NAMD_Git-2018-08-23_Source/

unzip NAMDlib.zip

解压编译charm并行模块

tar xvf charm-6.8.2.tar

cd charm-6.8.2

./build

编译时会问几个问题，按照实际情况回答，我是塔式服务器，仅供参考

Are you building to run just on the localmachine, and not across multiple nodes? [y/N] （Y)

[新版本增加了一个关于GPU的问题]，选N

Do you want to specify a compiler? [y/N] (N)

Do you want to specify any Charm++ buildoptions, such as fortran compilers? [y/N] (N)

Choose a set of compiler flags [1-5] (3)

       1) none

       2) debug mode                       -g -O0

       3) production build [default]       --with-production

       4) production build w/ projections  --with-production --enable-tracing

       5) custom

What do you want to build? (1)

       1) Charm++ [default] (choose this if you are building NAMD)

       2) Charm++ and AMPI

       3) Charm++, AMPI, ParFUM, FEM and other libraries

Do you want to compile in parallel? (5)

       1) No

       2) Build with -j2

       3) Build with -j4

       4) Build with -j8

       5) Build with -j16 [default]

       6) Build with -j32

       7) Build with –j

Do you want to start the build now? [Y/n] (Y)

然后配置NAMD

cd ..

没有GPU的话就去掉--with-cuda和后面的部分

./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --with-single-node-cuda --cuda-prefix /usr/local/cuda

cd Linux-x86_64-g++/

修改配置文件，加入CHARM的绝对路径

nano Make.config

在里面找到：

CHARM = $(CHARMBASE)/$(CHARMARCH)

把=后面的部分改成绝对路径，如

/home/xxxxxxxxxxxxxxxx/NAMD_Git-2018-08-23_Source/charm-6.8.2

对于Ubuntu用户，可能需要在编译选项中加入-no-pie
nano ../arch/Linux-x86_64-g++.arch
找到CXXOPTS = -O3 -fexpensive-optimizations -ffast-math，在后面加上-no-pie

最后编译

make depends

make –j16

fhh2626

生煎小馒头 发表于 2024-11-15 19:35
您好，楼主，我下载的是这个版本的NAMD_3.0.1_Linux-x86_64-multicore-CUDA.tar.gz，为什么我运行./name3会 ...

缺少相关的库，可能是机器或者系统太老了吧。可以自己编译

fhh2626

生煎小馒头 发表于 2024-11-15 19:35
您好，楼主，我下载的是这个版本的NAMD_3.0.1_Linux-x86_64-multicore-CUDA.tar.gz，为什么我运行./name3会 ...

缺少相关的库，可能是机器或者系统太老了吧。可以自己编译

生煎小馒头

您好，楼主，我下载的是这个版本的NAMD_3.0.1_Linux-x86_64-multicore-CUDA.tar.gz，为什么我运行./name3会出现这个报错：./namd3: error while loading shared libraries: libmvec.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory，可以帮我解疑一下吗

1758924310

fhh2626 发表于 2024-4-24 10:49
那就重新./config ....

您好，我重新安装了一下，但又出现了如下问题：
charmc: Executing rm -f charmrun
rm -f moduleinit90032.C moduleinit90032.o

请问这个问题该如何解决呢？

fhh2626

1758924310 发表于 2024-4-24 10:39
解压了，在NAMD文件夹里有fftw和tcl俩个文件夹，我再重新执行一下？

那就重新./config ....

1758924310

fhh2626 发表于 2024-4-24 09:46
没有解压NAMDlib.zip吧

解压了，在NAMD文件夹里有fftw和tcl俩个文件夹，我再重新执行一下？

fhh2626

1758924310 发表于 2024-4-23 22:20
您好，我是Linux子系统Ubuntu安装NAMD，到了 make -j16这步之后显示

/usr/bin/ld: cannot find -ltcl8.6 ...

没有解压NAMDlib.zip吧

1758924310

您好，我是Linux子系统Ubuntu安装NAMD，到了 make -j16这步之后显示

/usr/bin/ld: cannot find -ltcl8.6: No such file or directory
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [Makefile:552: psfgen] Error 1
make: *** Waiting for unfinished jobs....

请问这个问题怎么解决

fhh2626

simple123 发表于 2024-2-26 14:19
老师您好，请问输入make -j16之后
显示：
make: ***  Error 1

这个看不出来错误在哪。。你得找到由error开头的报错

simple123

老师您好，请问输入make -j16之后
显示：
make: *** [psfgen] Error 1
make: *** Waiting for unfinished jobs....
这样是指安装失败了吗，请问老师接下来该如何处理？
下载的软件有：NAMD_3.0b6_Source.tar.gz；openmm-8.1.1；colvars-master.tar.gz；NAMDlib.zip

fhh2626

shifan 发表于 2024-2-22 10:31
我在编译charm的时候出现以下报错
Charm++ NOT BUILT. Either cd into multicore-linux-x86_64-cuda/tmp a ...

编译charm++的时候不用链接CUDA，NAMD的话应该是可以在CUDA12的机器上编译的。

或者你可以直接下3.0b6的二进制文件来用，最近官网上二进制文件更新很频繁。一半是官网不怎么更新的时候再自己编译安装

shifan

我在编译charm的时候出现以下报错
Charm++ NOT BUILT. Either cd into multicore-linux-x86_64-cuda/tmp and try
后来我尝试cuda那一项选择no，就可以正常编译，服务器中装的cuda版本是12，但是 NAMD的arc文件中最高支持的是11
但是由于磁盘空间不够了，无法再装低版本的cuda
请问这个怎么办？

fhh2626

shifan 发表于 2024-2-21 12:50
请问 openmm如何安装

安装NAMD不需要安装OpenMM。如果你想用OpenMM软件的话，可以直接在conda里面安装

shifan

请问 openmm如何安装

Amphibiouskii

fhh2626 发表于 2023-7-8 23:51
应该是可以直接使用最新的binary的

另外NAMD应该是可以用CUDA12.x编译的

非常感谢付老师的耐心回答！
但是如果我不自己在arch目录下创建一个Linux-x86_64.cuda12的话，在执行命令：

1. ./config Linux-x86_64-g++ --with-cuda --with-single-node-cuda --cuda-prefix /usr/local/cuda

复制代码

后在Terminal输出的信息中就会包含如下警告：

1. CUDA detected: version 12.1
   
2. using Linux-x86_64.cuda11
   
3. Warning: CUDA build found is less than version 12.1

复制代码

难道说是我找到的NAMD版本不对吗?
还有就是在我尝试删掉解压后的NAMD目录，重新解压走一遍流程的时候，在这一步：

1. sh ./colvars-master/update-colvars-code.sh ./NAMD_3.0b3_Source

复制代码

时，它会输出如下信息：

1. Detected NAMD source tree in ./NAMD_3.0b3_Source
   
2. Updating ....../colvars-master/update-colvars-code.sh: line 367: namd/Makefile.patch: No such file or directory
   
3. ...................................................................................... done.
   
4. 
   
5.   *************************************************
   
6.     Please run "make depends" in the NAMD tree.
   
7.   *************************************************
   

复制代码

然后我按照他的要求在文件夹NAMD_3.0b3_Source下运行了make denpends，返回报错：

1. Make.depends:9662: .rootdir/lepton/Make.depends: No such file or directory
   
2. make: *** No rule to make target '.rootdir/lepton/Make.depends'.  Stop.
   

复制代码

但我看了一下在NAMD_3.0b3_Source/lepton下是有Make.depends这个文件的，尝试Google和自己指定文件的绝对路径等各种方法后无效，暂时就卡在这里了。。。
不过既然老师说binary版本应该也能用，那我还是先使用binary版本试试吧。。。