请教：Lammps与GROMACS的重要区别是什么？

yihanxu · 发表于 Post on 2019-2-2 09:44:43

大家好，请问Lammps与GROMACS的重要区别是什么？我记得一个区别是Lammps有ReaxFF反应力场但GROMACS没有。
谢谢。

小沫沫 · 发表于 Post on 2024-4-7 15:46:22

想问下大家，如果想要模拟腐殖酸（腐殖酸的结构是通过分子片段借助packmol生成的初始结构）被氢气还原的过程，用lammps还是gromacs？

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-13 23:07:58

gejuqing 发表于 2023-5-13 20:24
sob老师我想问下想要用MD或者AIMD模拟Ni、Co、Cu、Fe、Pt、Pd等过渡金属的单质、氧化物、氢氧化物对溶液 ...

可以达到目的

gejuqing · 发表于 Post on 2023-5-13 20:24:08

sobereva 发表于 2019-9-18 18:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

sob老师我想问下想要用MD或者AIMD模拟Ni、Co、Cu、Fe、Pt、Pd等过渡金属的单质、氧化物、氢氧化物对溶液中一些有机小分子的吸附，那我只学gmx和cp2k是不是可以达到目的？还是说必须还要再多学个lammps？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-10-10 22:31:55

yejustme 发表于 2021-10-10 21:06
主要用gromacs，粗略用过lammps。个人体验：
1.lammps偏重于材料力学，有很多非常花式的给体系加力或速度 ...

而且Gromacs的2022版本把加速度组的功能也给删了

yejustme · 发表于 Post on 2021-10-10 21:08:09

yihanxu 发表于 2019-9-18 13:46
老师好，想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附，能用GROMACS吗？如果不能用的话，该怎么 ...

我见过铅和镉的立场参数，估计应该可以

yejustme · 发表于 Post on 2021-10-10 21:06:12

主要用gromacs，粗略用过lammps。个人体验：
1.lammps偏重于材料力学，有很多非常花式的给体系加力或速度的方法，相比之下gromacs在这方面就很简单了。
2.同样的体系、同样的立场，gromacs能比lammps快一个数量级

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 23:02:10

sobereva 发表于 2021-7-19 22:22
如果用Merz的Cd2+的离子参数，只能说可以描述，描述得好坏没人测过

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 22:22:43

yuanen 发表于 2021-7-19 22:15
老师，我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述？

如果用Merz的Cd2+的离子参数，只能说可以描述，描述得好坏没人测过

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 22:15:02

sobereva 发表于 2021-7-19 21:44
“Cd和链内碱基的可能？”病句

老师，我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-19 21:44:58

yuanen 发表于 2021-7-19 09:19
那若要更深的考虑，Cd和链内碱基的可能？比如ssDNA适配体这种？

“Cd和链内碱基的可能？”病句

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-19 09:19:21

sobereva 发表于 2021-7-17 15:33
可以，而且是首选之一

那若要更深的考虑，Cd和链内碱基的可能？比如ssDNA适配体这种？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-17 15:33:53

yuanen 发表于 2021-7-17 10:32
老师好，若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况，相互作用，gromacs可以很好的呈现吗？

可以，而且是首选之一

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-17 10:32:55

sobereva 发表于 2019-9-18 18:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好，若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况，相互作用，gromacs可以很好的呈现吗？

yuanen · 发表于 Post on 2021-7-17 10:30:10

老师好，若要是研究镉与dsDNA两者之间的结合情况，可以用gromacs做计算研究吗？

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[综合交流] 请教：Lammps与GROMACS的重要区别是什么？