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[Gaussian/gview] 详谈使用Gaussian做势能面扫描

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详谈使用Gaussian做势能面扫描
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由于图太多,30多张,三万字,懒得这里再贴一遍了。推荐所有Gaussian用户和研究内容与势能面扫描有关的人阅读。如果有文章相关的问题可以在此帖咨询

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-27 17:06:54 | 只看该作者 Only view this author
Rreido 发表于 2025-4-27 16:50
老师您好,想请教一下如果用HF方法扫描,对每一个点都想用post-HF方法额外计算一次单点能,能够在gjf输入文 ...

不能。但可以用下文的SCANsplit产生扫描后的各个结构的单点文件,然后批量计算、用grep批量提取能量

产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具:IRCsplit和SCANsplit
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发表于 Post on 2025-4-27 16:50:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Rreido 于 2025-4-27 16:55 编辑

老师您好,想请教一下如果用HF方法扫描,对每一个点都想用post-HF方法额外计算一次单点能,能够在gjf输入文件中实现吗?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-25 18:19:50 | 只看该作者 Only view this author
菲比的洪均 发表于 2024-12-25 17:28
老师您好,有个问题想请教您一下。就是假如同时对一个分子中的两个键做势能面扫描时,如果高斯给出的内坐标 ...

自己调整内坐标定义做刚性扫描,或者利用GIC做柔性扫描时保持两个键长度变化相同
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发表于 Post on 2024-12-25 17:28:33 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,有个问题想请教您一下。就是假如同时对一个分子中的两个键做势能面扫描时,如果高斯给出的内坐标恰好都不符合这两个键,此时应该怎么办呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 19:55:32 | 只看该作者 Only view this author
Hailu 发表于 2024-12-5 10:54
老师,想问一下,我在内坐标里找不到我要扫描的二面角对应的那一行内坐标,这种情况下怎么办呀?
用例子描 ...

自己改写内坐标定义

要么用gentor结合xyz2QC实现
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将多帧xyz文件转化成量子化学输入文件的工具:xyz2QC
http://sobereva.com/472http://bbs.keinsci.com/thread-12468-1-1.html
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发表于 Post on 2024-12-5 10:54:42 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hailu 于 2024-12-5 10:58 编辑

老师,想问一下,我在内坐标里找不到我要扫描的二面角对应的那一行内坐标,这种情况下怎么办呀?
用例子描述一下:
在老师举的“扫描甲醇的羟基的二面角”例子里,要在内坐标文件里找到能够让醇羟基旋转的内坐标行:H6-O5-C1-H2。
然而我在我研究的分子的内坐标里,找不到能够描述这种能让我研究的基团进行旋转的这一行(真的检查了很多遍了,是没有的)。

202412051055567432..png (140.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

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发表于 Post on 2023-10-24 16:01:07 | 只看该作者 Only view this author
介绍得非常详细,谢谢sob老师的分享

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发表于 Post on 2023-10-11 10:13:09 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 吴双 于 2024-3-25 14:37 编辑

老师 想跟您请教一下,我计算的催化剂模型是LnCr(Ⅲ)Mo6(Ⅵ)O24H3(简称1,电荷-3 ,自旋多重度4),催化剂1以氢键作用吸附H2O2,发生的反应是催化剂羟基上的H原子通过PCET过程进攻H2O2的过氧键,生成H2O...OH的结构。想找这一步的过渡态,做了柔性扫描,以生成物为柔性扫描的初始结构,发现随着H2O..OH上H向催化剂上O靠近的过程中,过氧化氢自身O-O键并没有拉近的趋势,想跟您请教下这是为什么呢?麻烦您啦(柔性扫描输出文件在附件中)

FZ0]HQ)IV{JQWAJ4APPY8HB.png (80.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 79)

FZ0]HQ)IV{JQWAJ4APPY8HB.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-12 16:28:37 | 只看该作者 Only view this author
木贞 发表于 2023-9-12 16:03
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

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发表于 Post on 2023-9-12 16:03:43 | 只看该作者 Only view this author
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-17 11:29:16 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2023-7-17 11:22
老师,请问2.5 刚性扫描实例4:同时扫描水分子的键长与键角中,用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度,我 ...

水相中水的键角实验没法测
相差1度根本不算什么事。def2-TZVP那么昂贵的基组用Gaussian优化50原子体系以上都老费劲了。若对精度要求高、嫌def2-SVP low,对于较大体系撑死了用def2-TZVP(-f)或def-TZVP也就够了。而且没有任何理论方法没有误差,讨论基组本身精度必须结合精度尽可能高的理论方法,只结合B3LYP不能说明问题,或者去跟接近完备基组极限的基组对比,例如和def2-QZVP对比。
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发表于 Post on 2023-7-17 11:22:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2023-7-17 11:28 编辑

老师,请问2.5 刚性扫描实例4:同时扫描水分子的键长与键角中,用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度,我用B3LYP/6-311g**在真空或水溶剂中也是103度,但是公认的键角是104.5左右,这种结构优化的误差是可以接受的吗?
方法改成B3LYP/def2tzvp后,水溶剂中水的键角为104.3,是否说明一般建议的结构优化方法应该建议B3LYP/def2tzvp呢?
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发表于 Post on 2023-5-21 18:39:56 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-4-1 09:10
用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1    显示原子编号,以便观察两面角    GaussView Vi ...


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发表于 Post on 2023-4-11 22:05:16 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2023-4-11 14:44
谢谢您,老师我还有一个问题,在做激发能计算时,在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能, ...

当扫描步长无限小时,两条势能曲线的极小值点的差是绝热激发能。此时相当于你虽然做的所有计算都是限制性优化,但是你限制的那个方向改为用“画出势能曲线然后用肉眼找极小值点”这种原始方法做了优化,所以每个方向上都做了优化,结果等价于非限制性优化。
实际上扫描步长不是无限小,因此两条势能曲线的极小值点的差近似等于绝热激发能,但一般不严格等于。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-4-11 21:44:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-11 20:30
绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构 ...

谢谢您,老师我还有一个问题,在做激发能计算时,在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能,那上面那个图激发态势能曲线我用的优化好激发态结构做的,基态势能曲线用的是优化好的基态结构做的,那这两个极小点能量之差是激发能吗?因为您说绝热激发能要求的是非限制性优化,柔性扫描是限制性优化,所以我由点不明白,再次麻烦您。

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