详谈使用Gaussian做势能面扫描

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-1 05:38:25

见
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474

由于图太多，30多张，三万字，懒得这里再贴一遍了。推荐所有Gaussian用户和研究内容与势能面扫描有关的人阅读。如果有文章相关的问题可以在此帖咨询

qiyangtt · 发表于 Post on 2023-10-24 16:01:07

介绍得非常详细，谢谢sob老师的分享

吴双 · 发表于 Post on 2023-10-11 10:13:09

本帖最后由吴双于 2024-3-25 14:37 编辑

老师想跟您请教一下，我计算的催化剂模型是LnCr(Ⅲ)Mo6(Ⅵ)O24H3（简称1，电荷-3 ，自旋多重度4），催化剂1以氢键作用吸附H2O2，发生的反应是催化剂羟基上的H原子通过PCET过程进攻H2O2的过氧键，生成H2O...OH的结构。想找这一步的过渡态，做了柔性扫描，以生成物为柔性扫描的初始结构，发现随着H2O..OH上H向催化剂上O靠近的过程中，过氧化氢自身O-O键并没有拉近的趋势，想跟您请教下这是为什么呢？麻烦您啦（柔性扫描输出文件在附件中）

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-12 16:28:37

木贞发表于 2023-9-12 16:03
怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit
http://sobereva.com/199

木贞 · 发表于 Post on 2023-9-12 16:03:43

怎么输出扫描各点的笛卡尔坐标呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-7-17 11:29:16

一条君发表于 2023-7-17 11:22
老师，请问2.5 刚性扫描实例4：同时扫描水分子的键长与键角中，用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度，我 ...

水相中水的键角实验没法测
相差1度根本不算什么事。def2-TZVP那么昂贵的基组用Gaussian优化50原子体系以上都老费劲了。若对精度要求高、嫌def2-SVP low，对于较大体系撑死了用def2-TZVP(-f)或def-TZVP也就够了。而且没有任何理论方法没有误差，讨论基组本身精度必须结合精度尽可能高的理论方法，只结合B3LYP不能说明问题，或者去跟接近完备基组极限的基组对比，例如和def2-QZVP对比。

一条君 · 发表于 Post on 2023-7-17 11:22:21

本帖最后由一条君于 2023-7-17 11:28 编辑

老师，请问2.5 刚性扫描实例4：同时扫描水分子的键长与键角中，用B3LYP/def2SVP得到的水的键角是103度，我用B3LYP/6-311g**在真空或水溶剂中也是103度，但是公认的键角是104.5左右，这种结构优化的误差是可以接受的吗？
方法改成B3LYP/def2tzvp后，水溶剂中水的键角为104.3，是否说明一般建议的结构优化方法应该建议B3LYP/def2tzvp呢？

赤赤媛 · 发表于 Post on 2023-5-21 18:39:56

Novice 发表于 2019-4-1 09:10
用Atom List Editor修改内坐标定义要扫描的两面角

1 显示原子编号,以便观察两面角 GaussView Vi ...

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-11 22:05:16

a-Student 发表于 2023-4-11 14:44
谢谢您，老师我还有一个问题，在做激发能计算时，在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能， ...

当扫描步长无限小时，两条势能曲线的极小值点的差是绝热激发能。此时相当于你虽然做的所有计算都是限制性优化，但是你限制的那个方向改为用“画出势能曲线然后用肉眼找极小值点”这种原始方法做了优化，所以每个方向上都做了优化，结果等价于非限制性优化。
实际上扫描步长不是无限小，因此两条势能曲线的极小值点的差近似等于绝热激发能，但一般不严格等于。

a-Student · 发表于 Post on 2023-4-11 21:44:15

wzkchem5 发表于 2023-4-11 20:30
绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构 ...

谢谢您，老师我还有一个问题，在做激发能计算时，在基态结构基础上算td energy单点任务得到的是激发能，那上面那个图激发态势能曲线我用的优化好激发态结构做的，基态势能曲线用的是优化好的基态结构做的，那这两个极小点能量之差是激发能吗？因为您说绝热激发能要求的是非限制性优化，柔性扫描是限制性优化，所以我由点不明白，再次麻烦您。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-11 20:30:06

a-Student 发表于 2023-4-11 13:17
老师，打扰您一下，有个小问题就不单独发帖了，如图，在做势能曲线时采用柔性扫描，基态势能曲线极小点到激 ...

绝热激发能要求的是非限制性优化。一般说优化默认指完全不做任何限制的优化。
td opt优化的是激发态结构，不涉及优化基态结构（这个和是否有=modredundant无关）

a-Student · 发表于 Post on 2023-4-11 20:17:19

本帖最后由 a-Student 于 2023-4-18 10:30 编辑

老师，打扰您一下，有个小问题就不单独发帖了，如图，在做势能曲线时采用柔性扫描，基态势能曲线极小点到激发态极小点之间，这个过程是不是激发能，我有几个理解：
1.如果选择的都是基态优化好的结构，基于这个结构去分别扫描基态和激发态的势能曲线，则对应的是激发能。
2.如果基态势能曲线用的基态优化好的结构去扫描，而激发态势能曲线用激发态优化好的结构去扫描，则对应的是绝热激发能。
但是在博文473中描述，在柔性扫描中，每次按照你的要求而改变特定几何参数时，做的不是单点计算而是限制性优化，即没有被扫描的变量都会被优化以使得体系能量尽可能低，相当于允许这些变量自发地弛豫（relax），意思是柔性扫描实际上是对分子做限制性优化，那么扫描基态和激发态势能曲线无论选择哪一态（基态还是激发态）结构作为基础结构扫描，对应的应该都是绝热激发能了。（1）请问老师，我这样理解是否正确？柔性扫描时.
（2）如果是基于基态优化好的结构进行td opt=modredundant，Gaussian计算的顺序是先几何变化一步就优化一次基态结构在进行计算td energy 能量计算吗？
请老师指正。谢谢老师

Dolantin · 发表于 Post on 2022-12-9 15:33:00

sobereva 发表于 2022-12-9 05:19
绝对不是所有涉及共价键断裂的反应过程都会涉及到对称破缺单重态。乙醇脱水整个反应过程都是闭壳层，旧的 ...

学到了，谢谢卢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-9 05:19:08

Dolantin 发表于 2022-12-8 22:02
求问在柔性扫描实例4中“由于涉及到共价键断裂，所以关键词必须用guess(mix,always)”。为啥在柔性扫描实例 ...

绝对不是所有涉及共价键断裂的反应过程都会涉及到对称破缺单重态。乙醇脱水整个反应过程都是闭壳层，旧的共价键断裂时还形成了新的共价键。

Dolantin · 发表于 Post on 2022-12-8 22:02:23

求问在柔性扫描实例4中“由于涉及到共价键断裂，所以关键词必须用guess(mix,always)”。为啥在柔性扫描实例3：辅助寻找乙醇脱水的过渡态没有加上关键词guess(mix,always)，实例3中不是也涉及到共价键的断裂吗

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