坚持使用B3LYP算有机体系能量的人的下场

sobereva

前阵子接到一个J Mol Struct的审稿，算的是3+2环加成，作者用的B3LYP/6-311+G**（优化和单点能都是）。有实验有计算，内容挺丰富，发JMS怎么都够了。虽然B3LYP算有机体系能量早就是老黄历了，早该淘汰了，可有些人顽固不化，但在我来看还不足以成为需要重算所有数据的理由，所以我的审稿意见也没提这点。没想到修回的稿子里，第二个审稿人提出：
- It is well-know that any calculation using b3lyp functional must be  done including empirical dispersion correction. All the calculations  should be repeated coonsidering dispersion correction

作者很不幸，碰到个较真的审稿人。作者修回的稿子里的回复是：
All calculations using B3LYP functional were repeated consider empirical dispersion correction B3LYP-D3. As well as calculations were performed using the M06-2X and M11 functionals. Corrected in accordance with the Reviewer’s suggestions (see in the text, page 6 and in Supplementary Materials).
多惨，数据重算了一遍。（用M11这性能平庸的泛函计算是纯粹多余的，可见作者对泛函的发展现状明显缺乏关注）

我在下文里曾明确表态什么泛函适合算有机体系：
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）
文中明确说了，用M06-2X算有机体系能量是值得推荐的（还有更好的wB97M-V）。当初这作者要是用M06-2X，哪用得着如今重算？这年头还用B3LYP算有机体系能量问题已经严重底气不足了，虽然当前计算加D3不是有绝对必要性，但加了也比直接用干巴巴的B3LYP强、也不至于招致这个审稿人的这顿批。我在此文里也强调了加D3可以改进反应能的计算：
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）
不过，这个审稿人过度重视色散校正、甚至不是非得加色散校正的情况还要让作者加了重算，这点我是不赞同的。

我之前在此文中鼓励使用def或def2基组代替尺寸相近的Pople基组：
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）
这审稿人还有个意见
- Pople basis  sets are not the best. A solid justification of their use and comparison with other levels of theory must be included
作者的回复是
In the text, calculations have been added at various levels of theory (see in the text, page 6 and in Supplementary Materials – Tables S3 and S4).
可见，当初要是用def或def2，特别是计算能量时候用def2-TZVP，哪有这麻烦？

网上答疑时，对方用B3LYP/6-311++G**这个垃圾组合（精度又差、无意义地乱加弥散导致耗时大为增加）做有机体系计算的情况见过好几次，我总是苦口婆心地说别没事瞎加弥散（尤其是氢的）、算有机体系能量B3LYP过时了、建议改用def/def2，可对方还总是不以为然（理由往往是在之前的文章中见多了，或者是实验室祖传的，等等），似乎我这些建议都是多管闲事似的，这些人以后注定要吃大亏。像这种体系（几十个原子），用wB97XD或B3LYP-D3(BJ)结合6-311G**或def-TZVP优化，然后M06-2X或wB97M-V或双杂化泛函结合def2-TZVP算单点，妥妥的，耗时不很高精度又满足一般研究需要，哪个审稿人也挑不出毛病（真碰见有找茬的可以轻易怼回去）。

注：注意我只是说B3LYP算有机体系能量如今已经难以发表了，而优化是另一码事，见《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》（http://sobereva.com/557）。单点和几何优化完全可以用不同的泛函，见《量子化学研究中切换泛函应当注意的问题》（http://sobereva.com/415）、《浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组》（http://sobereva.com/387）

gengle

收藏了

Warm_Cloud

coolrainbow 发表于 2020-7-27 11:10
ORCA算Pople基组时，那种SP基组的积分计算没有优化过，相当于分别算SX和PX，所以效率很低。

是啊，张老师最近在忙啥？

coolrainbow

唉，有的人是另一个极端，拿个100原子的体系二话不说MP2/ccpvtz就几何优化，白白浪费一堆机时还算不出来

coolrainbow

Warm_Cloud 发表于 2019-4-12 18:32
pople基组确实该退休了，很不解的是用ORCA还用pople基组，耗时比def2更多(主要是6-31g**和def2-SVP)而且精 ...

ORCA算Pople基组时，那种SP基组的积分计算没有优化过，相当于分别算SX和PX，所以效率很低。

sobereva

TANGYIHAN 发表于 2020-7-26 19:26
社长，有机体系优化过渡态，使用M06-2X有没有必要加D3呢

可加可不加，加了没坏处但也没显著改进

TANGYIHAN

社长，有机体系优化过渡态，使用M06-2X有没有必要加D3呢

sobereva

leo1992 发表于 2020-6-11 22:45
社长，计算有机体系的热力学数据，1.用wB97XD/6-311g**（用B3LYP一直有大的虚频），结构优化振动分析获得 ...

1 合理
2 不用

leo1992

sobereva 发表于 2020-2-3 04:51
分清楚M06和M06-2X
不要随意把B3LYP简写，仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

社长，计算有机体系的热力学数据，1.用wB97XD/6-311g**（用B3LYP一直有大的虚频），结构优化振动分析获得热力学校正量，再用M06-2X/Def2TZVPP算单点，是否合理？
2.M06-2X/Def2TZVPP计算单点时是否需要加em=D3？谢谢老师。

sobereva

loovfnd 发表于 2020-2-1 11:11
感谢社长推荐这个帖子。有个疑问，如果用B3LYP优化结构，用M06-2X计算能量（单点能）呢。若这个可行用零点 ...

分清楚M06和M06-2X
不要随意把B3LYP简写，仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

此问题在此文说了
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415（http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html）

loovfnd

感谢社长推荐这个帖子。有个疑问，如果用B3LYP优化结构，用M06-2X计算能量（单点能）呢。若这个可行用零点校正获得自由能可以用B3的零点加上M06的单点吗？

sobereva

胡桃木 发表于 2019-5-22 16:22
请问sob老师，用b3lyp做优化，然后用m062x做激发态计算，这样可以被接受吗

如果你是指B3LYP优化基态，没问题

胡桃木

sobereva 发表于 2019-4-12 22:14
能看到

请问sob老师，用b3lyp做优化，然后用m062x做激发态计算，这样可以被接受吗

mars936

感谢社长，继续学习

sobereva

那丢失的 发表于 2019-4-29 15:09
我做的体系一般原子原子不超过十个，用B3LYP做优化和看红外频率，然后用CCSD(T)做单点。结果一般相差不大， ...

优化和振动分析本来用B3LYP-D3(BJ)就是很合适的，切换到M06-2X的必要性体现在算能量的时候

那丢失的

我做的体系一般原子原子不超过十个，用B3LYP做优化和看红外频率，然后用CCSD(T)做单点。结果一般相差不大，大多时候B3LYP的结果与比CCSD(T)低3kcal/mol左右。也知道现在可能有M06-2X会更好，但是感觉没有B3LYP用着顺手，有时候就是优化不出来。