计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 26646|回复 Reply: 21
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[文献推荐] 一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018)

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

跳转到指定楼层 Go to specific reply
#
用知名的CASF测试集测试了最主流的对接程序Autodock和后来的Vina,并与其它主流对接程序的精度做了对比,测试和讨论全面充分,文章有普遍意义,值得一看。
Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
Thomas Gaillard
J. Chem. Inf. Model. 2018, 58, 1697−1706

Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark.pdf (1.94 MB, 下载次数 Times of downloads: 658)

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
ezez + 5 赞!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1657

帖子

5

威望

4560

eV
积分
6317

Level 6 (一方通行)

喵星人

21#
发表于 Post on 2021-12-29 15:49:00 | 只看该作者 Only view this author
vina其实还行,反正做完了对接还要跑MD的,对接出来的位置和姿势大体差不多就行

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

20#
发表于 Post on 2021-12-28 20:54:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-17 02:15
用新版本。在vmware虚拟机下运行就完了

非要用原生windows版下这个

多谢sob老师

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

19#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-17 02:15:38 | 只看该作者 Only view this author
xking 发表于 2021-11-16 18:18
请问老师有vina的软件包吗,现在vina官网不提供win版的软件了

用新版本。在vmware虚拟机下运行就完了

非要用原生windows版下这个 autodock_vina_1_1_2_win32.msi (499.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

42

帖子

0

威望

163

eV
积分
205

Level 3 能力者

18#
发表于 Post on 2021-11-16 18:18:50 | 只看该作者 Only view this author
请问老师有vina的软件包吗,现在vina官网不提供win版的软件了

205

帖子

0

威望

1723

eV
积分
1928

Level 5 (御坂)

17#
发表于 Post on 2020-2-13 16:53:20 | 只看该作者 Only view this author
puzhongji 发表于 2020-2-13 06:49
点击链接加入群聊【LeDock药设与分子模拟】:https://jq.qq.com/?_wv=1027&k=5mJ45Gp

OK   谢谢
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

64

帖子

0

威望

3132

eV
积分
3196

Level 5 (御坂)

16#
发表于 Post on 2020-2-13 06:49:59 | 只看该作者 Only view this author
lijiayisjtu 发表于 2020-2-12 18:41
谢谢,我也没找到QQ群

点击链接加入群聊【LeDock药设与分子模拟】:https://jq.qq.com/?_wv=1027&k=5mJ45Gp

205

帖子

0

威望

1723

eV
积分
1928

Level 5 (御坂)

15#
发表于 Post on 2020-2-12 18:41:30 | 只看该作者 Only view this author
puzhongji 发表于 2020-2-11 12:22
特殊时期,ledock开发者免费提供专业版ledock:
lephar.com/product/ledock.zip
lephar.com/product/lepo ...

谢谢,我也没找到QQ群
Shanghai JiaoTong University
欢迎关注我的推送号:AI计算生化

515

帖子

1

威望

4697

eV
积分
5232

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2020-2-11 14:04:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-11 12:03
ledock就挺好,容易上手,速度也不错

谢谢老师

515

帖子

1

威望

4697

eV
积分
5232

Level 6 (一方通行)

13#
发表于 Post on 2020-2-11 12:31:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-11 13:57 编辑
puzhongji 发表于 2020-2-11 12:22
特殊时期,ledock开发者免费提供专业版ledock:
lephar.com/product/ledock.zip
lephar.com/product/lepo ...

谢谢,没想到还有这个。另,这个群搜不到呀

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120148

管理员

公社社长

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-11 12:03:27 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2020-2-10 22:13
请问对于初学者而言,免费对接程序中哪个比较合适呢?autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高,而横测表 ...


ledock就挺好,容易上手,速度也不错
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

515

帖子

1

威望

4697

eV
积分
5232

Level 6 (一方通行)

11#
发表于 Post on 2020-2-10 22:13:19 | 只看该作者 Only view this author
请问对于初学者而言,免费对接程序中哪个比较合适呢?autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高,而横测表示好像ledock在构象搜索上更胜一筹。另外,已经有那么多在线的服务器了,但与程序相比似乎没啥存在感,为啥呀……

245

帖子

0

威望

2717

eV
积分
2962

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2019-9-17 09:18:54 | 只看该作者 Only view this author
stevenabing 发表于 2019-5-20 09:43
分子对接软件,个人认为最好的是以前的Molgero(MVD)。
我多次试过,取个Complex,将原来的配体取出进行 ...

多谢推荐!

34

帖子

0

威望

2644

eV
积分
2678

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2019-5-20 09:43:09 | 只看该作者 Only view this author
分子对接软件,个人认为最好的是以前的Molgero(MVD)。
我多次试过,取个Complex,将原来的配体取出进行对接,基本上和原来是重叠的,而且操作简单。

179

帖子

0

威望

4094

eV
积分
4273

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2019-5-19 11:15:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 azero 于 2019-5-19 11:20 编辑
ene 发表于 2019-5-17 14:46
搜索构象上ledock很厉害了,只不过打分函数还有提升空间,对比glide的gscore之类还是有一点差距

最近才开始用gold,貌似CHEMPLP打分总体略好点?
见到手册推荐这个,但不知道什么时候才选用goldscore,chemscore或ASP

224

帖子

5

威望

4578

eV
积分
4902

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2019-5-17 14:46:51 | 只看该作者 Only view this author
cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话,哪款软件精度好一点,有相关的文献吗?

搜索构象上ledock很厉害了,只不过打分函数还有提升空间,对比glide的gscore之类还是有一点差距
我需要一些假日,但我不希望每天都是假日。因为我没有承担痛苦,因为那不是真正的自由。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 01:21 , Processed in 0.171784 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list