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[新手求助] 对于含硫、氧、碳原子的有机阴离子进行优化和激发态计算,怎么选弥散函数和极化函...

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请教大佬们!
最近想计算一个含硫、氧、碳原子的有机阴离子的紫外吸收图谱,将其在基态下进行优化,执行的口令是:opt=calcfc ub3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(solvent=water) geom=connectivity
pop=full,然后在此基础上采用相同的基组选择TD进行了激发态的计算,有了一个初步的结果,也得到了一个较为合理的紫外吸收谱图。不过最近又看了一些讨论,就不知道我选++和d,p是不是合理的?因为含有硫原子,实际上也是硫原子带了一个负电,不知道是不是应该把极化函数作一修改?
另外请老师讲解一下极化函数选项中d,2d,3d,df,2df,p,2p,3p,pd,...3pd等到底是什么意思,有什么区别啊?选择他们得标准是什么?

谢谢啦!!!

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发表于 Post on 2021-9-14 03:29:24 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-9-13 11:28
老师,您好,我所计算的阴离子体系是醋酸阴离子与中性有机物之间质子转移的过程,溶剂是三氟乙醇,想用SM ...

无论用什么隐式溶剂模型肯定也不如用杂化溶剂模型,你觉不嫌麻烦而且对精度要求高的话就用杂化模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-13 11:28:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-9-12 23:55
优化通常可以。但opt freq目的一般我更建议用Gaussian默认的IEFPCM,原因下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶 ...

老师,您好,我所计算的阴离子体系是醋酸阴离子与中性有机物之间质子转移的过程,溶剂是三氟乙醇,想用SMD隐式溶剂模型计算体系自由能,看了uESE支持的溶剂类型中,没有我所需要的三氟乙醇溶剂,所以想问一下是不是只能使用杂化溶剂模型?

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发表于 Post on 2021-9-12 23:55:15 | 只看该作者 Only view this author
化小白 发表于 2021-9-12 20:07
老师,您好,关于他的输入文件,我想问一下,他计算的有机阴离子体系可以直接使用SMD溶剂模型优化吗?我 ...

优化通常可以。但opt freq目的一般我更建议用Gaussian默认的IEFPCM,原因下文说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

误差比较大是隐式溶剂模型下算离子体系的能量。但也看具体是什么阴离子、什么隐式溶剂模型。诸如uESE就比SMD要好
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html
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发表于 Post on 2021-9-12 20:07:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 化小白 于 2021-9-12 20:12 编辑
sobereva 发表于 2019-6-12 19:09
写pop=full毫无意义,给氢带弥散完全多余
“硫原子带了一个负电”不可能,搞清楚形式电荷和原子电荷

老师,您好,关于他的输入文件,我想问一下,他计算的有机阴离子体系可以直接使用SMD溶剂模型优化吗?我记得您好像有篇博文中提到,阴离子体系需要使用杂化溶剂模型,直接使用SMD溶剂模型的话误差可能比较大

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发表于 Post on 2019-6-16 00:54:56 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-6-15 16:36
请问这里面输入的electron center 和hole center的坐标从那哪里获得啊?

仔细看hole-electron分析后屏幕上的输出,仔细、完整阅读此文
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-15 16:36:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-14 23:33
如果你仔细看了下文的VMD绘制部分,会画一个就肯定会画更多个。在graphics - representation里多增加几个 ...




请问这里面输入的electron center 和hole center的坐标从那哪里获得啊?

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发表于 Post on 2019-6-14 23:33:41 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-6-13 23:29
emmm,要怎么操作呢?我看您发的关于VMD的讲解内容里面没有呢!

如果你仔细看了下文的VMD绘制部分,会画一个就肯定会画更多个。在graphics - representation里多增加几个rep就完了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

这里也有画多个轨道的例子
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 23:29:52 | 只看该作者 Only view this author

emmm,要怎么操作呢?我看您发的关于VMD的讲解内容里面没有呢!

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发表于 Post on 2019-6-13 22:36:33 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-6-13 12:28
还想请教一下,采用不同的方法对同一分子相同的初始构型进行优化得到了不同构型、不同能量的分子,如何将 ...

比自由能。图省事就比电子能量
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发表于 Post on 2019-6-13 22:35:39 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-6-13 17:33
还想请教一下,就是激发态文档中显示的:
=2.000

显然S^2算符期望值不同
什么含义这里明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
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发表于 Post on 2019-6-13 22:35:11 | 只看该作者 Only view this author
Kellyyyy 发表于 2019-6-13 16:32
您好!我想问一下VMD可以像multiwfn那样同时显示两个轨道吗

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 17:33:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

还想请教一下,就是激发态文档中显示的:
<S**2>=2.000

<S**2>=0.000
有什么区别吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 16:32:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

您好!我想问一下VMD可以像multiwfn那样同时显示两个轨道吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 12:28:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

还想请教一下,采用不同的方法对同一分子相同的初始构型进行优化得到了不同构型、不同能量的分子,如何将二者作比较呢(需要对各自进行零点能的矫正然后比较能量吗?)是不是能量较低的更合理呢?


还请指教,谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-13 12:17:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

很有帮助呢!谢谢!

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