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[新手求助] 对于含硫、氧、碳原子的有机阴离子进行优化和激发态计算,怎么选弥散函数和极化函...

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发表于 2019-6-12 14:08:28 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教大佬们!
最近想计算一个含硫、氧、碳原子的有机阴离子的紫外吸收图谱,将其在基态下进行优化,执行的口令是:opt=calcfc ub3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(solvent=water) geom=connectivity
pop=full,然后在此基础上采用相同的基组选择TD进行了激发态的计算,有了一个初步的结果,也得到了一个较为合理的紫外吸收谱图。不过最近又看了一些讨论,就不知道我选++和d,p是不是合理的?因为含有硫原子,实际上也是硫原子带了一个负电,不知道是不是应该把极化函数作一修改?
另外请老师讲解一下极化函数选项中d,2d,3d,df,2df,p,2p,3p,pd,...3pd等到底是什么意思,有什么区别啊?选择他们得标准是什么?

谢谢啦!!!

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发表于 2019-6-12 19:09:52 | 显示全部楼层
写pop=full毫无意义,给氢带弥散完全多余
“硫原子带了一个负电”不可能,搞清楚形式电荷和原子电荷

仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265http://bbs.keinsci.com/thread-415-1-1.html
基组入门资料小合集 http://bbs.keinsci.com/thread-2190-1-1.html

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 楼主| 发表于 2019-6-12 21:35:50 | 显示全部楼层
哦哦,十分感谢,我会加以调整的。
看了你推荐的帖子,我想试一下PBEO,但是在Basis Set Exchange 那个网站上没有找到呢!
请问在哪里可以拷贝该基组啊?

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发表于 2019-6-12 21:53:43 | 显示全部楼层
Kellyyyy 发表于 2019-6-12 21:35
哦哦,十分感谢,我会加以调整的。
看了你推荐的帖子,我想试一下PBEO,但是在Basis Set Exchange 那个网 ...

是PBE0不是PBEO,而且PBE0是个泛函不是基组。

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 楼主| 发表于 2019-6-12 22:01:32 | 显示全部楼层
那是G09自带的吗?在哪能找到这个呢?

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发表于 2019-6-12 22:03:19 | 显示全部楼层
Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:01
那是G09自带的吗?在哪能找到这个呢?

Gaussian 09的写法是PBE1PBE

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 楼主| 发表于 2019-6-12 22:07:43 | 显示全部楼层
这个是自带的呢还是需要去别的网站下载啊?
我没有找到呢...

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 楼主| 发表于 2019-6-12 22:09:10 | 显示全部楼层
还有就是有人知道怎么看紫外吸收每个激发态对应的发生跃迁的电子的类型和位置吗?
是不是需要额外的处理或者在计算的时候额外加一些指令呢

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 楼主| 发表于 2019-6-12 22:28:15 | 显示全部楼层
那选了这个泛函之后,又出现了fitting set的选项,这个应该怎么选呢???

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发表于 2019-6-12 22:29:49 | 显示全部楼层
Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:28
那选了这个泛函之后,又出现了fitting set的选项,这个应该怎么选呢???

甭用gview产生输入文件的关键词,这是非常菜的人才用的
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发表于 2019-6-12 22:30:20 | 显示全部楼层
Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:09
还有就是有人知道怎么看紫外吸收每个激发态对应的发生跃迁的电子的类型和位置吗?
是不是需要额外的处理或 ...

认真仔细把此文看完之前别问新的问题

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html

此文也要好好看
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
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 楼主| 发表于 2019-6-12 22:46:31 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-12 22:30
认真仔细把此文看完之前别问新的问题

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法

这些里面没有讲解怎么看吧。
应该只能从输出文件中看到类似于:
Excited State   1:  3.000-A      2.6976 eV  459.60 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
     44A -> 45A       -0.69450
     44B -> 45B        0.69450
This state for optimization and/or second-order correction.

但是没法知道44或者45具体对应的轨道是哪个呢?用edit再MOs用可视化只能看到一个大概,但是不能判断是π、n还是σ。。。


还麻烦您给与解答呢,非常感谢!



另外计算激发态的时候,是不是在基态的优化与激发态的计算采用的泛函和基组不一定非得一样呢??
emmm,感谢

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发表于 2019-6-13 00:41:05 | 显示全部楼层
Kellyyyy 发表于 2019-6-12 22:46
这些里面没有讲解怎么看吧。
应该只能从输出文件中看到类似于:
Excited State   1:  3.000-A      2. ...

给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

是什么类型的根据结构化学知识自然就能判断
仔细看(下文在我上面贴的文章里已经明确提到了,显然并非“没有讲解怎么看吧”。我给你的文章不是光让你看文章里面的内容,还包括文章里面引用的其它文章)
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html

可以不一样。仔细看
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html

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 楼主| 发表于 2019-6-13 12:17:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

很有帮助呢!谢谢!

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 楼主| 发表于 2019-6-13 12:28:20 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2019-6-13 00:41
给了轨道序号自然就知道对应什么轨道,画图就完了,属于基本常识
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sob ...

还想请教一下,采用不同的方法对同一分子相同的初始构型进行优化得到了不同构型、不同能量的分子,如何将二者作比较呢(需要对各自进行零点能的矫正然后比较能量吗?)是不是能量较低的更合理呢?


还请指教,谢谢!
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