求助Pd配合物计算时出现的问题

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-12 22:16:24

各位老师你们好，我是刚接触计算的新手，我想计算一个Pd配合物的圆二色谱（溶剂乙腈）。先对其进行构象搜索，然后优化。优化的过程中，出现了如下的问题。整个分子结构扭曲交缠在一起了（详情在输出文件中）。而且报错。输入代码文件如下，请各位老师指点。不胜感激！

%mem=24GB
%nprocshared=4
#p opt freq rb3lyp/gen scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) geom=connectivity
opt and freq of SUI1 in acetonitrile
0 1
C 11.80400000 -5.75800000 -0.40700000
H 11.08100000 -4.96400000 -0.56600000
C 11.42100000 -7.08700000 -0.25000000
C 12.40400000 -8.05800000 -0.06800000
C 13.75900000 -7.72200000 0.06700000
C 14.14200000 -6.39200000 -0.10100000
H 15.18600000 -6.09600000 -0.01200000
C 13.16500000 -5.41900000 -0.35000000
H 13.46400000 -4.37700000 -0.47200000
N 12.00100000 -9.48600000 0.00400000
H 12.24600000 -9.88800000 -0.92200000
C 12.74100000 -10.19000000 1.11600000
H 12.55300000 -11.25800000 1.05400000
C 14.22800000 -9.95600000 0.94400000
H 14.93800000 -10.72000000 1.26700000
C 14.69100000 -8.78800000 0.46000000
H 15.75800000 -8.59900000 0.37600000
N 10.11400000 -7.58500000 -0.20500000
Pd 10.01300000 -9.49800000 0.06900000
C 8.92400000 -6.89100000 -0.30500000
O 8.81300000 -5.67100000 -0.43400000
C 7.71700000 -7.83500000 -0.32500000
H 7.61700000 -8.15500000 -1.37100000
C 8.02600000 -9.06600000 0.54500000
H 7.98100000 -8.80300000 1.60800000
C 7.07300000 -10.21600000 0.27100000
H 7.31200000 -11.07500000 0.90300000
H 7.13200000 -10.53600000 -0.77400000
H 6.03600000 -9.94000000 0.48500000
C 6.43900000 -7.11600000 0.09700000
H 5.56500000 -7.76900000 0.01500000
H 6.25100000 -6.24100000 -0.53500000
H 6.50800000 -6.76500000 1.13300000
N 9.93400000 -11.44400000 0.19400000
H 10.08400000 -11.82900000 1.07900000
C 9.76900000 -12.14700000 -0.83500000
C 9.74100000 -13.63400000 -0.80200000
H 8.92200000 -13.98800000 -0.16700000
H 10.69100000 -14.02700000 -0.42400000
H 9.58500000 -14.01600000 -1.81500000
1 2 1.0 3 2.0 8 1.0
2
3 4 1.0 18 1.0
4 5 2.0 10 1.0
5 6 1.0 16 1.0
6 7 1.0 8 2.0
7
8 9 1.0
9
10 11 1.0 12 1.0 19 1.0
11
12 13 1.0 14 1.0
13
14 15 1.0 16 2.0
15
16 17 1.0
17
18 19 1.0 20 1.0
19 24 1.0 34 1.0
20 21 2.0 22 1.0
21
22 23 1.0 24 1.0 30 1.0
23
24 25 1.0 26 1.0
25
26 27 1.0 28 1.0 29 1.0
27
28
29
30 31 1.0 32 1.0 33 1.0
31
32
33
34 35 1.0 36 2.0
35
36 37 1.0
37 38 1.0 39 1.0 40 1.0
38
39
40
Pd 0
lanl2dz
****
C H O N 0
6-31g(d)
****
Pd 0
lanl2dz

复制代码

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-15 09:41:47

sobereva 发表于 2019-7-15 09:16
用gview 6.0.16，能打开
G16算的别用老版本gview打开

好的。我去试试。谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-15 09:16:02

慕子渊发表于 2019-7-15 08:44
sob老师好，输入输出文件均已上传。请老师帮看看有没有问题？谢谢。

用gview 6.0.16，能打开
G16算的别用老版本gview打开

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-15 08:44:46

sobereva 发表于 2019-7-14 21:01
确保任务已经正常结束了
别用太老的gview
如果实在搞不清楚，把输出文件压缩后上传

sob老师好，输入输出文件均已上传。请老师帮看看有没有问题？谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-14 21:01:01

慕子渊发表于 2019-7-14 20:18
Sob老师您好，我把输入文件修改如下所示。但是发现算完后，用高斯View打不开。请教下是怎么回事呢？

...

确保任务已经正常结束了
别用太老的gview
如果实在搞不清楚，把输出文件压缩后上传

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-14 20:18:03

sobereva 发表于 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gauss ...

Sob老师您好，我把输入文件修改如下所示。但是发现算完后，用高斯View打不开。请教下是怎么回事呢？

%mem=24GB
%nprocshared=4
#p opt freq b3lyp/genecp scrf(IEFPCM,solvent=acetonitrile) geom=connectivity
opt and freq of SUI7 in acetonitrile
0 2
C 9.94800000 -13.68400000 2.78500000
H 8.89900000 -13.83800000 3.02000000
C 10.45800000 -13.95900000 1.52800000
C 11.85700000 -13.76000000 1.26700000
C 12.74100000 -13.41000000 2.29000000
C 12.21100000 -13.09700000 3.54400000
H 12.86500000 -12.80600000 4.36400000
C 10.82500000 -13.21800000 3.77800000
H 10.43400000 -12.99400000 4.77200000
N 12.46200000 -14.05000000 -0.12300000
H 12.67500000 -13.10800000 -0.50600000
C 13.67000000 -14.89500000 -0.01500000
H 14.13100000 -14.98800000 -0.99500000
C 14.63300000 -14.20600000 0.93700000
H 15.71100000 -14.30700000 0.78200000
C 14.18300000 -13.52100000 2.00900000
H 14.87600000 -13.06400000 2.71100000
N 9.78100000 -14.61900000 0.49900000
C 8.64200000 -15.38900000 0.40100000
O 7.74700000 -15.44700000 1.24300000
C 8.64200000 -16.26000000 -0.95800000
H 8.09000000 -15.63600000 -1.67300000
C 10.10000000 -16.51300000 -1.56500000
H 10.60700000 -17.31400000 -1.01900000
C 10.13100000 -16.71600000 -3.05800000
H 11.16600000 -16.75500000 -3.40900000
H 9.64800000 -15.88000000 -3.57300000
H 9.62900000 -17.64300000 -3.34700000
C 7.89400000 -17.57100000 -0.76300000
H 6.87200000 -17.39200000 -0.41300000
H 8.39300000 -18.19700000 -0.01600000
H 7.83300000 -18.13500000 -1.69900000
Pd 10.86200000 -14.69100000 -1.01800000
1 2 1.0 3 2.0 8 1.0
2
3 4 1.0 18 1.0
4 5 2.0 10 1.0
5 6 1.0 16 1.0
6 7 1.0 8 2.0
7
8 9 1.0
9
10 11 1.0 12 1.0 33 1.0
11
12 13 1.0 14 1.0
13
14 15 1.0 16 2.0
15
16 17 1.0
17
18 19 1.0 33 1.0
19 20 2.0 21 1.0
20
21 22 1.0 23 1.0 29 1.0
22
23 24 1.0 25 1.0 33 1.0
24
25 26 1.0 27 1.0 28 1.0
26
27
28
29 30 1.0 31 1.0 32 1.0
30
31
32
33
Pd 0
Lanl2DZ
****
C H O N 0
6-31g(d)
****
Pd 0
Lanl2DZ

复制代码

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-13 10:43:52

tiandikuoyuan 发表于 2019-7-13 08:48
你结构是不是画错了，你提交的结构不是氰基。

啊。我才发现。我是在chemdraw上画了结构然后用moe软件进行构象搜索。现在我仔细查看moe构象搜索完之后，确实氰基变成了C=N-H。可能是这个软件的的问题。十分感谢您！

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-13 10:41:17

sobereva 发表于 2019-7-13 04:55
显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gauss ...

感谢老师指出我的问题。我这就去修改。谢谢老师

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-13 10:40:14

agent99 发表于 2019-7-13 03:24
如楼上所说，Pd的赝势没读进去，96 97两个空行删掉一个就可以

嗯嗯。我去试试。感谢您的指点。

慕子渊 · 发表于 Post on 2019-7-13 10:39:44

liyuanhe211 发表于 2019-7-12 22:26
赝势关键词和段落格式错误，Pd直接没有赝势，仔细看输出可能有相关的警告。没有赝势导致Pd与周围原子成键的 ...

谢谢您的指点。原来就是这样才造成扭曲。

tiandikuoyuan · 发表于 Post on 2019-7-13 08:48:34

你结构是不是画错了，你提交的结构不是氰基。

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-13 04:55:43

显著的低级错误，gen改成genecp，赝势定义前头去掉一个空行。仔细把此文看了自然就知道怎么回事
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

Gaussian里绝对不要用CPCM，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

agent99 · 发表于 Post on 2019-7-13 03:24:09

如楼上所说，Pd的赝势没读进去，96 97两个空行删掉一个就可以

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2019-7-12 22:26:28

本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-7-12 22:28 编辑

赝势关键词和段落格式错误，Pd直接没有赝势，仔细看输出可能有相关的警告。没有赝势导致Pd与周围原子成键的“欲望”超级强。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] 求助Pd配合物计算时出现的问题

浏览过的版块