关于用太赫兹时域光谱技术（THz-TDS）发文章的感想及毕业论文的困惑？

zhutuziqin · 发表于 Post on 2019-7-26 21:53:35

本帖最后由 zhutuziqin 于 2019-7-26 21:54 编辑

本人在读研究生二年级完在未进入研究课题之前（研一）完全不清楚自己研究生要研究什么直到今年六月份投出去一篇文章之后对自己整体研究工作有了一定的认识但任然片面  该怎么填补毕业论文剩下的大部分工作相关仍然很迷茫

我研究的内容主要是第一步：用太赫兹时域光谱（THz-TDS）技术检测某几种密切相关的物质（这些物质的纯度都大于98%）实验数据经傅里叶变换等处理后做图得到太赫兹光谱
第二步：接着运用Gaussian09软件对这些物质（从CCDC提取的某几种物质的晶体结构参数经某些手段后获取这几种物质的团簇分子或者晶胞构型）进行几何构型优化和频率计算将最终计算结果数据导出用Origin软件做光谱图
第三步：然后用PED方法分析太赫兹实验谱中吸收峰的振动机理以及再用RDG等方法分析分子间的氢键等弱相互作用
整个论文工作大致流程是这个样子
具体描述的跟这个帖子里面说的差不多http://bbs.keinsci.com/thread-2685-1-1.html 可以对比看一下

我们boss带的几届学生除了检测对象换了换成其他的生物分子之外像我可能还会用不同的弱相互作用分析方法
因为其他方面的工作量不好更改或者说不是我的能力可以办到的事情  如THz-TDS实验方法不能更改理论计算方法密度泛函理论基组换一下也没有什么实质性的提升
其他的振动分析方法比PED更好的可能是我了解的还不够多不够全面  目前没有发现比PED更好的方法如果诸位有的话恳请告知

这样说来目前我的论文工作相比于往届师兄如果仅仅只是检测物质换了而不添加点什么其他新的内容及其容易会被批换汤不换药而影响后面的工作
2020年六月就要毕业了现在小论文已经投出去了还在审稿当中由于本人的见识学识能力各个方面很有限所以在短时间内做出很大的创新几乎不可能但又担心自己因工作量不够不能顺利毕业
所以在这里恳请各位研究方向相关的或者老师们能够对我的研究方向或者是内容亦或是方法能提出一些宝贵的建议！！

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-3 01:03:55

conis 发表于 2023-11-29 08:51
学长，我是23级研究生，看到你的帖子我深有感触，
我做的方向与你一样，也是通过gaussian得到太赫兹频率， ...

太赫兹用Gaussian根本算不了
用簇模型算THz这几年开始已经不被接受了。CP2K直接对晶体做振动分析是最好选择，论坛首页google框搜我的相关回帖。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里讲振动分析的部分专门给了太赫兹计算介绍和完整例子

conis · 发表于 Post on 2023-11-29 08:51:10

学长，我是23级研究生，看到你的帖子我深有感触，
我做的方向与你一样，也是通过gaussian得到太赫兹频率，与实验光谱进行对比，但是我通过gaussian得到的频率范围是0-4000，通过gaussview转化为thz频率之后与实验得到的光谱吸收峰不一致。我也想得到远红外的计算频率，该怎么办。
可以请教一下学长吗

conis · 发表于 Post on 2023-11-29 08:44:45

我想问一下，thz怎么通过gaussian设计

zhutuziqin · 发表于 Post on 2020-3-1 18:53:10

MilkTeaLegend 发表于 2019-8-9 13:03
个人觉得周期性的系统做cpmd 基于动力学计算振动光谱更靠谱

小硕即将毕业，若能顺利读博的话，会优先考虑做一些更加可靠全面的分析的。

zhutuziqin · 发表于 Post on 2019-11-29 11:34:38

Daxiong 发表于 2019-8-28 14:53
我想请教一下，ccdc上没有晶胞结构，在高斯里面进行单分子模拟，怎么做成晶胞进行模拟？

在CCDC 3D visualiser页面点击右键有packing的哦

另外在Mercury 软件里面 calculate-packing 也可以成晶胞的

zhutuziqin · 发表于 Post on 2019-11-29 11:28:54

wei 发表于 2019-8-24 10:45
我做过类似的体系，有点经验。1. 结构优化是一定要用周期性的全优化，我觉得周期性只优化H原子也是不太好。 ...

非常抱歉这么迟才回复您
第1点全优化和普通的结构优化有什么区别和联系这个是我要搞清楚的软件的话咱们学校只有Gaussian QE可以尝试一下其他的短期内不太可能
第2点您做的方向肯定和我们还有差距的在计算资源上面就有了挖超胞用sob老师帖子里面的那个应该是可以的http://bbs.keinsci.com/thread-11390-1-1.html
第3点计算资源一台32C64W 128G内存 Gaussian09 乌班图系统可以吗
第4点我们实验室的条件有限只能做常温的太赫兹时域光谱拉曼和变温红外都做不了

以上您提出的建议我会尝试部分我们实验条件允许的谢谢

zhutuziqin · 发表于 Post on 2019-11-29 11:15:11

MilkTeaLegend 发表于 2019-8-9 13:03
个人觉得周期性的系统做cpmd 基于动力学计算振动光谱更靠谱

不好意思抱歉回复这么晚了你说的这个我下来再仔细了解一下

wei · 发表于 Post on 2019-8-28 16:34:29

Daxiong 发表于 2019-8-28 14:53
我想请教一下，ccdc上没有晶胞结构，在高斯里面进行单分子模拟，怎么做成晶胞进行模拟？

试试MS里的polymorph模块或者USPEX

Daxiong · 发表于 Post on 2019-8-28 14:53:39

我想请教一下，ccdc上没有晶胞结构，在高斯里面进行单分子模拟，怎么做成晶胞进行模拟？

wei · 发表于 Post on 2019-8-24 10:45:03

我做过类似的体系，有点经验。1. 结构优化是一定要用周期性的全优化，我觉得周期性只优化H原子也是不太好。（例如，涉及到不同来源的CIF文件），可以用VASP，Material Studio，QE，最后一个免费，都比较好用。2. 优化完的结构挖出超胞，可用量化分析弱相互作用的手段跑一波。AIM， RDG没问题，EDA意思不是很大。3. 至于和THz谱比对，真正可靠的方法应当是在1的基础上算声子谱或振动谱，但这个计算量超级大，还是算了；拿2的结构算频率其实不太好，因为只要你优化结构，必然会和周期性优化的结构有所不同。除非你取一个大超胞，只分析超胞中心的分子（但这样其实也还是不太好）4. 我不知道你们能不能做变温的红外或拉曼实验，如果可以，从这个温度改变结构，进而改变作用模式，跑一波？

MilkTeaLegend · 发表于 Post on 2019-8-9 13:03:56

个人觉得周期性的系统做cpmd 基于动力学计算振动光谱更靠谱

zhutuziqin · 发表于 Post on 2019-7-28 17:52:11

captain 发表于 2019-7-28 17:20
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览 http://sobereva.com/252
Multiwfn支持的分析化学键的方法一 ...

谢谢您的建议下来后必定好好研读这两篇博文

captain · 发表于 Post on 2019-7-28 17:20:46

zhutuziqin 发表于 2019-7-28 16:40
Boss准备想换个VASP软件但我这一届估计够呛了
计算模型有尝试过Gaussian算PBC体系耗时太长
您指的 ...

Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览 http://sobereva.com/252
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览 http://sobereva.com/471

zhutuziqin · 发表于 Post on 2019-7-28 16:40:30

captain 发表于 2019-7-28 09:46
可以试试其它的软件和方法，或者尝试不同的计算模型。
另外是不是可以再利用Multiwfn挖掘一些新的讨论点？ ...

Boss准备想换个VASP软件但我这一届估计够呛了
计算模型有尝试过Gaussian算PBC体系耗时太长
您指的用Multiwfn挖掘点新东西比如说什么呢

有想过将几种弱相互作用分析方法（如RDG AIM EDA等）结合起来不知道这样是否可行

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