小型集群中给所有用户安装公用G09过程

ChaosChiao

刚装完，记录一下。有问题也请高手指正
集群带有磁盘阵列，挂载/public目录下。
使用root账户在管理节点的/public/software下解压g09
在/public下建立scratch
其他安装参见
http://sobereva.com/439

安装完后
新建一个群组
groupadd gaussian

将集群里使用高斯的用户（如test用户）加入gaussian组：
groupmems -g gaussian -a test

给g09目录添加gaussian群组用户的权限
cd $g09root （即cd /public/software）
chgrp -R gaussian g09

然后同步群组用户信息到其他所有节点
我们用的是集群服务器公司的工具，如果没有
就手动将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点。

测试通过

秋心

Santz 发表于 2024-9-23 16:49
1. 用户不应该是同步的吗？不管你使用 LDAP 还是 NIS，不至于计算节点没有普通用户，如果没有那就是你设 ...

谢谢老师您的解答!!感觉我这个工程师不太靠谱。

Santz

秋心 发表于 2024-9-23 15:35
老师，您好，目前组内在搭建小集群，我先简单介绍一下集群的情况有一台管理节点和四台计算节点，目前的设置 ...

1. 用户不应该是同步的吗？不管你使用 LDAP 还是 NIS，不至于计算节点没有普通用户，如果没有那就是你设置不完整。
2. 将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点... 这种方法不具备任何合理性。
3. 软件应是集群节点共享的，即安装到计算节点 1，其他计算节点 2、3、4 也该会有相应的软件。搜索 NFS Lustre。
4. Gaussian 集群安装需要一个用户组，所有使用 Gaussian 软件的用户要分配到该组。具体的权限为
一级目录 755，g16命令所在的文件夹为 750.

1. [root[url=home.php?mod=space&uid=37877]@Master[/url] gaussian]# ls
   
2. G16-C02_AVX2  gv-6.0.16
   
3. [root@master gaussian]# ls -ld G16-C02_AVX2
   
4. drwxr-xr-x 3 root gaussian 25 Jun  1 01:16 G16-C02_AVX2
   
5. [root@master gaussian]# cd G16-C02_AVX2/g16/
   
6. [root@master g16]# ls -ld *
   
7. -rwxr-x--- 1 root gaussian     31388 May  9  2007 amber98.prm
   
8. -rwxr-x--- 1 root gaussian     15566 Nov 11  2005 amber.prm
   
9. -rwxr-x--- 1 root gaussian         0 Feb 23  2022 ampere.flag
   
10. drwxr-x--- 2 root gaussian      4096 Apr 22  2019 basis
    
11. drwxr-x--- 2 root gaussian      4096 Feb 28  2022 bsd
    
12. -rwxr-x--- 1 root gaussian  28469232 Feb 23  2022 c8616
    
13. -rwxr-x--- 1 root gaussian       229 Feb 28  2022 c8616.hlp
    
14. -rwxr-x--- 1 root gaussian  29256512 Feb 23  2022 chkchk
    
15. -rwxr-x--- 1 root gaussian  28038736 Feb 23  2022 copychk
    
16. -rwxr-x--- 1 root gaussian 114058232 Feb 23  2022 cubegen
    
17. -rwxr-x--- 1 root gaussian      2998 Feb 28  2022 cubegen.hlp
    
18. -rwxr-x--- 1 root gaussian  28130008 Feb 23  2022 cubman
    
19. -rwxr-x--- 1 root gaussian      1478 Feb 28  2022 cubman.hlp
    
20. -rwxr-x--- 1 root gaussian  27452352 Feb 23  2022 demofc
    
21. -rwxr-x--- 1 root gaussian    169617 Apr 10  2007 dftba.prm
    
22. -rwxr-x--- 1 root gaussian       953 Feb 10  2006 dftbpar.prm
    
23. drwxr-x--- 2 root gaussian      4096 Dec 30  2016 doc
    
24. -rwxr-x--- 1 root gaussian      5521 Mar 13  2007 dreiding.prm
    
25. -rwxr-x--- 1 root gaussian 114342272 Feb 23  2022 formchk
    
26. -rwxr-x--- 1 root gaussian      1631 Feb 28  2022 formchk.hlp
    
27. -rwxr-x--- 1 root gaussian 116933752 Feb 23  2022 freqchk
    
28. -rwxr-x--- 1 root gaussian  27982304 Feb 23  2022 freqmem
    
29. -rwxr-x--- 1 root gaussian 113454768 Feb 23  2022 g16
    
30. -rwxr-x--- 1 root gaussian    102352 Feb 23  2022 gau-cpp
    
31. -rwxr-x--- 1 root gaussian     71016 Feb 23  2022 gau-fsplit
    
32. -rwxr-x--- 1 root gaussian     62632 Feb 23  2022 gau-machine
    
33. -rwxr-x--- 1 root gaussian  32433888 Feb 23  2022 gauopt
    
34. -rwxr-x--- 1 root gaussian       545 Feb 28  2022 gauopt.hlp
    
35. -rwxr-x--- 1 root gaussian 113501288 Feb 23  2022 gauoptl
    
36. -rwxr-x--- 1 root gaussian       545 Feb 28  2022 gauoptl.hlp
    
37. -rwxr-x--- 1 root gaussian  28114024 Feb 23  2022 gautraj
    
38. -rwxr-x--- 1 root gaussian  28434640 Feb 23  2022 gdrgen
    
39. -rwxr-x--- 1 root gaussian 113703664 Feb 23  2022 ghelp
    
40. -rwxr-x--- 1 root gaussian     22836 Feb 28  2022 ghelp.hlp
    
41. -rwxr-x--- 1 root gaussian      1326 Feb 28  2022 ghmain.hlp
    
42. -rwxr-x--- 1 root gaussian 116543792 Feb 23  2022 grate
    
43. -rwxr-x--- 1 root gaussian 113418528 Feb 23  2022 ham506
    
44. -rwxr-x--- 1 root gaussian       174 Feb 28  2022 ham506.hlp
    
45. -rwxr-x--- 1 root gaussian         0 Feb 23  2022 haswell.flag
    
46. -rwxr-x--- 1 root gaussian 121401032 Feb 23  2022 l1002.exe
    
47. -rwxr-x--- 1 root gaussian     25073 Feb 28  2022 l1002.hlp
    
48. -rwxr-x--- 1 root gaussian 116649264 Feb 23  2022 l1003.exe
    
49. -rwxr-x--- 1 root gaussian     97471 Feb 28  2022 l1003.hlp
    
50. -rwxr-x--- 1 root gaussian 121798288 Feb 23  2022 l1014.exe
    
51. -rwxr-x--- 1 root gaussian 116775416 Feb 23  2022 l101.exe
    
52. -rwxr-x--- 1 root gaussian    152771 Feb 28  2022 l101.hlp
    
53. -rwxr-x--- 1 root gaussian 114148176 Feb 23  2022 l102.exe
    
54. -rwxr-x--- 1 root gaussian 122273200 Feb 23  2022 l103.exe

复制代码

秋心

老师，您好，目前组内在搭建小集群，我先简单介绍一下集群的情况有一台管理节点和四台计算节点，目前的设置是通过slurm系统往计算节点上提交任务(与超算类似的方式)，所以管理节点有普通的子账户，而计算节点没有，Gaussian等程序被找的工程师安装到了计算节点1上。我的问题是我使用普通子账户去运行测试Gaussian，结果发现对Gaussian的目录没有可执行权限，root账户是没问题的，让给工程师试了您这个帖子的方法，他给的反馈行不通以及和楼上老师说的会影响ssh的使用，请问老师们还有其他办法吗？

乐平

火车头 发表于 2022-12-20 10:03
ORCA在集群上安装同理吗

ORCA 没那么复杂，不需要建立用户组

火车头

ORCA在集群上安装同理吗

Accelerator

“将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点”可能非常危险！我在实践中发现，有时跨机器迁移这些文件后会导致无法SSH连接，只能到机器前手动用/etc/passwd-等进行恢复。据称有可能是不同机器间某些低位系统用户的uid/gid不一致导致的。

kkwang

请问“手动将/etc/group /etc/passwd /etc/shadow等复制到其他节点”是将节点1中/etc/group  /etc/passwd /etc/shadow 文件中的所有内容都替换其他节点相应文件的内容？

tjuptz

pwzhou 发表于 2020-6-13 14:42
切换到pei用户下，在那个目录下用vi写一个文件然后保存一下就知道有没有权限了

搞定了，是自己输入文件弄错了，谢谢您~

pwzhou

tjuptz 发表于 2020-6-13 14:36
pei用户在gaussian用户组，我root给该用户组加了770权限

切换到pei用户下，在那个目录下用vi写一个文件然后保存一下就知道有没有权限了

tjuptz

pwzhou 发表于 2020-6-13 14:25
pei用户对/home/g09/scratch这个目录有可读写权限吗？

pei用户在gaussian用户组，我root给该用户组加了770权限

pwzhou

tjuptz 发表于 2020-6-13 13:54
求助：我在自己的小工作站上配置，root用户安装在/app/g09中，scratch设置在/home/g09/scratch下（/home容 ...

pei用户对/home/g09/scratch这个目录有可读写权限吗？

tjuptz

求助：我在自己的小工作站上配置，root用户安装在/app/g09中，scratch设置在/home/g09/scratch下（/home容量大），对于这两个文件夹都用chgrp -R gaussian g09用户组（并把用户pei加到了用户组中），并对这俩文件夹都用chmod -R 770 g09加了权限，试了下root用户可以在/home/pei/job下可以跑任务，切换到pei后，在/home/pei/job创建chk文件时 open-new-file: Permission denied。不知道哪里出了问题

ChaosChiao

rtransformation 发表于 2019-8-23 17:02
这个是每个节点都要安装一个Gaussian，还是只要在一个节点上安装就够了？

在磁盘阵列下安装的，每个节点都可以调用。

rtransformation

这个是每个节点都要安装一个Gaussian，还是只要在一个节点上安装就够了？