求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本

ene

2020-12-02更新：更新了脚本distance_distribution.tcl，将输出文件中的数据个数严格限定为脚本开头的nbins数值。
distance_distribution.tcl (1.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 1137)

2020-12-2 14:23 上传 Uploaded

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    RT，最近写了一些用于得到体系中几何变量的脚本，主要能够得到模拟轨迹中任意结构（可以是单个原子，也可以是某一些原子的集合）间的距离，角度，二面角随着时间的变化，以及这些变量的不同数值在模拟轨迹中的分布情况。这些脚本可以在这里下载：
scripts.tar.xz (1.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 1992)

2019-10-1 11:41 上传 Uploaded

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    PS：求解各个数值对应的状态的自由能的脚本FE.tcl可在8楼下载。
   下面我将简要介绍这些脚本的使用。其实本人更希望使用者能够举一反三，针对自己当前研究的问题，写出合适的脚本，希望这几个非常简单的模型能够起到抛砖引玉的作用。

    distance.tcl：求体系中两个结构间的距离随时间的变化。outfile变量定义了输出文件的名字，select1和select2分别定义了两个结构。
    distance_distribution.tcl：求体系中两个结构间的距离，并给出各个可能出现的距离在所有可能出现的距离中的比例。 该脚本会自动把输出的距离范围设置为出现过的最小距离到最大距离，其中参数tau定义了将这段距离分为多少区间进行统计。
    angle.tcl：求解由四个结构组成的两条向量之间所夹的角度随时间的变化。select1和select2分别定义了第一条向量的起点与终点，select3和select4分别定义了第二条向量的起点与终点。
    angle_distribution.tcl：求解由四个结构组成的两条向量之间所夹的角度，并给出各个可能出现的角度在所有可能出现的角度中的比例。输出角度的范围是-180°到180°。
    dihedral.tcl：求解由四个结构组成的二面角随时间的变化。select1到select4分别定义了二面角的起点到终点结构。
    dihedral_distribution.tcl：求解由四个结构组成的二面角，并给出各个可能出现的二面角在所有可能出现的二面角中的比例。输出角度的范围是-180°到180°。
    这些脚本使用方法都是一样的，首先在vmd中载入轨迹文件和结构文件（如dcd文件和psf文件），然后在命令行下运行source xxx.tcl即可。

    最后放一张各个脚本输出数据的图片，体系是水盒子中的正丁烷，丁烷初始构象为对位构象。体系在375K下模拟2.5ns，步长1fs。其中的距离是丁烷1，2号碳原子之间的距离，角度是随机选取的水分子中两个氢的夹角，二面角是由丁烷的四个碳原子定义的四二面角。

进击的小任

感谢

davi

我测试了一下正戊烷分子，发现CH2-CH2-CH2-CH2二面角符合楼主的分布，但是对于CH3-CH2-CH2-CH2却集中在0°，感觉是不是不太对啊，按理说稳定构象应该是180°或者是-180°吧。我在想是不是楼主脚本中V1的距离V1 V2写反了，我和下面一样貌似能统计对

HZLL

请问这个脚本怎么用可以得到淀粉葡萄糖残糖苷键之间的二面角φ（O5-C1-O1-C4′）和ψ（C1-O1-C4′-C3′），并绘制出拉式图？脚本命令行里需要修改什么内容吗

Hahaaa

Jus 发表于 2023-1-29 14:58
老师您好，我对脚本不太熟悉，我想计算两个原子构成的向量与Z轴之间形成的夹角的度数，随着时间的变化。我 ...

啊啊您好！我也想计算两个原子与某个固定坐标轴所形成的夹角变化，请问您解决了吗，能否请教一下这个问题？感激不尽，折磨我很久了！（另外，楼主的脚本好像下载不了了，请问怎么办呀

xiaoj

少年爱吃地三鲜 发表于 2019-12-26 16:37
请问老师，我想求主链上所有的二面角（大概400个）随时间的变化情况，该如果提取呢？正常要是一个二面角我 ...

您好，请问这个问题您解决了吗？我现在也遇到这个问题，多个二面角不知道如何去统计，可有偿。

守月之殇

请问老师，键角的脚本介绍中，“select1和select2分别定义了第一条向量的起点与终点，select3和select4分别定义了第二条向量的起点与终点”，这句话没太读懂什么意思，例如：水分子中两个氢的夹角(H-O-H)如何定义两个向量的起点与终点呀

吹梦到西洲

请问一下这个纵坐标的单位是百分号吗 然后如果distribution那边的数值是0的话 想对应到FE中应该怎么处理 是需要把每一步的间隔调小一点吗？目前是10ps一帧，我的二面角一帧就从180°到0°了 是不是我把一帧调成1ps就能看到转变的过程的FE了？

守月之殇

谢谢老师分享

shenmh3

shenmh3 发表于 2023-5-17 16:07
ene老师，我想请教下，我有一个含1000帧结构的xyz文件，想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17， ...

老师，我已经解决啦！不麻烦您啦

shenmh3

ene老师，我想请教下，我有一个含1000帧结构的xyz文件，想从中间提取某几帧（间隔不一样，如提取1，5，17，36.....）出来整合成xyz，需要提取的帧数编号在VMD文件夹下存放，这种操作可以用tcl实现吗？应该怎么做呢？

Jus

老师您好，我对脚本不太熟悉，我想计算两个原子构成的向量与Z轴之间形成的夹角的度数，随着时间的变化。我使用的是您的angle.tcl脚本，我现在的问题是不会修改脚本中的变量，不知道如何改写成我想计算的东西。想请问一下老师，是改写脚本中的"select 1""select2""select3""select4"吗，是将它分别改成形成向量的原子吗，如果是的话，在剩余两个变量"select3""select4"中，我又应该如何描述Z轴。
万分感谢老师！

842655799

大佬，我有一个问题，我的体系二面角是有规律的，可以很容易的选取。我想使根据二面角的角度来标记颜色，例如图片中的O1-C2-C3-O4二面角，当角度为0~60度的时候标记为绿色，这种标记方式好实现吗？感谢！

护卫天使

Hear 发表于 2022-10-14 19:15
你好，请问你这个问题解决了吗

文件权限问题。我的VMD自动安装在C盘，导致打开该脚本的权限需要自己设置一下才行。

Hear

护卫天使 发表于 2022-7-24 20:34
您好，我第一次使用脚本统计两个原子的距离。在你的distancd_distribution.tcl脚本修改了原子序号。出现的 ...

你好，请问你这个问题解决了吗

护卫天使

您好，我第一次使用脚本统计两个原子的距离。在你的distancd_distribution.tcl脚本修改了原子序号。出现的报错我不知道怎么解决，或许是我使用不当，望老师教导。