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[GROMACS] AMBER、GROMOS、OPLS、CHARMM最新版本的GROMACS力场包

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群里有人问怎么GROMACS自带的力场老不更新,实际上在以下网址可以获取最新的四大力场的GROMACS包,解压到top目录里直接就能用
CHARMM36力场(目前最新的CHARMM力场):http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs
OPLS-AA/M力场(是目前gmx自带的OPLS-AA/L改进版,也是OPLS原作者搞的最新版本):http://zarbi.chem.yale.edu/oplsaam.html
GROMOS 54A8(目前最新的GROMOS官方力场):http://vienna-ptm.univie.ac.at/?page_id=100
AMBER14SB+parmbsc1(除尚未在期刊正式发表的19SB以外最佳的Amber蛋白质力场结合核酸的补丁包):http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields(此地址已失效。新地址:https://www.gromacs.org/user_contributions.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
Nsy1 发表于 2026-7-24 12:58
谢谢老师指导,我是选择TEP(磷酸三乙酯)作为阻燃剂,BTFE(双(2,2,2-三氟乙基)醚)作为溶剂,LiFSI ...

直接用自带的AMBER99SB的就行了
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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-7-24 05:45
你都用了sobtop创建了GAFF力场原子类型的拓扑文件,当然是GAFF
如果你是指主拓扑文件用哪个,用任意AMBE ...

谢谢老师指导,我是选择TEP(磷酸三乙酯)作为阻燃剂,BTFE(双(2,2,2-三氟乙基)醚)作为溶剂,LiFSI是双氟磺酰基亚胺锂,下面是我的三个分子itp文件,主拓扑文件就在AMBER14SB+parmbsc1(除尚未在期刊正式发表的19SB以外最佳的Amber蛋白质力场结合核酸的补丁包):http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields(此地址已失效。新地址:https://www.gromacs.org/user_contributions.html)选择AMBER开头的任意一个就可以了吗?

TEP.itp

19.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

磷酸三乙酯

BTFE.itp

11.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

(双(2,2,2-三氟乙基)醚)

LiFSI.itp

6.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

双氟磺酰基亚胺锂

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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
Nsy1 发表于 2026-7-21 18:30
请教老师,我的体系是LiFSI+TEP+BTFE,我应该选择什么力场?下面是我的top文件
[ atomtypes ]
; name   a ...

你都用了sobtop创建了GAFF力场原子类型的拓扑文件,当然是GAFF
如果你是指主拓扑文件用哪个,用任意AMBER力场目录下的forcefield.itp
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
李赛亚 发表于 2024-8-21 17:52
想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢(毕竟amber19sb+opc效果最好嘛)

GROMACS 2026已经自带了
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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
请教老师,我的体系是LiFSI+TEP+BTFE,我应该选择什么力场?下面是我的top文件
[ atomtypes ]
; name   at.num      mass       charge   ptype     sigma (nm)    epsilon (kJ/mol)
s6          16    32.064787    0.000000    A      3.563595E-01    1.046000E+00
f            9    18.998403    0.000000    A      3.118146E-01    2.552240E-01
o            8    15.999405    0.000000    A      2.959922E-01    8.786400E-01
n3           7    14.006703    0.000000    A      3.249999E-01    7.112800E-01
UF_Li        3     6.940037    0.000000    A      2.183593E-01    1.046000E-01
p5          15    30.973762    0.000000    A      3.741775E-01    8.368000E-01
os           8    15.999405    0.000000    A      3.000012E-01    7.112800E-01
c3           6    12.010736    0.000000    A      3.399670E-01    4.577296E-01
h1           1     1.007941    0.000000    A      2.471353E-01    6.568880E-02
hc           1     1.007941    0.000000    A      2.649533E-01    6.568880E-02

#include "LiFSI.itp"
#include "TEP.itp"
#include "BTFE.itp"

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发表于 Post on 2024-8-21 17:52:26 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

想问一下amber19sb的力场包可以在哪里获取呢(毕竟amber19sb+opc效果最好嘛)

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发表于 Post on 2024-2-29 13:30:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 喵星大佬 于 2024-2-29 13:35 编辑
wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

这套参数的rtp文件里面缺少OL1残基的C12和+C11的成键,补上这个成键之后还是缺参数的

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发表于 Post on 2022-6-7 13:21:07 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 10:40:07 | 只看该作者 Only view this author
thor 发表于 2022-5-14 09:57
最后一个amber14sb链接点不进去啦

前面早就有人说过了
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发表于 Post on 2022-5-14 09:57:58 | 只看该作者 Only view this author
最后一个amber14sb链接点不进去啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 09:16:17 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-5-5 21:23
gromacs网站改版了,导致以下链接已经失效了。
https://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Fo ...

净瞎搞
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发表于 Post on 2022-5-5 21:23:30 | 只看该作者 Only view this author
gromacs网站改版了,导致以下链接已经失效了。
https://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields
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发表于 Post on 2021-6-30 21:29:42 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2021-6-30 18:28
个人感觉你用tleap生成对应的amber 拓扑文件后 再转换比较稳妥

好的,谢谢指导

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发表于 Post on 2021-6-30 18:28:04 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2021-6-30 14:44
近期试验了下确实可以在gromacs里用了,结合charmm-gui建模很便利了,感谢大佬。另外请教一事,如果我想 ...

个人感觉你用tleap生成对应的amber 拓扑文件后 再转换比较稳妥

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发表于 Post on 2021-6-30 14:44:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tjuptz 于 2021-6-30 15:10 编辑
wuzhiyi 发表于 2019-11-19 21:26
我之前转换的的amber lipid17力场的gromacs包 https://github.com/xiki-tempula/gmx_lipid17.ff
想啥时候 ...

近期试验了下确实可以在gromacs里用了,结合charmm-gui建模很便利了,感谢大佬。另外请教一事,如果我想把ambertools里自带的gaff.dat里的参数转化为gromacs格式,parmed是否适合呢?

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