求助：有机化学反应过渡态计算结果分析

loovfnd · 发表于 Post on 2020-1-31 10:54:45

本帖最后由 loovfnd 于 2020-2-1 11:03 编辑

最近对实验过程做了过渡态计算，实验上有两种可能的反应路径。如下图，首先都是放热形成中间体。蓝色路径能量分析：INT1-A=-53.0kcal/mol； TS1-INT1=6.5kcal/mol；P1-INT1=4.3kcal/mol
红色路径能量分析：INT2-A=-99.8kcal/mol； TS2-INT2=8.6kcal/mol；P1-INT2=-7.8kcal/mol
这两种都是放热，个人分析红色易于进行，蓝色活化能6.5，红色活化能8.6，由于放热这个不是阻碍，但红色路径产物P1比中间体能量低7.8kcal/mol。
我的这种分析可以吗？求助。结构优化b3lyp/6-31G*,能量SMD模型3lyp/6-311G*.

对应的实际可能的反应路线（蓝色和红色）
如下：

loovfnd · 发表于 Post on 2020-2-1 10:37:49

sobereva 发表于 2020-2-1 01:50
B3LYP算有机体系能量太垃圾，看
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-1277 ...

我重新用M06-2x算一下。帖子做了修改，后面我贴出了实际实验的可能反应机理。

loovfnd · 发表于 Post on 2020-2-1 10:28:00

阿甘发表于 2020-1-31 22:22
要看计算级别对当前体系描述得怎么样了；再者，这能量是什么能量？如果是自由能的话，我觉得分析没问题，关 ...

蓝色路线P1含目标产物和另一种产物。红色路线P1只有目标产物，所以能量不同。

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-1 05:57:58

liyuanhe211 发表于 2020-2-1 05:32
假设53.0 kcal/mol的自由能垒在当前条件下是不可逆的，则走蓝色和红色路径的比例完全由形成INT1/INT2的比 ...

由于IM到底是怎么来的LZ没说明机制，所以比例确定方式也不好说。有可能需要跑大量动力学看实际产物比例来确定

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-2-1 05:32:36

sobereva 发表于 2020-2-1 01:50
B3LYP算有机体系能量太垃圾，看
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-1277 ...

假设53.0 kcal/mol的自由能垒在当前条件下是不可逆的，则走蓝色和红色路径的比例完全由形成INT1/INT2的比例决定；（假定形成intermediate无自由能垒）好奇此时如何计算两条路径之间的比例？

阿甘 · 发表于 Post on 2020-2-1 02:02:15

wxy 发表于 2020-1-31 22:42
如果反应物是A，你算出来的TS1和TS2都不是这个反应的过渡态。

这应该是不对的

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-1 01:50:43

B3LYP算有机体系能量太垃圾，看
坚持使用B3LYP算有机体系的人的下场
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

单从当前结果看当成红线的容易进行还说得过去

wxy · 发表于 Post on 2020-1-31 22:42:35

如果反应物是A，你算出来的TS1和TS2都不是这个反应的过渡态。

阿甘 · 发表于 Post on 2020-1-31 22:22:20

本帖最后由阿甘于 2020-1-31 22:26 编辑

要看计算级别对当前体系描述得怎么样了；再者，这能量是什么能量？如果是自由能的话，我觉得分析没问题，关键点在于蓝色路径中的P1自由能比INT1高。

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