批量转换量子化学软件I/O文件以及提取输出信息的Shell脚本

冰释之川 · 发表于 Post on 2020-2-5 23:24:22

本帖最后由冰释之川于 2024-11-3 08:03 编辑

之前看到了社长写的一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本：
http://sobereva.com/530（http://bbs.keinsci.com/thread-16161-1-1.html）

于是乎本人心血来潮，基于Multiwfn编写了多种常用量子化学程序间I/O文件转换的脚本包：
1 Convert [*.gjf/*.xyz/*.fchk/*.fch/*.out/*.log] files to [*.gjf/*.inp/*.mop/*.xyz] files by Multiwfn
2 Convert [*.fchk/*.fch] files to [*.mkl] files by Multiwfn
3 Interconvert between [*.fchk/*.fch] and [*.molden] files by Multiwfn
4 Interconvert between [*.fchk] and [*.chk] Gaussian checkpoint files by formchk/unfchk tool
5 Interconvert between [*.gbw] and [*.mkl] ORCA files by orca_2mkl tool
6 Convert [*.gbw] files to [*.molden] files by orca_2mkl tool

Conversion_Scripts.sh (17.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 366)

另外附上提取ORCA和Gaussian输出文件信息，利用freqchk重新计算热力学量的提取脚本：
1 Extract single point energy (SPE) of DFT and HF from Gaussian16 output files
2 Extract Zero-point energy (ZPE) and thermal correction to G, H and U (Gcorr, Hcorr, and Ucorr) from Gaussian16 output files
3 Extract TDDFT information from Gaussian16 output files
4 Extract SPE from ORCA-4.2.1 output files
5 Extract Zero-point energy (ZPE) and thermal correction to G, H and U (Gcorr, Hcorr, and Ucorr) from ORCA-4.2.1 output files [ updated on 2020.04.03 ]
6 Recalculate Gcorr and Hcorr by using freqchk tool and Gaussian16 [*.fchk] files
7 Detect the status of Gaussian optimization outputs (imaginary frequency, opt/SCF convergency, etc.)
8 Extract SPE from xtb-6.3(pre) output files [ updated on 2020.04.07 ]
9 Calculate ZPE, Gcorr, Hcorr, and Ucorr by using Shermo 2.0 [ updated on 2020.05.12 ]

P.s. Shermo 2.0 下载地址为： http://sobereva.com/soft/shermo/
在~/.bashrc中设置Shermo 2.0的环境变量：

export Shermopath=/sob/Shermo_2.0
export PATH=$PATH:/sob/Shermo_2.0

复制代码

Extraction_Scripts.sh (28.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 241)

#PS 感谢Jingdan Chen同学对Extraction_Scripts.sh脚本进行修订，修订日志如下：

```ORCA version 6.0.0
Line 272-289, Function extr_thermal_orca_process
1. 如果ORCA的优化任务包含Calc_Hess或Recalc_Hess关键词，与Gaussian不同，在每次频率分析后ORCA都会以相同格式输出热力学量，因此原脚本会出现拉出不止一个数值的情况，导致拿到的数值异常且有报错信息（但程序会正常跑完）。修改： awk 加入END机制，
2. 修改： printf 补充 \n换行
Line 74-75
1. 修改：补充mainchoice == 5 的分析结束后的信息输出
```

复制代码

Extraction_Scripts_rev.sh (29.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 11) (Jingdan Chen修订版)

批量删除文件脚本 [ added on 2020.02.10 ]

Files_Cleaner.sh (2.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 92)

批量为*.gjf/*.inp/*.xyz/*.mop生成PBS作业提交文件的脚本（请酌情修改PBS模板文件）[ updated on 2022.06.23 ]
PBS模板文件为：Gaussian.pbs, ORCA.pbs, MOPAC.pbs, xtb.pbs, xtb_md.pbs和xtb_md_temp_search.pbs
其中folder_qsub_all.sh为批量提交PBS任务的脚本

Scripts_PBS_Allocation.zip (18.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 130)

具体使用方法：
(1) 把*.sh脚本放到工作目录下
(2) 用bash命令运行之
(3) 脚本会深度遍历该目录下所有的子目录，并处理目标文件。

如果发现Bug，烦请邮箱联系本人

mooninwhere · 发表于 Post on 3 day ago

好工具，学习了！

冰释之川 · 发表于 Post on 2024-11-3 08:04:19

#PS 感谢Jingdan Chen同学对Extraction_Scripts.sh脚本进行修订，修订日志如下：

```ORCA version 6.0.0
Line 272-289, Function extr_thermal_orca_process
1. 如果ORCA的优化任务包含Calc_Hess或Recalc_Hess关键词，与Gaussian不同，在每次频率分析后ORCA都会以相同格式输出热力学量，因此原脚本会出现拉出不止一个数值的情况，导致拿到的数值异常且有报错信息（但程序会正常跑完）。修改： awk 加入END机制，
2. 修改： printf 补充 \n换行
Line 74-75
1. 修改：补充mainchoice == 5 的分析结束后的信息输出
```

复制代码

Y30181009 · 发表于 Post on 2021-7-17 22:01:22

谢谢老师，我试试看

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-7-17 21:22:20

Y30181009 发表于 2021-7-16 18:15
冰老师在使用Extraction_Scripts.sh 的子功能3 Extract TDDFT information from Gaussian16 output files输 ...

自行抓取 Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) = 等号后面的数值

Y30181009 · 发表于 Post on 2021-7-16 18:15:42

冰老师在使用Extraction_Scripts.sh 的子功能3 Extract TDDFT information from Gaussian16 output files输出S1信息的时候没有输出S1单点能，冰老师如果想输出S1单点能的话需要怎么改一下脚本？

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2021-6-30 17:19:11

冰释之川发表于 2021-6-24 20:46
linux命令dos2unix filename，直接把文件转换为unix格式

谢谢老师！处理好了

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-6-24 20:46:58

万卷书万里路发表于 2021-6-24 19:31
请问冰老师，我用multiwfn批量生成gjf文件以后，按照这里的方法用notepad++把第一行换成了新的三行（chk ...

linux命令dos2unix filename，直接把文件转换为unix格式

万卷书万里路 · 发表于 Post on 2021-6-24 19:31:26

冰释之川发表于 2020-2-8 15:59
这是调用Multiwfn批量输出gjf的，要取10位小数得改Multiwfn了
关于输出的gjf如何批量改关键词，我 ...

请问冰老师，我用multiwfn批量生成gjf文件以后，按照这里的方法用notepad++把第一行换成了新的三行（chk路径、内存、关键词），在集群上提交一直报错。
我在windows下的notepad++窗口中看到的是三行，但是报错内容显示我的输入文件有错，显示的是前三行在一行里。
然后我在集群的ssh终端窗口中打开输入文件，显示是这样：

这些 ^M, 不知道为什么在notepad++里就看不到，请问是格式的问题么？
谢谢老师！

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-5-18 08:16:20

skdmax 发表于 2021-5-17 16:50
谢谢您

PAd3_opt2gjf.7z (212.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
我这边转换没问题啊

skdmax · 发表于 Post on 2021-5-17 16:50:54

谢谢您

冰释之川 · 发表于 Post on 2021-5-17 08:18:11

skdmax 发表于 2021-5-16 08:23
OPT FREQ任务的out文件可以转化成gjf文件吗?我用这个时候转出来都是空白的。

可以啊，我一直在用优化任务的输出文件转成gjf，你贴一下你的*.out文件看看

skdmax · 发表于 Post on 2021-5-16 08:23:46

OPT FREQ任务的out文件可以转化成gjf文件吗?我用这个时候转出来都是空白的。

Aridea · 发表于 Post on 2021-5-16 01:55:04

666,很棒的脚本，谢谢分享！

SherryLiu · 发表于 Post on 2020-5-12 23:23:24

附上批量修改gjf关键词的bash脚本，是在sob老师的基础上修改的

#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do

sed '1c %nprocshared=64' ${inf} > ${inf}.txt
sed '2c %mem=32GB' ${inf}.txt > ${inf}
sed '4c #p M062X/Def2TZVP SCRF(Solvent=Ethanol) int=ultrafine freq geom=allcheck guess=read' ${inf} > ${inf}.txt

cp ${inf}.txt ${inf}
done
rm *.txt

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