关于本科毕业设计中计算化学计算级别问题的咨询

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-3-23 16:37:22

我是一个大四学生，我的毕业论文内容是关于诺氟沙星与DNA碱基对之间的相互作用的理论研究。现在由于疫情原因困在家里了，受硬件条件限制，我想选用高斯，HF/3-21G来对诺氟沙星和碱基对形成的复合物进行结构优化和频率分析，请问这样合理吗？听说3-21G基组可能不太精确？？？我零基础，不太懂。谢谢大家。

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-4-22 15:40:14

Graphite 发表于 2020-4-22 14:43
诺氟沙星的机理是结合抑制DNA螺旋酶吧，研究诺氟沙星和碱基间的作用是想说明什么呢？
另外，我读本科时计 ...

好的，谢谢前辈提醒。其实我选的是两三个参考文献里通过实验测定证明了与DNA碱基对有较强相互作用的喹诺酮类药物来算的

Graphite · 发表于 Post on 2020-4-22 14:43:54

诺氟沙星的机理是结合抑制DNA螺旋酶吧，研究诺氟沙星和碱基间的作用是想说明什么呢？
另外，我读本科时计算机辅助药物设计一课的期末大作业就是诺氟沙星、构效、分子间互作、电子结构之类的玩意。那本教材用的学校貌似不少。建议小心查重。

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-25 21:08:39

Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-25 15:57
好的收到，抱歉老师我下次先积累一下再发。顺便再请教老师一个很基础的问题，force关键词的输入格式是“# ...

简单问题直接发到置顶的“简单量子化学问题答疑专帖”里，并且恰当搜索程序手册以及论坛首页的google框

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-3-25 15:57:35

sobereva 发表于 2020-3-25 15:04
一个相关的问题别拆成好多帖子问，最近你都发了三个帖子了，导致很多人回复的部分内容都发生了重复

好的收到，抱歉老师我下次先积累一下再发。顺便再请教老师一个很基础的问题，force关键词的输入格式是“#force 泛函/基组”吗？我才接触计算化学没多久，这些细节性的东西老师也没来得及教，网上也查不到。

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-25 15:04:20

一个相关的问题别拆成好多帖子问，最近你都发了三个帖子了，导致很多人回复的部分内容都发生了重复

doublezhang · 发表于 Post on 2020-3-24 17:26:12

我觉得你应该更适合用xtb。
并行科技公众号那边有活动可以免费领2000个机时，你可以去看看？感觉用起来还可以，比较方便。在上面装一个xtb应该勉强够用。新的amd的epyc机器很快。

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-3-23 23:02:34

Jasminer 发表于 2020-3-23 19:10
BLYP/6-31g(d)开密度拟合吧，比较差的家用电脑也跑得动的

好的我试试看，谢谢指点

Q-Chembio-llg · 发表于 Post on 2020-3-23 23:00:08

sobereva 发表于 2020-3-23 20:19
HF/3-21G这种东西在我眼里的可信度还不如用xtb跑GFN2-xTB或者用G16或MOPAC跑PM7，还能便宜两三个数量级。
...

非常感谢老师，我的指导老师也让我装一个MOPAC，但是我按那个英文的步骤操作完之后把Example data set 文件拖到上面后却提示说找不到那个dll文件是怎么回事啊？我明明已经复制到Program files里面去了

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-23 20:19:53

HF/3-21G这种东西在我眼里的可信度还不如用xtb跑GFN2-xTB或者用G16或MOPAC跑PM7，还能便宜两三个数量级。
HF/3-21G的结果也就能用来自娱自乐，不仅发文章不可能，要是答辩时候台下有稍微懂点计算又爱发言的老师，都可能会被当场狠批一通，因为这属于没有做计算的人的常识底线才会用的东西。
该用什么仔细看4L提到的我的博文。

Jasminer · 发表于 Post on 2020-3-23 19:10:36

BLYP/6-31g(d)开密度拟合吧，比较差的家用电脑也跑得动的

snljty · 发表于 Post on 2020-3-23 18:55:07

本帖最后由 snljty 于 2020-3-23 20:33 编辑

先看看卢老师的这两篇博文
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
谈谈量子化学中基组的选择
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
HF不多说了，基本任何时候都不该用，除了一些历史遗留问题。
3-21G除非是很大体系中，边缘地区，也就是那些和研究区域几乎无直接关系的区域，否则实在太糙，不能保证定性正确。体系看起来不是很有做频率分析的必要，除非你要算热力学。就算有几个可能构象，每个都算一遍耗时都会比频率少。
100个以内原子优化用正常的def2-SVP级别用ORCA无压力。Gaussian你这个体系至少有个基本的服务器优化肯定是无压力的。如果就这一个任务，硬件条件限制不是问题，不行就在网上租个服务器，按小时计费的那种，某云的那种服务器就可以。最多一两百块就解决了。

量化新人 · 发表于 Post on 2020-3-23 18:20:37

是，有点低，看看文献中用的什么方法和基组，尝试用用，不行的话再和老师沟通商量

mol · 发表于 Post on 2020-3-23 17:05:38

HF/3-21G这个计算水平有点太低

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