计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 33070|回复 Reply: 27
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] GFN-FF力场文章出来了

[复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

跳转到指定楼层 Go to specific reply
#
Sebastian Spicher and Stefan Grimme
Robust atomistic modeling of materials, organometallic and biochemical systems
Angew. Chem. Int. Ed.
https://doi.org/10.1002/anie.202004239
此文开放访问

仔细研究了一下,此力场复杂程度远高于AMBER等普通力场,考虑的细节明显更多、考虑的要素明显更周全。支持1~86号元素,属于可极化非反应力场,比GFN0-xTB便宜得多得多但比普通力场贵得多。普通机子上搞搞一万原子体系优化还是没问题的。各方面精度全面吊打UFF,很多问题上精度不输于GFN2-xTB,优化蛋白质结构精度与常见的蛋白质专一性力场相仿佛,算过渡金属配合物、MOF的结构精度也整体不错。xtb从6.3开始支持,写-gfnff就可以用。

局限性是初始结构不能离平衡结构太远,毕竟此力场是依赖于拓扑关系的,初始结构太离谱则拓扑关系也没法自动判断正确。

评分 Rate

参与人数
Participants 8
eV +35 收起 理由
Reason
yjmaxpayne + 5 好物!
bobosiji + 4 好物!
Little-Extra + 5 谢谢分享
ChrisZheng + 5 谢谢
朙天儿 + 5 好物!
zsu007 + 5 不明觉厉
Novice + 3 谢谢分享
SAI + 3 昨天也看了文章,我很赞同!

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

27#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-10 07:05:54 | 只看该作者 Only view this author
七尺贱 发表于 2023-11-9 20:30
**** 本内容被作者隐藏 ****

毫无可比性
GFN-FF的复杂度注定它的速度连gromacs跑主流力场速度的零头都达不到,更何况xtb根本就不是专门跑经典力场的动力学程序,GPU加速也没有
而且生物分子体系、凝聚相体系等也根本不是GFN-FF的模拟初衷和擅长的
xtb和gromacs的应用范畴没多少交集
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

327

帖子

2

威望

2671

eV
积分
3038

Level 5 (御坂)

26#
发表于 Post on 2023-11-9 20:30:04 | 只看该作者 Only view this author

游客,本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览,您当前积分为 0

212

帖子

0

威望

3014

eV
积分
3226

Level 5 (御坂)

25#
发表于 Post on 2023-9-13 08:41:17 | 只看该作者 Only view this author
xtb真香

183

帖子

0

威望

1028

eV
积分
1211

Level 4 (黑子)

24#
发表于 Post on 2023-9-12 23:17:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2023-9-12 23:33 编辑

帮我这样的初学者补充一下老师另两个帖子的内容
在2021年JCTC DOI:10.1021/acs.jctc.1c00832上将此力场推广到了周期性体系后叫做pGFN-FF
【GFN2-xTB物理上最严格,多数情况精度最佳,但有时候SCF收敛困难;GFN1-xTB不如GFN2-xTB严格,平均精度稍逊一点,但SCF收敛容易(因此明显更适合SCF难收敛的金属团簇等情况),耗时也比GFN2-xTB低一些。GFN0-xTB精度最烂但速度也最快
科音学员

553

帖子

0

威望

3324

eV
积分
3877

Level 5 (御坂)

23#
发表于 Post on 2021-8-27 17:03:20 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2021-8-27 12:43
请问amoeba支持哪些元素呢,不知道哪篇文献是官方版,还没找到支持元素信息,233,谢谢

https://github.com/TinkerTools/poltype2

用这玩意。他能做的就支持,不能做的就不支持。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
一条君 + 3 谢谢分享

查看全部评分 View all ratings

183

帖子

0

威望

1028

eV
积分
1211

Level 4 (黑子)

22#
发表于 Post on 2021-8-27 12:43:07 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2020-5-6 11:25
**** 本内容被作者隐藏 ****

请问amoeba支持哪些元素呢,不知道哪篇文献是官方版,还没找到支持元素信息,233,谢谢
科音学员

1657

帖子

5

威望

4560

eV
积分
6317

Level 6 (一方通行)

喵星人

21#
发表于 Post on 2021-7-26 14:16:53 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-5-11 11:27
谢谢大佬,那这个力场是可以用在gmx跑动力学是不。

明显是不能再GMX里面跑。函数形式和一般的力场区别还是很大的,成键的三体项和计算静电用的EEQ电荷也是GMX不支持的,原理上塞进lammps倒是好像可以,但有xTB程序了就没啥必要了。

这个力场还有个主流力场里基本没了的氢键校正项也是挺奇怪的,而且虽说是非反应力场但是可以正确描述解离行为

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

20#
发表于 Post on 2021-5-11 11:27:23 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-5-11 09:32
首先,gfn-ff可以跑动力学,其次,gfn-ff不用拓扑文件,最后,xtb用法可以去看xtb手册https://xtb-docs.r ...

谢谢大佬,那这个力场是可以用在gmx跑动力学是不。

442

帖子

0

威望

2410

eV
积分
2852

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

19#
发表于 Post on 2021-5-11 09:32:08 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-5-11 09:15
谢谢社长,GEN-FF力场不能跟UFF一样可以做itp文件,用作跑动力学吗

首先,gfn-ff可以跑动力学,其次,gfn-ff不用拓扑文件,最后,xtb用法可以去看xtb手册https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... .html#how-to-use-it,以及gfn-ff的原文
真·探

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

18#
发表于 Post on 2021-5-11 09:15:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-11 05:38
本来下文就跟xtb完全扯不上联系,下文说的只是gromacs,gromacs又不支持GFN-FF
几种生成有机分子GROMACS ...

谢谢社长,GEN-FF力场不能跟UFF一样可以做itp文件,用作跑动力学吗

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-11 05:38:12 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-5-10 23:19
还是不知道XTB是怎么弄,求解答。,在自动生成拓扑文件的帖子中没有看到xtb

本来下文就跟xtb完全扯不上联系,下文说的只是gromacs,gromacs又不支持GFN-FF
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

更何况xtb计算根本用不着拓扑文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

16#
发表于 Post on 2021-5-10 23:19:11 | 只看该作者 Only view this author
还是不知道XTB是怎么弄,求解答。,在自动生成拓扑文件的帖子中没有看到xtb

60

帖子

0

威望

867

eV
积分
927

Level 4 (黑子)

15#
发表于 Post on 2021-5-9 14:30:52 | 只看该作者 Only view this author
要是能在lammps里用就好了。。。或者xtb周期性支持的好一点就好了。。。

910

帖子

1

威望

7881

eV
积分
8811

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2020-8-26 12:35:06 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2020-8-26 12:27
老师,请问这个力场包如何获取呢?

一楼说了
xtb从6.3开始支持,写-gfnff就可以用。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120137

管理员

公社社长

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-26 12:34:55 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2020-8-26 12:27
老师,请问这个力场包如何获取呢?

直接用xtb程序
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-15 19:47 , Processed in 0.206134 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list