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[新手求助] 计算偶极矩时,泛函、基组、弥散函数的设置求助

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楼主
分别在6-311G、6-311++G、6-311G(2d,2p)、6-311G(3d,3p)、6-311++G(2d,2p)、6-311++G(3d,3p)、cc-pvtz下计算了中等大小有机体系(约30个碳原子)的偶极矩,泛函分别考虑b3lyp和CAM-b3lyp两种情况(在C-PCM溶剂模型下进行计算)。结果发现CAM-b3lyp、6-311G(2d,2p)下计算的偶极矩与实验值最符合。

之前sob老师提到:
计算偶极矩必须带弥散函数

也提到:
重原子极化才2d,根本没必要给氢加这么多极化



所以想请教一下各位老师,计算这种中等大小有机体系的偶极矩时,极化函数、弥散的设置应当选取上述哪种呢?

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发表于 Post on 2024-12-4 16:39:49 | 只看该作者 Only view this author
njtech_wk 发表于 2024-12-3 11:23
泛函和基组用,b3lyp/def2-svp

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

对精度要求不高就用def2-SVPD,要求高就用def2-TZVPD
自己写shell脚本调用Multiwfn做RESP电荷计算就完了
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html

如果想避免Multiwfn算RESP电荷时对Br提示缺半径怎么处理,把settings.ini里的ispecial设为1,每次自动用推荐的半径。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-12-3 11:23:26 | 只看该作者 Only view this author
njtech_wk 发表于 2024-12-3 11:18
Sob老师,想算一下2000多个分子的偶极矩(有机分子,大概都是三四十个原子),分析一下极性。加弥散的话 ...

泛函和基组用,b3lyp/def2-svp

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发表于 Post on 2024-12-3 11:18:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-5-25 01:10
测试这么多基组完全毫无意义,甚至连一个适合算偶极矩的基组都没用
直接用很便宜的B3LYP/def2-SVPD原理上 ...

Sob老师,想算一下2000多个分子的偶极矩(有机分子,大概都是三四十个原子),分析一下极性。加弥散的话用“ma-方式添加弥散函数和”和“带D后缀的def2系列”哪个算的快而且准一点?
而且也想算一下原子电荷,但是有的分子含有Br,不能用提供的resp原子电荷的超级懒人脚本,不知道该怎么算了,2000多个分子一个一个算太麻烦了?

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发表于 Post on 2020-5-25 01:10:20 | 只看该作者 Only view this author
测试这么多基组完全毫无意义,甚至连一个适合算偶极矩的基组都没用
直接用很便宜的B3LYP/def2-SVPD原理上都比你测的这些任何一个强。30个原子是我的话直接用B3LYP/def2-TZVPD

6-311G(2d,2p)下的最符合,纯粹是巧合,或者是忽略了其它因素导致误差恰好抵消得比较充分。

什么级别算偶极矩合适我在此文里明确说了
谈谈如何衡量分子的极性
http://sobereva.com/518http://bbs.keinsci.com/thread-14971-1-1.html
值得一提的是,想算准偶极矩的话基组必须带弥散函数。图便宜的话可以用def2-SVPD,图准的话可以用上面我用的def2-TZVPD,这俩基组在此文里都有介绍:《给ahlrichs的def2系列基组加弥散的方法》(http://sobereva.com/340)。强烈不推荐Pople系列基组加弥散函数后用来算偶极矩(如6-311+G**),效果很差。至于理论方法,用B3LYP、PBE0都可以,不昂贵而计算偶极矩精度又不错。

没事别在Gaussian里用CPCM,我总是反复强调这点,仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html
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发表于 Post on 2020-5-25 01:07:04 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“计算偶极矩时,泛函、基组、弥散函数的设置”改了,以后务必注意

当前的问题和Gaussian没直接关系,不要选[Gaussian/gview]分类,给你改了

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slope + 2 好的,谢谢卢老师的指正,以后务必注意。之.

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发表于 Post on 2020-5-24 20:05:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-5-24 22:15 编辑

不要乱用泛函,B3LYP和Cam-B3LYP不适合干这个。表现最佳的就是PBE0泛函(Gaussian中写作PBE1PBE,绝对不可以写成PBE0),用双杂化泛函没有明显优势,耗时明显增加,而且还必须额外耗时计算后HF密度(在Gaussian中加Density=Current)。
基组也不要乱试很多根本已经没有价值的Pople基组。cc-pVTZ本来就不适合普通DFT,这里还没有弥散函数,完全不能接受。
6-311++G这种一大堆弥散又不带极化函数的基组任何时候都不应该用。能把苯环算成非平面的。
6-311++G(d, p)严重高估偶极矩。结果根本不能看。
基组条件非常好就用Aug-cc-pVTZ,条件一般就用def2-TZVPD,条件不太好就用def2-SVPD。后两者请自己去EMSL等地方找基组定义。
30几个原子的话def2-TZVPD肯定没问题的,如果电脑不错,可以试试Aug-cc-pVTZ。

建议认真一点一点看卢老师的这几篇博文
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》
http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html
《谈谈量子化学中基组的选择》
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
《谈谈赝势基组的选用》
http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

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slope + 2 好的,非常感谢您的建议,我一定详细阅读卢.

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