计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 20173|回复 Reply: 33
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CASTEP/Dmol3/MS] dmol3中ts opt如何分析

[复制链接 Copy URL]

34

帖子

0

威望

87

eV
积分
121

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我用dmol3搜索过渡态后,由于收敛精度为medium,因此想用ts opt进行过渡态精修,但是我认为一开始ts search得到的过渡态比较不错,对比ts opt后得到的xsd文件,opt的构型并不是中间过渡态该存在的构型,想问一下这是怎么回事?
还有,因为是第一次使用过渡态搜索,所以ts opt精修过渡态的意思是可以获得一个更为准确的过渡态构型和能量吗,那么这些是在哪里看呢?

5

帖子

0

威望

65

eV
积分
70

Level 2 能力者

34#
发表于 Post on 2023-9-8 13:09:13 | 只看该作者 Only view this author
老师,我有个关于DMOL3过渡态搜索的消虚频的问题要请教您,搜索有个虚频,不要的那虚频消不掉,怎么处理呢

5

帖子

0

威望

65

eV
积分
70

Level 2 能力者

33#
发表于 Post on 2023-9-8 13:05:36 | 只看该作者 Only view this author
微生物

5

帖子

0

威望

65

eV
积分
70

Level 2 能力者

32#
发表于 Post on 2023-8-31 21:52:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,老师。我做频率分析时,有两个负的频率,想通过,TS opt 去除一个,但是好像不收敛,于是我看了您发的贴,说是先做一下TSOPT,停下来,然后用优化后的结构进行频率计算后,再进TSopt去虚频,现在我正在做

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

31#
发表于 Post on 2023-8-31 18:21:19 | 只看该作者 Only view this author
xuhaoxuxing 发表于 2023-8-31 16:28
卡老师,您好,我看您发的帐,回答的问题都很专业,想请教您几个关于用Dmol3过渡态搜索的问题:1.TS sear ...

1、TS conf不需要频率,只要TS search的xtd。
2、一般来说TS conf要在TS search后面,按道理在TS opt后面进行更合理,但程序不允许这么操作,需要额外技巧。
3、消虚频指的是?
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

5

帖子

0

威望

65

eV
积分
70

Level 2 能力者

30#
发表于 Post on 2023-8-31 16:28:30 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-5-28 14:50
ts search后得到的结构不一定是过渡态,还得看频率验证的情况,一般来说只能作为一个过渡态的初始猜测。
t ...

卡老师,您好,我看您发的帐,回答的问题都很专业,想请教您几个关于用Dmol3过渡态搜索的问题:1.TS search 不计算频率,能否进行TS conf。2。是先用进行TS opt,再进行TS conf .3.进行消虚频时,怎么看收敛曲线。期待您的回复!

17

帖子

0

威望

123

eV
积分
140

Level 2 能力者

29#
发表于 Post on 2021-5-17 08:59:09 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2021-5-17 00:28
程序做TS conf只好找到了一个比你反应物更低的结构。建议把这个结构挑出来单独优化一次,然后保守一些可 ...

好哒,谢谢您

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

28#
发表于 Post on 2021-5-17 00:28:21 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 卡开发发 于 2021-5-17 00:29 编辑
SUN12 发表于 2021-5-16 23:49
老师您好,我想问一下,TS confirmation后的这个outmol是什么意思啊?
##  Current TS is not connected ...

程序做TS conf只好找到了一个比你反应物更低的结构。建议把这个结构挑出来单独优化一次,然后保守一些可以继续用新的产物和之前的反应物及过渡态再进行TS conf。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

17

帖子

0

威望

123

eV
积分
140

Level 2 能力者

27#
发表于 Post on 2021-5-16 23:58:25 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-6-8 13:37
那就是产物或反应物没优化好,这也是有可能的。

那老师,“ts conf得到的结果与生成物非常相似”这种情况下,还需要将ts conf得到的产物与原来的反应物搜一个过渡态吗?

17

帖子

0

威望

123

eV
积分
140

Level 2 能力者

26#
发表于 Post on 2021-5-16 23:49:44 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-6-2 09:38
ts conf之后好像是能直接给出中间体的吧?如果实在不行就把中间比较低的对应帧提取出来再优化优化。ts co ...

老师您好,我想问一下,TS confirmation后的这个outmol是什么意思啊?
##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS was found at:

## Image          5    6  7  8     -19.467579      0.0019      0.1969


##  Current TS is not connected directly to reactant !!

A minimum  between Reactant-TS with a lower energy than reactant was found at:

## Image          2    1  4  5     -19.467959      0.0017      0.0893

Perform further geometry optimization to get global minimum


A minimum smaller than 1 kcal/mol could be a spurious one



##  Current TS is connected directly with product

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

25#
发表于 Post on 2020-6-9 10:17:00 | 只看该作者 Only view this author
youtuBo 发表于 2020-6-9 09:59
请问是即使构型优化显示成功了,也是有可能没有优化好这种可能的存在吗

存在,比如精度比较低,优化算法不加,这都有可能。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

34

帖子

0

威望

87

eV
积分
121

Level 2 能力者

24#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-9 09:59:02 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-6-8 13:37
那就是产物或反应物没优化好,这也是有可能的。

请问是即使构型优化显示成功了,也是有可能没有优化好这种可能的存在吗

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

23#
发表于 Post on 2020-6-8 13:37:40 | 只看该作者 Only view this author
youtuBo 发表于 2020-6-8 10:35
我又重新看了一下我的构型,我认为ts conf得到的结果与生成物非常相似,我是不是可以认为这个搜索出来的 ...

那就是产物或反应物没优化好,这也是有可能的。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

34

帖子

0

威望

87

eV
积分
121

Level 2 能力者

22#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-8 10:35:32 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2020-6-5 18:27
那个中间体再优化下呢?然后把这个优化后的结构去和反应物产物搜索过渡态。

我又重新看了一下我的构型,我认为ts conf得到的结果与生成物非常相似,我是不是可以认为这个搜索出来的中间体其实并不是中间体,而是一个非常靠近产物的结构,所以我的反应应该是基元反应?

3622

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18440

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

21#
发表于 Post on 2020-6-5 18:27:52 | 只看该作者 Only view this author
youtuBo 发表于 2020-6-5 10:11
我现在用ts conf计算得到了某中间体,现在我对反应物和中间体及中间体和产物配对后进行ts search,但是中 ...

那个中间体再优化下呢?然后把这个优化后的结构去和反应物产物搜索过渡态。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 04:45 , Processed in 0.210090 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list