请教三聚体相互作用能的计算问题

captain · 发表于 Post on 2020-6-18 17:04:23

请问大神，用超分子方法计算三聚体的相互作用能，有下面两个方法(都不考虑BSSE的问题)，

(1) E(ABC) - E(A) - E(B) - E(C)
(2) E(ABC) - E(AB) - E(BC) - E(AC) + E(A) + E(B) + E(C)

由于方法(2)考虑了耦合项，是不是要更合理一些？
谢谢指导！

captain · 发表于 Post on 2020-9-19 12:01:16

sobereva 发表于 2020-9-19 11:37
(1)没问题
(2)如果B-C彼此间的极化作用对于A-B、A-C相互作用能的影响可以忽略的话，可以这么算

好的，明白了，谢谢大神指导！

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-19 11:37:34

captain 发表于 2020-9-16 18:48
好的，谢谢，基本明白了！
另外如果只是简单的定性的研究，（2）式是否也可以用来说明一下问题呢？

(1)没问题
(2)如果B-C彼此间的极化作用对于A-B、A-C相互作用能的影响可以忽略的话，可以这么算

captain · 发表于 Post on 2020-9-16 18:48:55

本帖最后由 captain 于 2020-9-16 18:52 编辑

wzkchem5 发表于 2020-9-16 18:15
对，Int(A-BC)应该以A为一个单体、BC复合物为另一个单体进行计算

好的，谢谢，基本明白了！
另外如果只是简单的定性的研究，（2）式是否也可以用来说明一下问题呢？

还想再听一听社长的高见！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-9-16 18:15:31

captain 发表于 2020-9-16 17:04
谢谢热心解答，我没有表达清楚，又编辑了一下帖子。
如果deltaE是基于超分子方法计算的，那么(1)式确实 ...

对，Int(A-BC)应该以A为一个单体、BC复合物为另一个单体进行计算

captain · 发表于 Post on 2020-9-16 17:04:31

本帖最后由 captain 于 2020-9-16 17:18 编辑

wzkchem5 发表于 2020-9-16 14:02
极化和多体效应都考虑了啊，都在DeltaE(A-BC)里。
把所有的DeltaE都展开，可以得到E(ABC)-E(A)-E(BC)-E( ...

谢谢热心解答，我没有表达清楚，又编辑了一下帖子。
如果deltaE是基于超分子方法计算的，那么(1)式确实是严格的。
如果deltaE是基于SAPT方法计算的，那么(2)式就不严格了吧！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-9-16 14:02:29

captain 发表于 2020-9-16 09:38
还想请教大神一下，这篇文献里（J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1444-1452）提到，
The interaction ...

极化和多体效应都考虑了啊，都在DeltaE(A-BC)里。
把所有的DeltaE都展开，可以得到E(ABC)-E(A)-E(BC)-E(AC)+E(A)+E(C)=E(ABC)-E(BC)-E(AC)+E(C)，其中E(ABC)显然包含了所有的多体效应。
如果改成DeltaEB(AC)，那就成为了一个鸡生蛋蛋生鸡的问题——你怎么计算DeltaEB(AC)？是不是又要套DeltaEC(AB)的公式，得到DeltaE(A-BC)-DeltaEB(AC)？跟原式一联立，DeltaEB(AC)和DeltaEC(AB)都消掉了，你啥也没得到。

captain · 发表于 Post on 2020-9-16 09:38:01

本帖最后由 captain 于 2020-9-16 17:00 编辑

sobereva 发表于 2020-6-21 02:57
对

还想请教大神一下，这篇文献里（J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 1444-1452）提到，

The interaction energy between A and B in the presence of C, DeltaEC(A-B),
was calculated as DeltaE(A-BC) - DeltaE(AC) (1)
感觉这种处理方式没有考虑单体间的极化和多体效应，应该是一种不太严格的计算方法吧？
另外DeltaE(AC)是不是改为DeltaEB(AC),即B存在时A-C相互作用能更合理一些？（但是这样也不好进行实际的计算）

如果Int是由SAPT计算的双体相互作用能，那么下面这个式子没有考虑单体间的极化和多体效应，应该是不严格的吧？
Int(A-BC)=Int(A-B)+Int(A-C) (2)

captain · 发表于 Post on 2020-6-21 08:17:31

sobereva 发表于 2020-6-21 02:57
对

谢谢大神指导！

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-21 02:57:33

captain 发表于 2020-6-18 20:24
大神，我看的就是那篇文献。
（2）被称为 the three-body energy，看来意思是三体耦合作用能。
那么用 ...

对

captain · 发表于 Post on 2020-6-18 20:24:08

本帖最后由 captain 于 2020-6-18 20:29 编辑

sobereva 发表于 2020-6-18 20:10
第二个式子不是计算三体结合能的，而是计算三体耦合作用的（即三体结合能中无法被双体作用描述的那部分）， ...

大神，我看的就是那篇文献。
（2）被称为 the three-body energy，看来意思是三体耦合作用能。
那么用（1）来计算应该是合理的吧！

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-18 20:10:51

第二个式子不是计算三体结合能的，而是计算三体耦合作用的（即三体结合能中无法被双体作用描述的那部分），明显二者不是一码事。看DOI: 10.1021/acs.jctc.5b00281的2.3节的描述

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 请教三聚体相互作用能的计算问题