gromacs的rerun不支持模拟退火求解

naoki · 发表于 Post on 2020-8-26 12:50:44

本帖最后由 naoki 于 2020-8-26 13:00 编辑

我跑完逐渐升温使晶体在溶剂中溶解的动力学，想用gmx energy提取一下晶体分子的potential随模拟时间变化，需要设置能量组然后rerun一下来完成，但是我这个过程有模拟退火，跑rerun的时候程序出错，提示：“Simulated annealing not supported by rerun”。请问该如何提取退火过程单一组分的能量变化呢，难道只能用CPU版设置好能量组重新跑吗，我这个70ns感觉纯CPU版要跑好久。关掉退火倒是可以跑，但是不知结果靠不靠谱，还请各位老师指点，谢谢！

张青 · 发表于 Post on 2024-10-24 11:11:38

sob老师，naoki老师，怎样实现：把退火设置去掉，重新rerun

naoki · 发表于 Post on 2020-8-27 09:21:57

sobereva 发表于 2020-8-27 01:30
rerun只是对每一帧计算能量，和退火没直接关系。把退火设置去掉，重新rerun

谢谢sob老师，试了一下确实是这样的

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-27 01:30:36

rerun只是对每一帧计算能量，和退火没直接关系。把退火设置去掉，重新rerun

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[GROMACS] gromacs的rerun不支持模拟退火 求解

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