看文献的几个疑问求助

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-16 11:26:00

DOI：10.1039/c8ce00567b
1 文献中提到对于计算晶体中两种构象的计算，用的基组是BP86 ，但是我上课的时候听老师讲，BP86是过渡金属之间形成化学键，因此我不知道使用这个泛函的依据，我觉得可以用M06-2x,B3LYP等

DOI：10.1021/acs.cgd.9b00650
1.文献中用Material Studio 的Forcite模块，优化的实验的晶体结构，我看他的参考文献没有看出什么参考意义？我了解的MS可以用CASTEP模块，Gaussian可以优化实验晶胞么（比如HSE06泛函）
2.文献还计算了溶剂化物（水合物）中的分子构象，水合物晶体用了CPCM溶剂模型，这个溶剂模型的使用可以么？

另外，综合两篇文献，都有分子间相互作用的强弱比较：文献1 用NCI图来表示溶剂合物中主体和溶剂复合的程度；文献2 软件HABIT98软件，来计算某种作用对整个晶格能或者Synthon。上面提到的HABIT98软件得不到，但是这种计算想借鉴，有没有推荐的计算方法。另外NCI图可以用Multiwfn分析，这种主客体的分析还可以用什么来分析作用程度（我的体系主要有氢键，pi-pi，个别涉及到卤键）

PS：我有很多单晶数据，但是不想数据灌水，根据dimer的分子间作用大致可以分为3类，其中有一种同构的通道的溶剂化物，主客体作用很弱，其他都是分子间氢键结合的，这种可以做什么计算和实验。最近看了挺多文献，但是没有形成一个流畅的思路，希望可以找到一点灵感。

祝好！

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-10-17 12:45:48

wzkchem5 发表于 2020-10-16 18:59
2. 可以两种构象都算一下取能量较低的，也可以直接取晶体里occupation较多的那种构象

好的，谢谢
祝好

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-10-16 18:59:11

SSSjjjiao 发表于 2020-10-16 17:57
目的是分析晶体中的相互作用
1：您的意思是不用优化晶体结构，直接抠出来有相互作用的片段若干，然后用G ...

2. 可以两种构象都算一下取能量较低的，也可以直接取晶体里occupation较多的那种构象

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-10-16 17:57:17

喵星大佬发表于 2020-10-16 16:05
如果衍射的精度好，重元素定位准确，那么可以固定重元素优化H，因为X射线衍射看不见H

如果是要分析晶 ...

目的是分析晶体中的相互作用
1：您的意思是不用优化晶体结构，直接抠出来有相互作用的片段若干，然后用Gaussian做限制性优化H吗？得到波函数做拓扑分析？
2：我的单晶衍射是送有机所测的有个别单晶中异丙基基团有两种方式，有个别晶胞中的溶剂分子整体有两种方式，这种怎么办呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-10-16 16:05:47

SSSjjjiao 发表于 2020-10-16 15:52
老师好！
1：在一张图上显示AIM和RDG分析需要input波函数文件，晶体结构中有若干种氢键形成的模式， ...

如果衍射的精度好，重元素定位准确，那么可以固定重元素优化H，因为X射线衍射看不见H

如果是要分析晶体里的部分，不用优化，你抠出来了以后势场已经变了，也就是你优化完了并不是你想要分析的结构了，但是H要优化

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-10-16 15:52:22

sobereva 发表于 2020-9-17 12:30
1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物，没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈 ...

老师好！
1：在一张图上显示AIM和RDG分析需要input波函数文件，晶体结构中有若干种氢键形成的模式，我想要做分析是从晶体结构中抠出各自的片段1，片段2，片段3 分别在b3lyp/6-31G**水平上优化结构后做AIM 和RDG分析吗？还是抠出含有所有氢键模式的所有片段，在上述水平上优化得到波函数？（这种优化很耗时120个原子左右，而且经常出错）
2：我看了IGM分析相互作用感觉非常灵活，且可以不需要波函数，文章中如果同时应用AIM和IGM做弱相互作用的分析，AIM优化过结构，那结构和IGM的input的结构有点差异，这样有差异的结构可以放到文章中分析吗？还是说用IGMH？
3：对于测得的晶体结构cif，一定要经过优化么(我们服务器上的CASTEP用runCASTEP.sh没办法多核计算，后来勉强用Forcite分子力场优化了一下，包括晶胞参数）优化后的晶胞参数有一些改变20%，（1楼参考文献上在10%，原文作者觉得不大），主要我模拟了优化后的粉末和实验得到有差异，不知道是方法的问题，还是说这是必然的，没必要在优化后关注模拟的粉末）

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-19 14:25:12

sobereva 发表于 2020-9-19 09:03
看你想研究晶体结构下的状态还是孤立的状态，对于前者，只优化氢（关于这点看《实验测定分子结构的方法以 ...

感谢老师
祝好

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-19 09:03:58

SSSjjjiao 发表于 2020-9-17 13:52
老师，请问我想优化晶体（晶体中有溶剂）中发现的复合物，计算单电能，相互作用等，是在溶剂模型下优化还 ...

看你想研究晶体结构下的状态还是孤立的状态，对于前者，只优化氢（关于这点看《实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题》http://sobereva.com/569），对于后者，全优化
不用也不能带溶剂模型，本来溶剂模型也根本不可能描述晶体环境

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-18 14:21:57

喵星大佬发表于 2020-9-17 16:02
直接扣晶体结构然后选好片段做LMO-EDA或者SAPT就好了
晶体中溶剂因该没几个分子，而且你只要计算两个部 ...

谢谢老师指点迷津

祝好

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-17 16:02:29

SSSjjjiao 发表于 2020-9-17 13:52
老师，请问我想优化晶体（晶体中有溶剂）中发现的复合物，计算单电能，相互作用等，是在溶剂模型下优化还 ...

直接扣晶体结构然后选好片段做LMO-EDA或者SAPT就好了
晶体中溶剂因该没几个分子，而且你只要计算两个部分的相互作用能可以不用考虑溶剂
本来SAPT就不能带着溶剂做，溶剂导致的互作能变化是单独的一项

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-17 13:57:12

sobereva 发表于 2020-9-17 12:30
1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物，没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈 ...

粗略看了Multiwfn 支持的相互作用，太厉害了，希望来得及去参加培训，内容太丰富了

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-17 13:52:29

sobereva 发表于 2020-9-17 12:30
1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物，没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈 ...

老师，请问我想优化晶体（晶体中有溶剂）中发现的复合物，计算单电能，相互作用等，是在溶剂模型下优化还是气相下，溶剂模型此时用SMD么有类似的参考文献么
祝好

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-17 12:30:24

1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物，没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

2 如果是Gaussian，绝对不要用CPCM，仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

Multiwfn支持一大波非常有意义的弱相互作用分析方法，认真看此文
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

SSSjjjiao · 发表于 Post on 2020-9-16 12:40:13

喵星大佬发表于 2020-9-16 11:41
1.1 用BP86基本就是因为快，在RI下比M062X快得多得多
2.1 Forcite模块是做MM计算的，CASTEP可以优化晶胞， ...

感谢老师的回复，对于您提到的分析方法我先去了解一下
祝好！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-9-16 11:41:59

1.1 用BP86基本就是因为快，在RI下比M062X快得多得多
2.1 Forcite模块是做MM计算的，CASTEP可以优化晶胞，高斯也可以但是很弱
2.2 可以
PS 如果体系不大且电荷转移/共价不强，可以用SAPT，PSI4可以做，也可以用Gamess的LMO-EDA或Q-Chem的ALMO-EDA和NOCV分析

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