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[新手求助] 看文献的几个疑问求助

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
DOI:10.1039/c8ce00567b
1 文献中提到对于计算晶体中两种构象的计算,用的基组是BP86 ,但是我上课的时候听老师讲,BP86是过渡金属之间形成化学键,因此我不知道使用这个泛函的依据,我觉得可以用M06-2x,B3LYP等

DOI:10.1021/acs.cgd.9b00650
1.文献中用Material Studio 的Forcite模块,优化的实验的晶体结构,我看他的参考文献没有看出什么参考意义?我了解的MS可以用CASTEP模块,Gaussian可以优化实验晶胞么(比如HSE06泛函)
2.文献还计算了溶剂化物(水合物)中的分子构象,水合物晶体用了CPCM溶剂模型,这个溶剂模型的使用可以么?


另外,综合两篇文献,都有分子间相互作用的强弱比较:文献1 用NCI图来表示溶剂合物中主体和溶剂复合的程度;文献2 软件HABIT98软件,来计算某种作用对整个晶格能或者Synthon。上面提到的HABIT98软件得不到,但是这种计算想借鉴,有没有推荐的计算方法。另外NCI图可以用Multiwfn分析,这种主客体的分析还可以用什么来分析作用程度(我的体系主要有氢键,pi-pi,个别涉及到卤键)

PS:我有很多单晶数据,但是不想数据灌水,根据dimer的分子间作用大致可以分为3类,其中有一种同构的通道的溶剂化物,主客体作用很弱,其他都是分子间氢键结合的,这种可以做什么计算和实验。最近看了挺多文献,但是没有形成一个流畅的思路,希望可以找到一点灵感。

祝好!

1-1的计算方法

1-1的计算方法

1-2 NCI

1-2 NCI

2-1 优化晶胞

2-1 优化晶胞

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喵星人

发表于 4 天前 | 显示全部楼层
1.1 用BP86基本就是因为快,在RI下比M062X快得多得多
2.1 Forcite模块是做MM计算的,CASTEP可以优化晶胞,高斯也可以但是很弱
2.2 可以
PS 如果体系不大且电荷转移/共价不强,可以用SAPT,PSI4可以做,也可以用Gamess的LMO-EDA或Q-Chem的ALMO-EDA和NOCV分析

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 楼主| 发表于 4 天前 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-9-16 11:41
1.1 用BP86基本就是因为快,在RI下比M062X快得多得多
2.1 Forcite模块是做MM计算的,CASTEP可以优化晶胞, ...

感谢老师的回复,对于您提到的分析方法我先去了解一下
祝好!

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物,没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

2 如果是Gaussian,绝对不要用CPCM,仔细看
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

Multiwfn支持一大波非常有意义的弱相互作用分析方法,认真看此文
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-17 12:30
1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物,没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈 ...

老师,请问我想优化晶体(晶体中有溶剂)中发现的复合物,计算单电能,相互作用等,是在溶剂模型下优化还是气相下,溶剂模型此时用SMD么    有类似的参考文献么
祝好

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 楼主| 发表于 3 天前 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-17 12:30
1 BP86是泛函而不是基组。如果不是过渡金属配合物,没有任何使用BP86的正当理由
该用什么泛函仔细看
简谈 ...

粗略看了Multiwfn 支持的相互作用,太厉害了,希望来得及去参加培训,内容太丰富了

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发表于 3 天前 | 显示全部楼层
SSSjjjiao 发表于 2020-9-17 13:52
老师,请问我想优化晶体(晶体中有溶剂)中发现的复合物,计算单电能,相互作用等,是在溶剂模型下优化还 ...

直接扣晶体结构然后选好片段做LMO-EDA或者SAPT就好了
晶体中溶剂因该没几个分子,而且你只要计算两个部分的相互作用能可以不用考虑溶剂
本来SAPT就不能带着溶剂做,溶剂导致的互作能变化是单独的一项

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 楼主| 发表于 前天 14:21 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-9-17 16:02
直接扣晶体结构然后选好片段做LMO-EDA或者SAPT就好了
晶体中溶剂因该没几个分子,而且你只要计算两个部 ...

谢谢老师指点迷津
祝好

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发表于 昨天 09:03 | 显示全部楼层
SSSjjjiao 发表于 2020-9-17 13:52
老师,请问我想优化晶体(晶体中有溶剂)中发现的复合物,计算单电能,相互作用等,是在溶剂模型下优化还 ...

看你想研究晶体结构下的状态还是孤立的状态,对于前者,只优化氢(关于这点看《实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题》http://sobereva.com/569),对于后者,全优化
不用也不能带溶剂模型,本来溶剂模型也根本不可能描述晶体环境
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 楼主| 发表于 昨天 14:25 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-9-19 09:03
看你想研究晶体结构下的状态还是孤立的状态,对于前者,只优化氢(关于这点看《实验测定分子结构的方法以 ...

感谢老师
祝好
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