求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化

牧生

做两种小分子的混合，在http://bio2byte.be/acpype/生成SDS和CTAB结构文件，得到如下几个文件

CTAB_GMX.gro，CTAB_GMX.itp，CTAB_GMX.top

SDS_GMX.gro，SDS_GMX.itp，SDS_GMX.top

第一步：

gmx insert-molecules -ci SDS_GMX.gro -nmol 10 -box 5 5 10 -o SDS_box.gro               ;向5×5×10的盒子中，插入10个SDS分子，命名为SDS_box.gro  

第二步：

gmxinsert-molecules -f SDS_box.gro -ci CTAB_GMX.gro -nmol 10 -o out_box.gro    ;向SDS_box.gro盒子中，继续插入10个CTAB分子，输出命名为out_box.gro

第三步：

gmx solvate -cp out_box.gro -cstip4p.gro -p SDS_GMX.top -o SDS_solv.gro      ;向out_box.gro盒子中加入tip4p.gro的水

第四步：修改SDS的top文件


; SDS_GMX.top created by acpype (v: 2020-09-02T11:49:19CEST) on Thu Oct  8 03:28:17 2020

;[ defaults ]                                                                           ；注释
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ    ；注释
;1               2               yes             0.5     0.8333                          ；注释
#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"                    ；加入力场
; Include SDS_GMX.itp topology
#include "SDS_GMX.itp"                                            ；本来就有的SDS
#include "CTAB_GMX.itp"                                           ；CTAB的类型
#include "amber99sb-ildn.ff/tip4p.itp"                          ；水的类型

[ system ]
SDS in water

[ molecules ]
; Compound        nmols
SDS              10                              ；修改为10个
CTAB            10                               ；修改为10个
SOL              3956




第五步能量最小化：
gmx grompp -f em.mdp -c SDS_solv.gro -p SDS_GMX.top -o SDS.tpr -maxwarn 1      ;应该是这里使用的top文件有错。。

em.mdp文件如下

define          = -DFLEXIBLE   

integrator      = steep

emtol           = 250.0

nsteps          = 5000

nstenergy       = 1

energygrps      = System     ;整个体系为一体

nstlist         = 10         

ns_type         = grid

coulombtype     = PME;   （软件认为PME更好）

rlist           = 1.0

rcoulomb        = 1.0

rvdw            = 1.0

constraints     = none     ;不限制

pbc             = xyz     ;盒子

cutoff-scheme= Verlet

这一步就报错了

Program:     gmx grompp, version 2019.3
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\topio.cpp (line 607)

Fatal error:
Syntax error - File CTAB_GMX.itp, line 3                        ；我觉得是itp文件include的操作有错了，请教如何修正这个错误。
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors




如上几个文件

wwy223

你上传的这个SDS_GMX.gro文件当中没有氢是嘛，而且是不是有两个双键的S-O键没有表示出来

luwf

xuzekun 发表于 2024-9-10 20:47
您好，我现在也遇到了同样的问题，请问您当时是什么问题，怎么解决的呢

请问问题解决了吗

xuzekun

探索者 发表于 2024-6-12 22:22
找到问题了，谢谢老师

您好，我现在也遇到了同样的问题，请问您当时是什么问题，怎么解决的呢

探索者

找到问题了，谢谢老师

探索者

探索者 发表于 2024-6-12 20:58
这个是3个分子的相关文件

老师，刚刚又检查发现，atomtypes重复定义了两次c3，删除下边的一个，重新试了一下，还是报错

探索者

这个是3个分子的相关文件

探索者

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师好，我再合并3个itp文件时，还是有这个问题，仔细检查后，还是出错，麻烦老师帮我看看

牧生

Smes 发表于 2023-4-8 11:09
老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样

如果确定是对应上的，就可以忽略这个提醒，继续下一步。

Smes

牧生 发表于 2023-4-6 07:08
不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是 ...

老师请问下，该如何修改，才能匹配呀，我的刚刚再次核对了，四种分子的顺序是一样的。不知道细节是怎么样

牧生

Smes 发表于 2023-4-5 23:28
老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有[/b ...

不一定对，也不一定不对。如果仅仅是名字不一样，但是原子类型是一样的，比如C1-C，就属于这种情况，就是没问题的。

如果warning太多，后面的部分有不对应的，比如C1-O，这就不对了。可能需要修改分子出现的顺序或者top。

amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp是自带的，在你当前GMX的目录下面的

Smes

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师还有个问题，我top里虽然写了“include amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp"但是当前文件夹并没有amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp。这个看起来是力场文件是不是gmx直接内置呢。还是要自己找呢

Smes

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

老师我遇到的情况跟这差不多，我是模拟电解液体系：包括锂离子，六氟磷酸根离子，ec,dec分子。
我的工作步骤是，先用sobtop得到四个分子的itp，使用packmol得到盒子的pdb文件，手写了top文件和mdp文件。我看了您的一些帖子，我把所有itp文件中atomtypes直接全剪到ec.itp后面，进行 gmx grompp -f test.mdp -c elbox.pdb -p elbox.top -o nvt-pr.tpr结果还是报错(pdb文件太大没法上传)。烦请老师帮忙看看，哪里出错

faylovesnow

wyfgg 发表于 2022-5-24 20:30
我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您 ...

牧生老师的研究方向跟我太契合了

wyfgg

牧生 发表于 2021-11-29 08:05

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

我真的是踩着牧生老师之前的坑一个个走的，[ atomtypes ]的问题跟着您的一个个帖子解决了，现在来到了您当时的top与pdb原子类型不匹配的阶段T^T

牧生

你为什么就不按照重点提示来操作呢？

划重点：
将ljba_GMX的atomtypes那一部分剪到prl_gmx.itp中的atomtypes后面，记得删掉一个[ atomtypes]，只能保留一个。ljba_GMX.top实际上就用不着了。不是ljba_GMX.itp用不着

这下子看得清了吧
如果还报错，把文件全部传上来，看图的话，不方便帮你修改。