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[GROMACS] RESP电荷计算脚本运行出错求助

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楼主
老师您好   根据博文“计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果”   输入“./RESP.sh H2O.xyz 0 1” 命令后出现以下报错.(我的压缩包是大写G09 所以在/home/sob/.bashrc中增加的内容为
“export G09root=/home/sob
export GAUSS_SCRDIR=/home/sob/G09/scratch
source /home/sob/G09/bsd/G09.profile”)


报错:


./RESP.sh: line 32: Multiwfn: command not found
awk: fatal: cannot open file `tmp.xyz' for reading (No such file or directory)
rm: cannot remove ‘tmp.xyz’: No such file or directory
Running optimization task via Gaussian...
./RESP.sh: line 57: g09: command not found
./RESP.sh: line 66: g09: command not found
The task has failed! Exit the script...


是高斯没有装正确还是什么原因


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发表于 Post on 2020-10-22 10:54:12 | 只看该作者 Only view this author
如果sob老师的博文都读不懂,那没人的你能读懂了,一步一步很详细;
由衷的感谢每一位给与过我帮助的人

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发表于 Post on 2020-10-22 05:30:25 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2020-10-21 21:34
谢谢老师  现在Multiwfn已经好了 还是找不到高斯的命令,不知道是不是我安装的这个是高斯32位的原因,请 ...

怎么安装跟多少位毫无关系
明显就是没严格按照我博文里的做法安装,没有别的可能。反复仔细一个字一个字阅读
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-21 21:34:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-21 03:22
又没按照下文装好Gaussian,又没按照Multiwfn手册2.1.2节安装好Multiwfn,当然脚本运行不了。报错明确提示 ...

谢谢老师  现在Multiwfn已经好了 还是找不到高斯的命令,不知道是不是我安装的这个是高斯32位的原因,请问哪里有合适的linux的高斯安装包

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发表于 Post on 2020-10-21 03:22:46 | 只看该作者 Only view this author
又没按照下文装好Gaussian,又没按照Multiwfn手册2.1.2节安装好Multiwfn,当然脚本运行不了。报错明确提示了g09和Multiwfn命令都找不到
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

此文明确说了
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本(一行命令就算出结果)
http://sobereva.com/476http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html
在机子里安装Gaussian。不会装的话仔细看《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》(http://sobereva.com/439)。去http://sobereva.com/multiwfn下载Multiwfn最新版本。然后严格按照手册2.1.2节说的方式安装到Linux下面,从而能通过输入Multiwfn命令启动程序。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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